Uno de los hechos más trascendentales en la vida de Isaacs fue su participación en la guerra de 1860, apoyando al presidente conservador Mariano Ospina Rodríguez contra el general Tomás Cipriano de Mosquera, quien se había aliado con los caudillos liberales José María Obando y José Hilario López. Durante esta contienda Isaacs estuvo bajo las órdenes del general Braulio Henao y combatió en el puente de Cali y en la batalla de Manizales el 28 de agosto de 1860. Muchos años después, en 1893, Isaacs explicaba su intervención al lado de los conservadores en los siguientes términos: «Instintivamente comprendí que Mosquera trabajaba en servicio de su desmedida y temible ambición. Hoy en igual caso haría yo, aunque me costara la vida, lo que entonces hice»

  Entre 1864 y 65 Mosquera lo nombró supervisor del Camino de Buenaventura. En 1867, cuando ya gozaba de reconocimiento como poeta y literato por haberle publicado un libro de poemas los miembros de El Mosaico y haber publicado María, aparece como redactor del semanario conservador La República, en Bogotá, para sostener la candidatura presidencial de Pedro Justo Berrío. Fue electo representante a la Cámara en 1866,68 y 69 por el partido conservador. En 1870 fue elegido nuevamente, pero esta vez como miembro del sector radical del liberalismo, pues desde 1867, cuando se dio el golpe de estado contra Mosquera, había mostrado afinidades con este sector político.

  Entre 1871 y 1872 estuvo como cónsul en Chile. Cuando regresó en 1873 se dedico a labores agrícolas en su hacienda Guayabonegro, las que terminaron en sonoros fracasos que le obligaron a escribir «A mis amigos y a los comerciantes del Cauca» (Cali, 20 de junio de 1875) para enfrentar los pleitos que le ocasionó su segunda ruina económica. Debido al fracaso de sus empresas, Isaacs se dedicó en adelante únicamente a actividades políticas, al lado del sector radical del liberalismo que era liderado por Manuel Murillo Toro. Esto lo llevó a participar en la política caucana con un grupo minoritario dirigido por su primo César Contó, quien fue nombrado presidente del Estado en 1875, por una coalición entre radicales y mosqueristas que pretendían frenar el ascenso del partido conservador. Gracias a esto, Isaacs ocupó el cargo de subdirector de Instrucción Pública del Cauca y, luego, el de secretario del ramo, que desempeñó hasta 1877.

  El ejercicio político del grupo radical no fue el mejor. Sabiéndose minoritarios. Contó, Isaacs, Modesto Garcés y Manuel Sarria iniciaron una serie de maniobras para perpetuarse en el poder. Para lograrlo, persiguieron al partido conservador, exasperaron al clero e intentaron aplicar el sistema de educación laica que desde 1870 venia desarrollando el gobierno radical de la Unión y que había encontrado en los cancanos en general una fuerte oposición, porque consideraban que se quería imponer la «educación atea». En apoyo de su proyecto. Contó e Isaacs redactaban en Popayán El Programa Liberal, desde el cual no sólo fustigaban a los conservadores, sino también al sector mayoritario de los liberales caucanos, el mosquerista, que empezaba a vivir un proceso de recomposición interna que permitía cierta tolerancia frente al conservatismo y estaba dando origen al liberalismo independiente. Esto llevó a enfrentamientos internos con los independientes, cuyos principales líderes eran los generales Julián Trujillo y Elíseo Payan. Los métodos utilizados fueron los conocidos como «sapistas» -en referencia a Ramón Gómez, político radical cundinamarqués mejor conocido como «el Sapo», experto en violar las garantías individuales, especialmente las electorales- y que se resumían en la frase «el que escruta elige».

