No son demasiadas las investigaciones sobre la universidad colombiana en el siglo XIX. Descontado el hecho visible del propio atraso de la historiografía nacional, posiblemente la razón de esa ausencia de investigaciones tenga que ver con la propia precariedad del sistema universitario de entonces, para el caso de que resulte correcto utilizar la expresión "sistema universitario" en la Colombia en el siglo XIX.

La creación y el sostenimiento de instituciones culturales fuertes y sólidas, capaces de crear tradiciones y de producir logros estables en el tiempo exige siempre un entorno favorable, entorno del que en general se careció en el siglo XIX. El atraso económico, el peso de la los herencia cultural de la sociedad colonial, la pobreza de la sociedad misma y, sobre todo, la inestabilidad política —expresada ante todo en los enfrentamientos partidistas y en las repetidas guerras civiles—, son los datos básicos del primer siglo de vida republicana, y un contexto en el cual resultaba difícil el florecimiento de una institución universitaria con un cuerpo docente estable, con al menos atisbos de programas de investigación, con una población universitaria creciente, reclutando sus miembros de manera amplia en capas sociales diversas de la población, sobre la base de criterios de mérito y con un sistema de carreras universitarias diversificadas.

Nada de lo anterior es posible encontrar en el siglo XIX colombiano, pero no hay que hacerse un cuadro demasiado sombrío de la situación, pues a pesar de los esfuerzos de Humboldt y de Bonaparte, la universidad moderna —diferente de los modelos originales de Oxbridge, de Paris, de Salamanca o de Bolonia— es en sentido estricto una realidad del siglo XX. Por lo demás, considerado el sistema universitario en términos de proyectos y de políticas educativas, lo que llama la atención es la modernidad —y a veces la audacia— de las formulaciones de los responsables de la educación y de los hombres de gobierno que en la Colombia en el siglo XIX intentaron dar vida a un conjunto de ideales educativos en los que tenían posiblemente una confianza exagerada. Pero el casi nulo desarrollo económico —por lo menos hasta 1880— y el torbellino de la política conspiraron a lo largo de todo el siglo y llevaron al naufragio las que aparecían como las mejores intenciones. Como testimonio de esas intenciones y como prueba de lo que se ha llamado el "proyectismo" de los políticos del siglo XIX nos ha quedado la huella de una amplísima legislación universitaria, que no es expresión simplemente de lo que algunos llaman el "legalismo" de los colombianos, sino ante todo la prueba de que las mejores políticas educativas no tienen ninguna posibilidad de aplicación cuando no encuentran un entorno institucional favorable, o cuando no son capaces de crearlo. Así pues, quien se ocupa de la universidad del siglo XIX en Colombia debe saber que, en buena parte, antes que con el análisis de funcionamientos institucionales concretos, el historiador debe disponerse a la consideración de proyectos fracasados o de realizaciones que sólo muy tenuemente lograron aquello que se proponían.

Eso es lo primero que se constata cuando se examinan las propuestas y realizaciones del proyecto "santanderista" (1826-1840) de creación de un sistema universitario centralizado, monopolizando la formación profesional, con niveles académicos similares a los de Europa, con una estructura curricular moderna y gozando de relativa libertad académica, ya que a principios de esos años 40 lo que se podía constatar era la multiplicación en provincia de "cátedras universitarias" funcionando por fuera de todo control, una baja calidad de los procesos de formación y sobre todo un gran desacuerdo político e ideológico en torno de los fines que debería cumplir la enseñanza universitaria, que por el momento parecía ser tan solo un lugar de paso de jóvenes de clase media que encontraban más bien sus posibilidades sociales en la actividad política, a pesar del intento inicial de los "neoborbones" de favorecer el estudio de las ciencias útiles y de aplicación práctica.

