Rionegro, capital de la provincia de Córdoba, en el Estado de Antioquia, era una pequeña ciudad predominantemente liberal y adicta al general Tomás Cipriano de Mosquera, Presidente provisorio de los Estados Unidos de Colombia, supremo director de la guerra y Presidente de los Estados del Cauca, Antioquia y Tolima. Era una pequeña ciudad de clima amable, con casas de buen aspecto y abundancia de jardines y flores. Hacia allí se dirigieron en el mes de enero de 1863 los 63 diputados que integrarían la Convención Constituyente, encargada de redactar una nueva Carta Fundamental para el país.
En realidad, ya desde agosto de 1861, poco después de la toma de la capital por los ejércitos del general Mosquera, se había decretado la convocatoria de esta asamblea para el mes de diciembre de ese año, pero la guerra había impedido su reunión. Cada Estado debería elegir un número de diputados igual al de senadores y representantes que le correspondía según el censo de 1860, y las elecciones sólo pudieron realizarse entre julio y septiembre de 1862. Los elegidos pertenecían todos al partido liberal, vencedor en la guerra civil promovida por Mosquera, aunque las fuerzas estaban divididas en dos bandos muy equilibrados: 28 mosqueristas, 28 independientes que hacían la oposición al gobierno y 5 indecisos que no se inclinaban por ninguno de los dos bandos.
El 3 de febrero se reunió la junta preparatoria, bajo la presidencia de Antonio Mendoza, el diputado de mayor edad, y el día siguiente se efectuó la primera plenaria con la totalidad de los diputados. Mosquera se hizo presente en su calidad de diputado por el Cauca y ocupó un escaño corriente entre los demás delegados. Por iniciativa de los independientes, Zaldúa fue elegido presidente de la Convención, bloqueándose la aspiración de Mosquera, Eustorgio Salgar ocupó la vicepresidencia y Clímaco Gómez la secretaría.
El General Mosquera presentó un proyecto absolutista de Constitución, el diputado por Panamá Justo Arosemena presentó otro, calcado de la Constitución suiza (con un ejecutivo plural y cantones relativamente independientes), Lorenzo María Lleras propuso un tercer proyecto, y Camacho Roldán redactó otro más, siguiendo muy de cerca la Constitución de 1958, que había quedado sin efecto por el llamado Pacto de Unión (septiembre de 1861), que organizó jurídicamente el gobierno provisorio de Mosquera.
Uno de los primeros pasos de la Convención fue nombrar un Ejecutivo Plural integrado por cinco ministros, para debilitar el poder de Mosquera mientras sesionaba la Constituyente. Fueron elegidos Eustorgio Salgar (Gobierno), José Hilario López (Relaciones Exteriores), Julián Trujillo (Hacienda), Mosquera (Guerra) y Froilán Largacha (Tesoro, único con sede en Bogotá). También se ordenó que las tropas se retiraran de Rionegro y quedasen estacionadas por lo menos a cuatro leguas de distancia, aunque en realidad los batallones quedaron alojados en Marinilla (a una legua) y La Ceja (a menos de dos), lo que de todas maneras también debilitó a Mosquera. La junta de gobierno colectivo entró en funciones el 10 de febrero de 1863 y ejerció el mando hasta el 14 de junio siguiente.
Los puntos de mayor discusión durante la Convención fueron esencialmente las facultades que tendría el presidente de la Unión, la duración de su período de mando, la disminución del pie de fuerza armada permanente, que con la guerra civil había aumentado considerablemente, el control de contribuciones y empréstitos de los que se había abusado durante los años de contienda civil y, desde luego, la cuestión religiosa, agravada por la ley de tuición de cultos y por la expatriación de varios obispos, que Mosquera había decretado.
Finalmente, después de tres meses de deliberaciones, el viernes 8 de mayo de 1863, la Convención, presidida entonces por Justo Arosemena y Julián Trujillo, aprobó la nueva Constitución. Ese mismo día los Estados Soberanos de Antioquia, Bolívar, Boyacá, Cundinamarca, Magdalena, Panamá y Tolima ratificaron la Carta que, con algunas modificaciones secundarias, tendría vigencia hasta 1886.
Surgió así un Estado federal y anticentralista, una ilimitada autonomía, de los Estados, la debilitación del poder presidencial y la reducción de su período a sólo dos años; la no reelección inmediata del Ejecutivo; inviolabilidad de la vida humana y supresión de la pena de muerte; libertad de prensa y de palabra; libre movilización dentro del territorio nacional; libre asociación pacífica de los ciudadanos. En el preámbulo de la Constitución se eliminó la invocación a Dios. Y, con base en la Carta del 63, los Estados Soberanos se dieron constituciones estatales que cambiaron frecuentemente al vaivén de las circunstancias políticas locales.