  Aunque fueron muchos los abusos, el que más exasperó a los caucanos fue declarar «en blanco» el voto del Estado, cuando la voluntad electoral mayoritaria había estado por el candidato presidencial Rafael Núñez. Esto llevó a que los independientes consideraran seriamente realizar un levantamiento para bajar a los sapistas del poder, lo que no se logró debido a que las presiones realizadas por Contó sobre los conservadores los obligó a lanzarse a la guerra en 1876. Durante la contienda, Isaacs actuó como jefe del batallón Palmira y como visitador fiscal de las municipalidades del Estado.

  En 1877, en medio de unas elecciones en las cuales no podía participar la mayoría de los cancanos por estar en la guerra, Contó logró hacer elegir a todos sus amigos a la Legislatura cancana y a su secretario de Gobierno, Modesto Garcés, como presidente del Estado, quien, a su vez, en 1878, nombró a Isaacs secretario de Gobierno, cargo que desempeñó entre febrero y diciembre. A pesar de que mostró un particular interés por el desarrollo de la Secretaria a su cargo, que llevó a que propusiera y lograra la aprobación de la Ley 32 Orgánica del Ramo de Instrucción Pública y a establecer un claro control sobre el culto católico, su desempeño fue muy criticado por los liberales independientes y por los conservadores, quienes lo acusaron a él y a la Legislatura cancana de haber invadido las esferas del gobierno nacional con el único fin de establecer un cuarto poder que debía ejercer influencias decisivas en aspectos eleccionarios.

  Para los caucanos era claro que los radicales habían dejado sentadas las bases para establecer la ruptura de relaciones con el gobierno nacional, en manos del independiente Julián Trujillo, el verdadero triunfador de la guerra del 76. Para sustentar esto decían los independientes: «Véanse si no, las significativas frases estampadas por el Señor Isaacs en su renuncia del Cargo de Secretario de Gobierno, las cuales revelan por sí solas cuál había sido el pensamiento dominante de la Administración Ejecutiva del Sr. Garcés en punto a relaciones con el Poder Ejecutivo Federal [...]»

  La situación nacional después de la guerra se había puesto demasiado tirante, debido a que una de sus consecuencias fue que los radicales perdieran el poder nacional que habían controlado desde 1867 cuando derrocaron a Mosquera, resultando electo el general Julián Trujillo como presidente de la Unión. Esto hizo que la oposición se concentrara en las cámaras, donde los radicales mantenían una representación importante. El primer movimiento en contra del gobierno regenerador se efectuó cuando el Senado rechazó las listas de secretarios de despacho presentadas por Trujillo y cuando propuso dar garantías al clero. Pero lo más bochornoso se presentó en la Cámara el 6 de mayo de 1879, cuando Jorge Isaacs insultó al caucano Andrés Cerón, secretario de Guerra, su enemigo personal y político. Esto suscitó la airada reacción del pueblo bogotano (manipulada por el presidente), que atacó el hotel donde se alojaba Isaacs, junto con otros representantes. También fue atacada la casa de Manuel Murillo Toro, por lo que se esperaba un levantamiento general del radicalismo. De hecho Isaacs había sido el detonante de una crisis que estaba siendo impulsada por los radicales apoyados en su mayoría en el Congreso. La prensa independiente dibujaba así la situación: «Los sapos canta aún, i la oligarquía intenta quemar sus últimos cartuchos desde las Cámaras lejislativas». Después de algunos muertos y muchos contusos, el presidente se vio obligado a declarar turbado el orden público.

