La justicia Castrense es de estirpe española y nace del Fuero Militar, institución muy antigua que se remonta a las legiones romanas. Carlos III, gran reformador de las instituciones militares, promulgó un decreto real el 9 de febrero de 1793 estableciendo el Fuero Militar en los ejércitos de España y ultramar, consistente en el juzgamiento de los delitos cometidos por militares en tribunales castrenses. Con el tiempo, el componente jurídico que era el mismo empleado en la justicia ordinaria comenzó a diferenciarse dada la especifidad de los actos punibles.

Al producirse la independencia de las colonias americanas, en la Nueva Granada el Fuero Militar pasó a la República junto con la esencia del Derecho español. La Justicia Penal Militar comenzó a cobrar vida propia bajo el mandato del general Francisco de Paula Santander, el Hombre de las Leyes, primero como vicepresidente de Colombia en ausencia del Libertador-Presidente, luego en su segunda administración (1833-1837) y por último cuando recibió del secretario de Guerra general Pedro Alcántara Herrán el encargo de redactar un Código Militar que, infortunadamente, quedó inconcluso por la muerte del autor en 1841.

La primera aplicación conocida de la Justicia Militar ocurrió durante la Primera República y se sujetó al Derecho español. Cuando Antonio Nariño, investido del mando del Ejército Unido de la Nueva Granada adelantaba la campaña del Sur, tres militares europeos, Manuel Roergaz de Serviez, Cortés de Campomanes y el barón de Schanbourg incurrieron en conductas que hicieron pensar al Comandante en Jefe en una insubordinación con perfiles de conjura contra él. De inmediato ordenó abrir un expediente, ordenó separarlos del Ejército y los remitió a Santafé para que fueran juzgados, todo dentro de la normatividad del Derecho español.

El teniente general Pablo Morillo al efectuar la reconquista de la Nueva Granada estableció, en interpretación tiránica de su mandato, los Consejos de Guerra permanentes para juzgar a los reos de Alta Traición, que por lo general culminaban en el caldaso; el Consejo de Purificación que juzgaba los delitos de rebelión y similares, redimibles con castigos diferentes a la pena de muerte; y la Junta de Secuestros que incautaba los bienes de los condenados en los citados tribunales y los de patriotas reconocidos o sospechosos.

Restablecida la República con la victoria de Boyacá, la Justicia y el Fuero Militar recobraron plena vigencia y así continuaron durante el siglo XIX, con reformas menores, pero con reconocimiento constitucional en todas las Cartas promulgadas a lo largo de esa centuria turbulenta (las de 1830, 1832, 1843,1853, 1858, 1863, 1886).

El Código Constitucional en 1811, promulgado bajo la presidencia de Jorge Tadeo Lozano, marca la adopción de la jurisprudencia militar española en los albores de la emancipación, al establecerse en el Título Octavo, "De la fuerza pública": Artículo 1º. "El fuero militar se conservará como hasta aquí". Se sentó así la piedra sillar del concepto que predominó a lo largo de todo el proceso constitucional colombiano. Para entonces no se hablaba aún de Justicia Penal Militar. El Fuero era la única diferencia con la justicia ordinaria.

La Constitución de 1886 puso fin a la "reformitis" que caracterizó el proceso constitucional del siglo XIX. Redactada en términos de claridad y precisión, puede considerarse obra maestra de lenguaje, estilo y vertebración filosófica. En lo tocante a la Fuerza Pública, el Título XVI en sus seis artículos definió el ser de las instituciones militares en Colombia, y en sus artículos 169 y 170 determinó dos aspectos fundamentales de la justicia penal y el fuero que la sustenta, al determinar que "Los militares no pueden ser privados de sus grados, honores y pensiones sino en los casos y del modo que determine la ley", el primero, y que "De los delitos cometidos por los militares en servicio activo y en relación con el mismo servicio, conocerán las Cortes Marciales o Tribunales Militares, con arreglo a las prescripciones del Código Penal Militar", el segundo.

Aunque la Constitución que rigió durante ciento tres años la vida jurídica del país no se refirió al aspecto disciplinario, es lógico que si aceptó la existencia de un Fuero Militar en lo penal, el régimen disciplinario debería recibir el mismo tratamiento, pues se trata de una función de comando en cuyo ejercicio se requieren especialización, experiencia y conocimiento profundo de las instituciones armadas y de sus integrantes humanos, lo que no es dominio de los funcionarios de la justicia ni de los organismos de control, Fiscalía y Procuraduría de la Nación.

La Constitución de 1991 repitió literalmente, con algunas adaptaciones propias de la evolución de las instituciones castrenses, lo determinado sabiamente por la Carta del 86. Sin embargo, la Corte Constitucional determinó que, en lo relacionado con el régimen disciplinario, la Procuraduría General de la Nación tiene facultades disciplinarias sobre los militares como sobre cualquier funcionario público, con lo cual se consagró un concepto del Organo Ejecutivo, instaurado desde 1988 como mandato constitucional.

La interpretación de la Corte en este caso obedece al concepto de que el militar es un simple funcionario del Estado, lo cual es inexacto. Ningún funcionario público está obligado a exponer y sacrificar la vida en ejercicio de su cargo, ni comete actos punibles equivalentes a aquellos en que puede incurrir un militar. El régimen disciplinario puede considerarse como el primer nivel del edificio jurídico penal militar. Por consiguiente, debe recibir el mismo tratamiento, y la injerencia de la Procuraduría en un ámbito tan peculiar y especializado resulta nociva, como ha podido comprobarse en la realidad.

El tránsito de la justicia del sistema inquisitivo al acusatorio dispuesto por la Constitución del 91, obligó a adaptar la estructura de las justicias tanto ordinaria como militar al nuevo ordenamiento. Los códigos de procedimiento y ejercicio de la función judicial hubieron de sujetarse a este cambio trascendental, así como las instancias propias de los procesos penales. En el ramo de Defensa se creó la Dirección General de la Justicia Penal Militar a cargo de un brigadier general, con responsabilidad en la vigilancia y correcta administración de la justicia en todos los niveles jerárquicos.