La cuidadosa revisión del volumen que estudiamos reveló una nueva numeración, que no fue tomada en cuenta por otros investigadores y que es de suma importancia.

Estudiando el manuscrito vemos que algunos libros indican su número dentro del texto, y algunos carecen de numeración, siendo que el número correspondiente les fue añadido posteriormente por otra mano. Es fácil observar que en el primer caso están los libros 1º, 2º, 3º, 4º, 6º (ant.), 7º (ant.) y 8º (ant.), es decir, aquellos que hemos marcado como nuevas copias hechas a base de versiones más antiguas enmendadas; mientras que en el segundo caso están todos los libros que hemos comprobado como versiones originales, lo que concuerda una vez más con la "tabla" de Sevilla, cuyos libros o epítomes no estaban originariamente provistos de numeración, siendo la misma una añadidura posterior.

En las primeras páginas de estos últimos libros, no numerados, se observan en la esquina inferior derecha unas gruesas letras latinas, así:

Libro 4º, está señalado en fol. 16º con G.

Libro 9º, está señalado con M (fol. 259).

Libro 10, está señalado con N (fol. 282).

Libro 11, está señalado con O (fol. 310).

Libro 12, está señalado con P (fol. 356).

Libro 13, está señalado con Q (fol. 374).

Libro 14, está señalado con R (fol. 426).

Libro 15, está señalado con S (fol. 437).

Libro 16, está señalado con T (fol. 451).

Libro 17, está señalado con U (fol. 478).

Se ve a las claras que este señalamiento con letras del abecedario corresponde a un orden alfabético y hace suponer la existencia de una serie de |veinte libros, desde la letra |A hasta la letra |U, libros, compendios o epitomes que formaron, sin duda, el primer conjunto de la "Recopilación Historial". Ciertamente, al señalamiento con las letras |H, I, J, L correspondería a los libros 5º, 6º, 7º y 8º, letras que no podemos encontrar en el manuscrito que reposa en la Real Academia de la Historia, por razones ya explicadas: el libro 5º fue suprimido, y en el caso de los tres libros restantes, se trata, como hemos visto, de copias de versiones más antiguas, copias donde cada libro fue señalado con el número correspondiente y no con la letra respectiva, como lo estaba antiguamente.

Observamos que de los primeros seis libros señalados originariamente con letras |A, B, C. D, E y F, conocemos tan sólo tres, los libros 1º, 2º y 3º, que igualmente, por tratarse de copias, están numerados y no provistos de letras. Faltan, pues, tres libros entre los primeros de la "Recopilación". ¿Cuáles fueron estos libros? En torno a ellos solamente podemos forjar conjeturas, pero existen muchos indicios de que éstos fueron los dos primeros, sobre Venezuela, y el libro sobre Cartagena, que Aguado incluyó en la segunda parte de su "Historia". De su antigüedad ya se ha hablado ^{| 11.} Un indicio más de que éstos formaron parte del primitivo ordenamiento de la "Recopilación" en veinte compendios, son las propias declaraciones del autor en que, hablando de Pamplona, dice que dará detalles más adelante y "que lo mismo se hará de cada ciudad y pueblo |por su antigüedad" ^{| 12} . Si tal fue el plan del autor, los dos primeros libros, sobre Venezuela, que constituyen propiamente un compendio histórico de la ciudad de Coro, tendrían que estar colocados después de los referentes a Santa Marta, y a éstos seguiría el libro sobre Cartagena.

Con todo, de que precisamente los tres libros indicados fueron parte del primer ordenamiento de la "Recopilación" en 20 libros, es una suposición que necesitará tal vez mayor comprobación. Pero es un hecho que tal agrupación de 20 libros existía, y que tratándose de "epetomios", epítomes, no fueron numerados sino señalados con letras del alfabeto. Y estos 20 libros corresponden, a nuestro modo de ver, a la obra de Medrano, obra ya redactada y lista para ser publicada, aunque es patente en ellos la intervención posterior de Aguado en arreglarlos, enmendando algunas palabras y párrafos antes de presentarlos al Consejo; intervención que tenía por objeto principalmente una mejor redacción. Aguado sería así solo el autor de los 7 libros restantes hechos, por lo menos algunos de ellos, a base de anotaciones sueltas que le dejó Medrano y de otros datos que, como consta, solicitaba con alguna insistencia de varios conquistadores ^{| 13} . Aceptando esta hipótesis, fray Antonio Medrano sería autor de toda ha Historia del Nuevo Reino de Granada, incluyendo la historia primitiva de Venezuela, propiamente la historia de la ciudad de Coro, íntimamente ligada a la de Santa Marta y, por consiguiente, con el Nuevo Reino; mientras que Aguado sería historiador de la actual Venezuela y de la rebelión de Lope de Aguirre, unida con ella, pues la expedición, comenzada fuéra del territorio venezolano, sí concluye con la muerte de Aguirre en aquel territorio.