  En esos momentos, Isaacs era consciente de que se había convertido en el principal opositor al gobierno, pero con un mal cálculo político consideró que era llegado el momento de iniciar una revolución que permitiera a los radicales retomar el poder. Para ejecutar sus planes marchó a Manizales, ya que algunos radicales se estaban atrincherando en San Francisco (Chinchina), lo que obligó a que el gobierno del Cauca movilizara la Guardia Nacional. La situación se caldeó tanto, que el periódico cancano El 21 de Abril publicó un artículo remitido desde Manizales y titulado «Avisos de ruina», en el que se decía que en esa ciudad Isaacs había pintado con colores exagerados lo ocurrido en Bogotá inculpando al presidente de la República y acusándolo de haber «celebrado un compromiso con los conservadores para entregarles los Estados de Antioquia i Tolima. Dicho Isaacs partió para Medellín llamado por el general Rengifo; i ya podrán considerar cuánto hará para prevenir los ánimos i lanzar el Estado a la guerra. Estamos preparados contra toda aventura. A ustedes toca calificar las infamias de su paisano Jorge; por fortuna es hombre mal querido i despreciado». Los temores de los caucanos no fueron infundados, pues a pesar de que Isaacs se dedicó a redactar en Medellín La Nueva Era, ese mismo año encabezó una revolución que derrocó al presidente de Antioquia Pedro Restrepo Uribe. Su participación en dicho movimiento la explicó en el libro titulado La revolución radical en Antioquia (Bogotá, 1880).

  El movimiento revolucionario fue otra de las desafortunadas jugadas políticas de Isaacs, pues a pesar de que tomó el poder el 28 de enero de 1880, no contó con el apoyo de los principales líderes antioqueños, quienes en telegramas dirigidos al presidente de la Unión le solicitaron no reconocer su gobierno usurpador. En igual sentido se pronunció el general Valentín Deaza, comandante del Batallón Zapadores de Manizales, quien no aceptó el nombramiento de jefe del estado mayor general que le hiciera Isaacs, pues a nadie se ocultaba que el movimiento se había iniciado como una revolución contra el Gobierno Nacional. El movimiento de tropas nacionales desde Manizales y el Cauca logró que Isaacs fuera depuesto y que Pedro Restrepo recuperara en poder. Como consecuencia de ello Isaacs fue expulsado del Congreso, finalizando su vida política, aunque en 1884 fue nombrado director de Insutrucción Pública en el Tolima y en 1885 tuvo una no muy destacada participación en la guerra que los radicales le declararon a Rafael Núñez.

Literatura y política

La participación política de Isaacs se rozó con la literatura cuando escribió algunos poemas narrativos cuyo tema central eran las guerras civiles en las que se vio envuelto. Las tragedias que encerraban las contiendas militares fueron recogidas en «La montañera», «La vuelta del recluta», «El cabo Muñoz», «La muerte del sargento» y «Soneto a mi Patria», escritos entre 1860 y 1864. Esta temática fue retomada en 1874 cuando escribió «La agonía del héroe» y «La tumba del soldado», que parecen reflejar experiencias personales. El que sí corresponde de una manera más directa a las experiencias del autor fue «Después de la victoria», escrito luego de su actuación en la batalla de Los Chancos, ocurrida el 23 de agosto de 1876.

  Pero más importante, por las consecuencias políticas que tuvo, fue la persecución que sufrió Isaacs debido a sus desafortunadas actuaciones públicas. Un buen ejemplo se tiene en la publicación que realizó en Cali de «Los Motilones», un panfleto cargado de veneno contra los conservadores, que llevó a que Primitivo Sinisterra escribiera una burlona receta para el menudeo de drogas, que fue famosa y que habría de herir profundamente a Isaacs, ya que era repetida en todos los tertuliaderos: «Cortezas de Guayabonegro, 4 onzas. Flores de ilusión pecuniaria, 1 onza. Conserva añeja de motilones, 2 dracmas. Extracto alcohólico de vanidad, 1 onza. Agua del Fraile, 2 litros. Hágase hervir al baño «mana», déjese reposar y fíltrese».

