En el subceso de su fundación hubo en ella seis Custodios, los cuales se elegían por votos de todos los Frailes moradores de la Custodia que se podían juntar, guardándose en su elección lo demás que se tiene y guarda en la elección de los Ministros Provinciales, eligiéndose asimismo Difinidores en el mesmo Capítulo, como ahora se hace en los Capítulos Provinciales. El primero Custodio fue Fray Hieronimo de San Miguel ^|20 , de La Provincia de Mallorca, buen predicador. Este Custodio fue enviado a España violentamente, de mandado de los dos primeros Oidores que hubo en la Audiencia Real de el nuevo Reino, que reside en la ciudad de Santa Fe, los cuales poco después, navegando para España, perecieron ahogados en la costa de España, donde llaman |Arenas gordas ^|21 .
El segundo Custodio subcesor de éste fue Fray Juan de Santo Filiberto, francés de nación, buen letrado y predicador. Volvióse a los reinos de España.
El tercero Custodio fue Fray Francisco de Pedroche, de la Provincia de los Ángeles, fraile anciano y buen Religioso. Pasó a la dicha Custodia desde España, en compañía del Obispo de Santa Marta, Don Fray Juan de los Barrios, que después fue primero Arzobispo electo de Nuevo Reino, y el dicho Fray Francisco de Pedroche fue Comisario Provincial en el Capítulo Provincial, de la elección de el tercero Ministro Provincial, y se ocupó muchos años en pueblos y doctrinas de Indios. Con santa opinión de su persona murió en el convento de Tunja, donde fue sepultado.
EL cuarto Custodio fue Fray Manuel de la Magdalena, de la Provincia de la Concepción. Volvióse a España a su Provincia ^|22 .