Una anotación tachada y no vista por los investigadores da una luz sobre las controversias que observamos con referencia a la división de la obra en primera, segunda, y la anunciada en el proemio, tercera parte.

La "tabla" que se encuentra en Sevilla y que pertenece a la versión primitiva, no contenía, como vimos, una anotación que le calificaba de "primera parte", ni como tal es llamada por Aguado en la petición que presentó al Consejo. Aguado habla de "un libro", y no de la primera parte de un libro. Los títulos que la llaman "primera parte" son posteriores, y cuando pide ha  de impresión, algunos años después, la pide para la primera y segunda partes, y tal se le otorga.

Generalmente se cree que al solicitar esta , Aguado presentó los dos volúmenes conocidos actualmente como primera y segunda partes. Sin embargo, existen fundadas dudas sobre la validez de esta suposición. Ya vimos que el manuscrito de esta segunda parte no está rubricado por Zapata del Mármol; es decir, la  otorgada no se pudo referir a este volumen preciso, y hasta ahora no se ha localizado en ningún archivo un volumen rubricado.

La clave de todo este problema parece darla un texto tachado al final del último libro de la primera parte, es decir, del libro 17 antiguo (que corresponde al 16 moderno) y que pudimos descifrar en parte. Pues el final de aquel libro, así como está reproducido en las ediciones impresas, no es original, sino una añadidura posterior escrita al margen. El texto original no acaba con la frase: "... y despoblaron un pueblo, de donde tan poco provecho han habido, hasta que al presente, por no poder sufrir tánta calamidad de hambre, se despobló"; sino con una frase que, a pesar de ser bien tachada, se lee así:

|...y despoblaron un pueblo de donde tan poco provecho han habido, hasta que al presente... |(tachado ilegible) Gutiérrez salió in continenti... |(tachado ilegible) y despoblado, por no poder sufrir la hambre, por no poder andar de día y de noche con las armas a cuestas. De otras poblaciones y conquistas que se han hecho y hacen en el Reino se tratará en la tercera parte de esta historia. Finis.

Naturalmente, es imposible suponer que un autor, al finalizar la |primera parte, habla de la |tercera, donde seguirá escribiendo los acontecimientos. Es lógico suponer que se trataba del final de la |segunda parte, es decir, que los mismos 17 libros ya estaban divididos en dos partes, y que la tercera estaba en pers pectiva para narrar lo que seguía ocurriendo. A tal circunstancia se debe el hecho de hablar el autor en su proemio al lector de la |tercera parte, sin mencionar la segunda.

Lo que pasó en realidad nunca lo sabremos a ciencia cierta, mientras no se encuentren nuevos documentos. Pero, a base de los conocidos, podemos afirmar lo siguiente:

La primera ordenación de la "Recopilación" tuvo veinte libros o epítomes, monografías sueltas, señaladas con letras del abecedario. De ellos se separaron 17 libros, por ser tal vez los más adelantados en su redacción, dividiéndolos en dos grupos, "partes". De acuerdo con el uso de la época, tal división en dos o más partes no implicaba, en absoluto, la necesidad de interrumpir la numeración de los libros. Se trataba de un tomo en dos volúmenes, de la misma manera como se publicó en 1575 la obra "Repúblicas del Mundo", de fray Jerónimo Román y Zamora, en dos partes -y así se llama-, mientras continuaba la numeración corrida de los libros señalados con los números, del 1 al 27. Aguado, al presentar la "tabla" en el Consejo, pudo con perfecto derecho referirse a "un libro", y no hay evidencia de haber presentado el manuscrito mismo, ni mucho menos haber solicitado  para su impresión. Al contrario, tal  se pidió sólo hacia 1579, es decir, cuatro años después, y a nuestro modo de ver solamente se presentaron estos diez y siete libros que habían sido arreglados por él, provistos de una numeración, presentándolos como divididos en dos partes en razón de su extensión. Posiblemente, al Suprimir la censura el extenso libro 5º y otros trozos del manuscrito original se encuadernaron los libros restantes en un solo volumen, encuadernación que, naturalmente, no implica cambio alguno del texto y de la división del libro en partes.