  Más graves fueron los ataques que se orientaron a tender sombras de duda sobre la autoría de María, su obra maestra. Luciano Rivera y Garrido describe así estos ataques: «Pero ¡ay! era preciso que se cumplieran una vez más las tremendas palabras de Jesús: 'ninguno es profeta en su país’ El Cauca, que tan orgulloso y complacido debiera haberse mostrado con un hijo como Isaacs, que tanta honra le ha procurado y tanto brillo ha dado a su fama [...] El Cauca, repito con pesar, fue el primero en llevar a los labios del poeta la copa de acíbar con que la ingratitud humana recompensa los generosos esfuerzos de los buenos [...] Pero, seamos justos, aunque nos mostremos de una severidad implacable con nosotros mismos: ¿no fue, por desgracia, en el Cauca, donde surgió primero la miserable y odiosa especie de que Isaacs era un impostor vulgar al hacer pasar como obra suya a María, supuesto de que esta no es sino el lamento póstumo, el gemido postrero del mayor de sus hermanos. Lisímaco, muerto en la flor de la vida? [...] Ya que fue imposible desgarrar las inmortales glorias de esa corona diciendo que el libro no servia de nada, se gritó ¡que era ajeno!».

  Los comentarios se hicieron especialmente frecuentes en 1879, cuando Isaacs encabezó la oposición al presidente Trujillo. Los liberales independientes y en especial los del Cauca no desaprovecharon ninguna oportunidad para burlarse del poeta, recordándole no sólo su oficio de escritor, sino también sus fracasos económicos. Un buen ejemplo de la utilización política de estos dos elementos los trae el periódico El 21 de Abril, que en su edición del 1° de junio de 1879 publicó una hoja suelta con el «proyecto de ley» que se copia textualmente: «CONGRESO NACIONAL DE 1879, PROYECTO DE LEÍ PRESENTADO A LA CAMARA POR EL H. I. CUCARRON. El Congreso de los Estados Unidos de Colombia, CONSIDERANDO: 1°. Que no es posible, según el radicalismo, permitir que a los literatos que pertenecen a la comunidad se les critiquen sus obras. 2°. Que teniendo conocimiento de que La Lid trae una crítica suscrita por un tal Régulo por la cual se quiere arrebatar las glorias i coronas al eminente publicista contemporáneo Jorge Isaacs i aun se tiene la osadía de dudar de que él sea autor de La María, DECRETA: Art. 1 °. Desde la publicación déla presente leí, se borrará de la lista electoral al señor Régulo, no se le dará boleta de entrada a las Cámaras i se le obligará al pago de los daños i perjuicios causados al señor Isaacs, los cuales si no pudiere abonar en metálico los arreglará en trabajo personal en la hacienda de Guayabonegro. Art. 2°. Se declara virihus et amis, pésele a quien le pesare, que el autor de La María es el señor Jorge Isaacs i el que se resistiere al espíritu de esta leí pagará una multa de $100 a favor del señor Isaacs. Presentado, &a, &a., I. Cucarrón. Se le dio primer debate i pasó en comisión al Representante Tiberio Sánchez [...].

«María», de Jorge Isaacs. Casa Editorial Mateu, 1899.
Biblioteca Luis Angel Arango, Bogotá.

  Los ataques realizados por sus enemigos políticos produjeron profundo malestar en Isaacs, quien lo expresó a su amigo Luciano Rivera y Garrido: «¡Siempre aquel libro en boca de los que quieren dañarme! ¿Qué es eso? Si fue un delito escribirlo, ¿asi como ellos lo quieren debo purgarlo? ... Amigo mío, ¿por qué nos regocijamos en un tiempo, por amor al país en el que usted y yo nacimos, viendo el buen éxito que obtenía ese libro? ... ¡De mi mente aparte Dios los pensamientos que la entenebrecen en este instante! ¡Nunca vuelvan a mí!» Debido a sus fracasos económicos y políticos y, sin duda, a tales ataques, Isaacs no volvió a vivir en el Cauca. Murió en Ibagué el 17 de abril de 1895, siendo su última voluntad que su cadáver fuera enterrado en Medellín, la tierra de Córdova a la que había dedicado uno de sus poemas; no obstante, siempre expresó su amor por el Cauca: «¡Sí, mucho amo al Cauca, aunque es tan ingrato con sus propios hijos!».