La estructura gubernativa de los reinos indianos estuvo compuesta por autoridades que actuaban tanto en España como en el Nuevo Mundo. En un primer momento, y hasta 1516, fecha de la muerte del rey Fernando el Católico, tuvo lugar preponderante el arcediano de la catedral de Sevilla, Juan Rodríguez de Fonseca, que era a la vez miembro del Consejo de Castilla. Fue quien ayudó a Colón para su segundo viaje y asesoró a los reyes en todos los problemas derivados de las expediciones hasta la fecha indicada. Durante esta época, las cuestiones judiciales vinculadas con el Nuevo Mundo eran definidas por el Consejo de Castilla. Ya en 1519, bajo el reinado de Carlos V, se formó dentro del Consejo de Castilla un grupo llamado Consejo de Indias, que alcanzó la categoría de Real y Supremo cinco años después.

Muy tempranamente (20 de enero de 1503) fue creada la Casa de Contratación, que fue instalada en Sevilla. Este organismo, de crucial importancia para la vida indiana, tuvo a su cargo el despacho de las expediciones y las flotas, el registro de los pasajeros y mercaderías que iban al Nuevo Mundo, la vigilancia del comercio, el cobro de las rentas procedentes de ultramar y otras funciones conexas. También le pertenecía la jurisdicción para entender en todos los pleitos que interesaban al fisco o que podían suscitarse con motivo del tráfico con las Indias; pero los juicios entre particulares, de carácter mercantil, pasaron a ser de competencia del Consulado de Sevilla, que se fundó en 1543.

La Casa de Contratación concentró todo el tráfico con las Indias, teniendo la misión de evitar el ingreso a los territorios indianos de personas, libros o ideas que pudieran quebrar su unidad espiritual; lógica consecuencia fue la creación de un Estado hermético, que sólo podía vincularse y comerciar con la metrópoli. Este último presupuesto venía impuesto por la política colonial y por las ideas mercantilistas que predominaban en ese momento en Europa, y que tenían como finalidad principal impedir la evasión de la moneda. Queriendo conservar ese elemento, se prohibió la exportación del oro y de la plata, se estableció un monopolio del tráfico indiano a través de Sevilla y se procuró también impedir la importación de muchos artículos a fin de proteger la industria española.

A mediados del siglo XVI se organizó el sistema de las flotas y galeones. La Casa de la Contratación debía enviar anualmente un convoy de barcos protegidos por la Armada, con destino a Portobelo o Cartagena, en donde se realizaban las ferias a las que concurrían los comerciantes del Pacífico, para volver luego con esas mercancías a Lima y otras ciudades. El resto de la flota iba directamente a Veracruz (México) y ambas volvían a reunirse en La Habana para regresar a Sevilla. Todo comercio por otra vía quedó prohibido, salvo las excepcionales licencias que el rey podía otorgar, y todo intercambio con los extranjeros fue simultáneamente vedado a los habitantes de América bajo penas severísimas.

Sólo en el siglo XVIII los Borbones comienzan a ensayar una política más amplia, impuesta a veces por Francia o Inglaterra, o inspirada otras por las nuevas ideas económicas. Los asientos negreros concedidos a esas naciones, el aumento de los buques de registro y de licencias para navegar, la supresión de las flotas y galeones y luego la apertura de los puertos españoles y americanos al comercio libre en navíos nacionales (1778) son otras tantas etapas sucesivas en una evolución hacia la completa libertad mercantil. Esta orientación procuraba simultáneamente restaurar la grandeza de España desarrollando sus industrias y su marina para competir así con las demás naciones, y aunque en parte logró este resultado a lo largo del siglo, la batalla de Trafalgar (octubre de 1805), en la cual quedó destruida la escuadra franco-española, cortó las comunicaciones regulares con sus dominios de ultramar.

En el orden interior, las diversas provincias de las Indias se organizaron en el siglo XVI con los pocos recursos que venían de España o que existían en cada región. La metrópoli proveyó semillas y ganados, así como la técnica incipiente para aprovecharlos y para explotar las minas. Aunque los españoles pusieron su trabajo en una primera etapa, en general éste fue realizado tanto por indios como por negros. Sin embargo, nunca se quiso hacer de estas colonias grandes mercados de consumo, ni desarrollar de tal manera sus industrias como para convertirlas en centros exportadores, salvo en lo referente a las minas y a otros productos tropicales, como el algodón y el cacao. La política de España tendió más bien a organizar una economía estática antes que una economía de expansión, buscando el equilibrio de la producción y el consumo dentro de sociedades relativamente cerradas y con mercados muy reducidos.

Desde otro punto de vista, España consideró a su vasto imperio como una unidad económica dentro de la cual debían ser preferidos los intereses peninsulares. A veces se prohibieron ciertos cultivos o industrias de las Indias para que no hicieran competencia a sus similares europeos; y más tarde, por motivos exclusivamente fiscales se establecieron algunos monopolios y restricciones que también cercenaron las posibilidades locales. Además, en todas las épocas hubo un sistema aduanero proteccionista, que a veces favorecía la producción del Nuevo Mundo y otras lo perjudicaba notablemente.

Dentro de todas estas ideas, debe analizarse cómo España cumplió o intentó cumplir con la obligación evangélica que le fue impuesta en las Bulas de donación pontificia. El desarrollo económico indiano tuvo como límite, por lo menos inicialmente, el sistema de protección indígena al que ya se hizo referencia en esta serie Instituciones de Colombia (Nš 146, febrero de 2002), el cual subordinó la concesión de tierras durante la colonia (ver Nš 149, mayo de 2002), o más bien, hasta mediados del siglo XVIII, en el cual la tensión entre el sistema de protección inicial a los indígenas y la necesidad de arbitrar recursos para la Corona se rompe a favor de este último extremo, iniciando un movimiento que va a continuar a todo lo largo del siglo XIX y que va a llegar incluso al siglo XX.