En la España borbónica la organización de Estado Mayor apareció incipiente en las ordenanzas de 1702 y tuvo algún desarrollo en la reforma militar de Carlos III con los Cuartel Maestres Generales, a los cuales se adscribieron los Ayudantes. Sin embargo, al estallar la guerra de Independencia en Colombia y durante sus tres primeros años, los Estados Mayores no se mencionaron y sus funciones estuvieron asignadas a las Juntas o Secciones de Guerra que se crearon dentro de las Juntas de Gobierno, tal como ocurrió con la de Santafé, formada el 27 de julio de 1810, de la cual formaron parte José María Moledo, Antonio Baraya, Francisco Morales y José Sanz de Santamaría y a la que se adscribió el siguiente año el coronel español pro independentista, José Ramón de Leyva.

De tal suerte, durante el período de la Primera República no aparecieron conformados los Estados Mayores en los ejércitos patriotas, tanto porque no se habían desarrollado bien en España, como porque las tropas coloniales eran pequeñas unidades, tipo regimiento o batallón, destacadas en Cartagena y Bogotá, con fracciones menores en otras poblaciones como Popayán, Riohacha y Santa Marta, que no los requerían. Además, el espíritu caudillista de los criollos, heredado de España, poco se conciliaba con tal organización, razón de más para que los ejércitos patriotas de Baraya, Nariño, Cabal y otros próceres, como los realistas de Tacón, Samano y Aymerich, no se preocuparan por este tipo de entidad militar.

Cuando a los ejércitos independentistas empezaron a llegar oficiales europeos, veteranos de las guerras napoleónicas, como Labatut, Serviez, etc., se empezó a hablar de los Estados Mayores, sobre todo cuando en 1813 alguno de los oficiales extranjeros puso en manos del joven coronel patriota Liborio Mejía la obra en francés de Fabio Thiebault, denominada Manual de los Ayudantes, quien la tradujo al español dedicada a su amigo y camarada militar Custodio García Rovira. La inmediata reconquista española del general Pablo Morillo no les dio tiempo a estos próceres republicanos de llevar a la práctica tal organización.

Fue el Libertador, desde la primera expedición de los Cayos, quien trató de organizar una especie de grupo de mando o Estado Mayor, que concretó en la ciudad de Angostura cuando se puso a su servicio el coronel Francisco de Paula Santander y empezaron a llegar los legionarios ingleses. El 24 de diciembre de 1817, dispuso llevar a la práctica el citado Manual de los Ayudantes, traducido por el prócer, mártir y presidente neogranadino, y ordenó la organización del Estado Mayor General con los oficiales mejor preparados del ejército. El primer jefe de esta nueva organización fue el díscolo general Santiago Mariño, a quien sucedió luego Carlos Soublette, y como subjefe el coronel Santander, este último hasta cuando a mediados de 1818, después de la derrota en Venezuela, el Libertador puso sus ojos sobre la Nueva Granada, lo ascendió y lo envió a organizar la división de vanguardia en Casanare.

Para la Campaña Libertadora de la Nueva Granada de 1819 se organizó el Estado Mayor General bajo la jefatura del general Carlos Soublette, como subjefe el coronel Jacinto Lara y oficiales ayudantes los coroneles Manuel Manrique y Pedro Briceño Méndez, el sargento mayor José Gabriel Pérez, los capitanes Felipe Alvarez Erazo, Daniel Florencio O´Leary y Diego Ibarra y el secretario general Rafael Revenga. Así mismo, en cada una de las divisiones se estableció esta organización con un reducido grupo de oficiales: en la División de Vanguardia el jefe de Estado Mayor fue el coronel Pedro Fortoul y subjefe el coronel Antonio Morales; en la División de Retaguardia, el teniente coronel José María Córdova, quien ya se destacaba como uno de los más brillantes oficiales. La actividad de los Estados Mayores en esta campaña fue de enorme importancia para el ejército libertador, desde su concepción en los Llanos del Apure, durante la penosa travesía por los llanos inundados, pero sobre todo en el difícil ascenso al Páramo de Pisba, donde los jefes, subjefes y ayudantes se prodigaron para mitigar el sufrimiento de las tropas, requiriendo y llevando alimentos, ropas y cabalgaduras donadas generosamente por los civiles neogranadinos.

En el triunfo decisivo de Boyacá, mucho tuvo que ver el Estado Mayor. Gracias a su habilidad para el espionaje, pudo el Libertador conocer las intenciones del coronel Barreiro y cuando, en la madrugada del 7 de agosto, desde el alto de San Lázaro a donde sus miembros habían subido con Bolívar, sitio que domina por igual a Tunja donde estaba formado el ejército patriota, como el camino de Motavita al Puente de Boyacá por donde desfila el realista, una vez observado dicho movimiento, ordenó el Libertador al coronel Manrique: ¨Vaya usted y diga a los generales Santander y Anzoátegui que inicien la marcha, listos para combatir en cualquier momento¨. Así los patriotas sabían que iban a combatir y lo deseaban, mientras los desmoralizados realistas tenían su mente en la capital para defenderse en ella reforzados con las tropas del coronel Calzada. Con razón algunos sostienen que esta batalla, la más decisiva de las que se dieron en nuestro suelo patrio, la ganó Bolívar antes de librarla.

En las siguientes campañas por la libertad de Suramérica, los Estados Mayores del ejército de Bolívar continuaron cumpliendo sus tareas de manera efectiva. La Campaña de Carabobo, concebida dentro de los cánones de la más depurada estrategia clásica, se debe en parte a la inteligencia del general Sucre, quien ocupó el cargo de jefe del Estado Mayor hasta cuando fue destinado al Sur de Colombia. A su sucesor, el general Santiago Mariño, y al general Bartolomé Salom como subjefe del Estado Mayor, les correspondió cumplir lo proyectado por Sucre, bajo la impecable dirección del Libertador, quien remató la empresa con una batalla ejecutada magistralmente en la sabana de Carabobo en 1821.

En la campaña de Bomboná actuaron como jefe y subjefe del Estado Mayor, respectivamente, el citado general Salom y el coronel Antonio Obando, mientras en la de Pichincha, Sucre no designó jefe de Estado Mayor General, sino que contó con una organización de Ayudantes, bajo sus órdenes directas, tal vez por la necesidad de mantener la unidad de mando con la División Peruana a órdenes del coronel Andrés de Santacruz.

Para la campaña libertadora del Perú de 1824, cuando Bolívar tomó el mando del ejército, quien en la práctica actuó como jefe del Estado Mayor General durante la primera fase de esta jornada de ascenso a la cordillera y hasta la batalla de Junín, fue el general Antonio José de Sucre, cuya actividad como tal fue digna del reconocimiento del Libertador. Y en la batalla de Ayacucho, Sucre como general en jefe del ejército tuvo como jefe de Estado Mayor al coronel Andrés de Santacruz y como subjefe al coronel irlandés O´Connors.