El legado colonial de Quibdó no es palpable en la actualidad en objetos patrimoniales muebles tales como altares, cuadros y esculturas. Tampoco las edificaciones nos dan un testimonio directo de este período. Su pasado, que se remonta hasta el siglo XVII, hay que leerlo a partir de las huellas del poblamiento hispano, los desplazamientos de la población indígena y la incorporación progresiva del pueblo negro en la cultura local y regional.

   El territorio del actual Quibdó fue escenario de luchas entre las culturas Cuna y Emberá, reducidas en sus territorios por el proceso de ocupación española, durante los siglos XVI y XVII. Mediante acuerdos iniciales surgen una serie de poblados indígenas que son los antecedentes indirectos del Quibdó colonial.

   Las gobernaciones de Santafé de Antioquia y Popayán utilizaron, en la lucha por estos territorios, un mismo procedimiento de pacificación y ocupación: la religión. A partir de la llegada de clérigos como Antonio de Guzmán y Céspedes y de diferentes misiones franciscanas se dio un poblamiento provisional, basado en pactos, cual es el caso de San Pedro, ubicado frente al actual Quibdó en la desembocadura del río Quito en el Atrato. Con la violación de los pactos entre indígenas y españoles, los nativos protagonizan alzamientos entre 1680 y 1684. Finalmente, Carlos Salcedo de Sotomayor, enviado militar de Popayán en 1687, logró reafirmar la ocupación española y el dominio de esta gobernación sobre el territorio Emberá.

    Durante los alzamientos indígenas se incendió la población, que empezó a reedificarse desde 1694. Quibdó adquirió entonces el carácter de centro administrativo, con dominio sobre varios enclaves mineros como Neguá, Bebará o Cabí. Estos enclaves le permiten sobrevivir aunque en condiciones precarias y elementales. Cuando en 1813 el coronel Agustín Codazzi la visita la describe así: |"Las casas están fabricadas con caña de guadua y revocadas de yeso y cal, todas blanqueadas, por lo que parecen verdaderas murallas. Están cubiertas de palma y los pisos son todos de la misma caña, partidas por la mitad y en esterilla".

    No obstante esta condición precaria, su localización estratégica como cruce de caminos y nexo de comunicación interoceánica la mantuvieron como centro administrativo y de comercio internacional, con algunos atractivos para traficantes, piratas y comerciantes. El río Atrato será eje comercial y de comunicación, muy a pesar de las prohibiciones de navegación y comercio que buscaban proteger los intereses del rey y los privilegios de las familias pay anejas, dueñas de entables mineros en las provincias chocoanas y quienes debían comerciar y tributar a través de Popayán.