Después de 1842 y a través de una de las reglamentaciones más prolijas que se conocieron en el siglo XIX, los conservadores, representados de manera visible por Mariano Ospina Rodríguez, intentaron controlar la politización estudiantil, reglamentar el acceso al cuerpo docente, controlar la educación universitaria en las provincias y relanzar el estudio de las "ciencias útiles", bajo la idea de que había que dar prioridad "a los asuntos industriales y a las ciencias útiles, especialmente aquellas relacionadas con la agricultura". Pero se trató una vez más de un esfuerzo frustrado —a pesar de que en 1847 Rufino Cuervo redactara un nuevo Plan de estudios que mantenía los mismos énfasis—, no sólo por la carencia de recursos que hicieran posible la traída de profesores extranjeros y laboratorios para garantizar la enseñanza de materias que eran en general desconocidas, sino sobre todo por el fuerte rechazo que hacia los conocimientos útiles expresaba una opinión pública de padres y estudiantes que, pudiendo comprender la importancia teórica de las "nuevas ciencias", no dejaba de ser sensible al hecho de que difícilmente un practicante de esos nuevos saberes encontraría en la sociedad un lugar para su realización profesional.

De manera práctica, la organización de un sistema universitario nacional no se planteará de nuevo hasta 1867, con la fundación de la Universidad Nacional, bajo el Federalismo y con el auspicio de los gobiernos liberales, quienes de manera perspicaz observaron que en un marco federal extremo como el que había impuesto la Constitución de Rionegro, la única forma de garantizar la cohesión y unidad nacionales era a través de un sistema educativo uniforme, cuya cabeza central visible fuera una universidad que agrupara desde las escuelas de más alta formación hasta las instituciones de formación de artesanos en oficios prácticos.

Durante casi veinte años la Universidad Nacional cumpliría —de manera a veces accidentada— con esa función, y lograría, a través de la centralización de escuelas y de cátedras, de un sistema de becas para estudiantes de las provincias, de la incorporación de profesores nacionales y extranjeros, del sostenimiento de laboratorios de ciencias y del mantenimiento de un clima de libertad intelectual, los primeros gérmenes de una institución estable, con iniciales trabajos de investigación y con un cuerpo docente que por primera vez empezaba a formar una comunidad académica regida por convenciones que no dependían directamente de su adscripción a un bando político. En ese marco el país conocería por primera vez el avance de la enseñanza de la medicina sobre el derecho y la presencia continua de cátedras de matemática que permitirían la consolidación inicial de la profesión de ingeniero, hecho que tendría luego su continuación en los trabajos de la Escuela de Minas de Medellín, ya durante el periodo de la Regeneración, bajo otro clima intelectual y en condiciones de un inicial desarrollo económico, auspiciado por el auge exportador cafetero.

Pero la Regeneración significó también el desmonte de la Universidad Nacional como institución centralizada, pues acusada de ser el centro de "ideologías disolventes" que habían sido causa de guerras civiles, se procedió a su desmembramiento, aunque muchos de sus logros en el camino de creación de un sistema universitario nacional serían ya en adelante un patrimonio del país, como se comprueba al recordar que en ese periodo se afirmarían las nuevas profesiones, se crearían las primeras comunidades científicas y sociedades de sabios y se ampliaría la propia población universitaria.

Desmembrada la Universidad Nacional, cuyas escuelas pasarían al control directo de diferentes ministerios; desaparecida la autonomía universitaria y establecido un férreo control ideológico sobre estudiantes y profesores, ninguno de los viejos males que afectaban a la universidad del siglo XIX desaparecieron, y ante todo, en el contexto de las nuevas pugnas partidistas, la institución volvería a mostrar que la politización exaltada y la imposición de debates que en rigor no le pertenecían, continuaban siendo dos de sus características, como se vería de manera particular en el curso de la guerra de los Mil Días.

Sólo a principios del siglo XX, después de 1910, con la conciencia de estar iniciando ahora sí una fase nueva del desarrollo del país, caracterizada por una incipiente industrialización y el surgimiento de nuevos problemas y desafíos, los grupos dirigentes volverían a plantearse al problema de la creación de un sistema universitario nacional, cuyo primer esbozo moderno se encontrará en la "refundación" de la Universidad Nacional como escuela integrada de saberes y profesiones, de docentes y estudiantes empeñados en un proceso de formación de alto nivel que tiene como referente básico de orientación los grandes problemas de la sociedad. Dirigentes liberales y conservadores prestarán su apoyo a esa tarea, pero será la República Liberal la que firmará el acta de nacimiento de la nueva esperanza.