La única cita que podría poner en duda nuestra aseveración es aquella donde el autor, refiriéndose en el libro 12 ^{| 14} a la muerte de Lope de Aguirre declara que de ello "he hecho particular compendio en la segunda parte", con la cual cita nombraría el último libro de la "Recopilación" (el libro 10 de lo que hoy llamamos "segunda parte") como perteneciente a la segunda parte y no a la "tercera", como habría de esperarse. Sin embargo, aunque la edición de la Real Academia no lo anota, la frase arriba transcrita es una añadidura marginal ^{| 15} , hecha posteriormente y que no perteneció al texto original; por lo cual no contradice nuestro argumento, que los 17 libros que hoy llamamos "primera parte" fueron las dos partes que se presentaron al Consejo para obtener la de impresión.

Queda por resolver el problema de si al presentar Aguado este manuscrito al Consejo, también presentó los 10 últimos libros, es decir, la llamada después "segunda" parte. Por supuesto, la suposición de algún historiador de que la omisión de rubricar la segunda parte se debió a la pereza del secretario Zapata del Mármol, es insostenible. Del Mármol no era, como supone aquél, otro de los censores, sino aquel secretario que según la pragmática vigente ^{| 16} tenía que rubricar mecánicamente cada hoja y enmienda de cualquier libro presentado y aprobado por los censores del Consejo.

La única evidencia de haber presentado Aguado la "segunda parte" en el Consejo de Castilla sería el hallazgo de un manuscrito provisto de las rúbricas de Zapata del Mármol. Mientras no la encontremos sólo son posibles conjeturas.

Sin poderlo asegurar en forma absoluta, nosotros nos inclinamos a creer que las s Reales sólo amparan los primeros 16 libros, que llamamos "primera parte", constituyendo ellos, en realidad, las dos partes de que tratan las licencias. La "segunda parte" nunca fue presentada al Consejo, porque Aguado regresó con ella y con los papeles y datos para confeccionarla, a Santafé en 1583, y allá mismo la escribió posteriormente.

Hay varias razones que inducen a suponerlo. Según la pragmática vigente, el ejemplar censurado y rubricado por el secretario del Consejo tenía que ser presentado a éste junto con los ejemplares impresos del libro, para el cotejo, tasa del precio de venta del libro impreso, después de lo cual pasaba al archivo. Esto explicaría por qué el volumen |rubricado de la obra de Aguado -la primera parte- quedó en España, no pudiendo encontrarlo fray Pedro Simón en Santafé, a pesar de las diligencias que hizo para tal fin ^{| 17} .  El volumen que contenía la "segunda parte" sí lo encontró en Santafé. Este hallazgo, por sí solo, es un indicio de que tal volumen no fuese el destinado para la impresión, pues en tal caso hubiera debido también quedarse en España para que sirviera posteriormente para su eventual cotejo con el libro impreso. No consta que el volumen estaba rubricado por Zapata del Mármol, pues la aseveración de Simón de que tales escritos estaban "autorizados del secretario del Rey" se referían probablemente a las dos licencias copiadas que preceden el texto.

Una extraña cita contenida en la "segunda parte" parece confirmar la suposición de que Aguado la estaba redactando en el Nuevo Reino, sin tener presente la "primera parte". Así, al escribir sobre el capitán Melchor de Valdés, desbaratado por los Muzo ^{| 18} , dice textualmente: "... según largo se ha tratado en la primera parte de esta historia en el libro trece, doce o décimo". ¡Una cita bien extraña, no sólo por la forma impersonal que se emplea sino por la enumeración de varios libros, como si se tratase de un autor que se refiere a una obra que no tenía a mano! Además, es fácil observar de que en los libros que forman la "segunda parte", Aguado no menciona nunca concretamente el número del libro al aludir las ciudades o hechos sobre los cuales trató, a veces extensamente, en la "primera parte"; lo cual confirma la impresión arriba expuesta.

Pero hay otra anotación ya francamente sospechosa. La "segunda parte" (tomo 69 de la Colección Muñoz) está escrita, como se dijo, de corrido, por el mismo amanuense, desde la página titular hasta el folio 70 del texto. Sin embargo, es fácil notar que en la página del título, las últimas palabras: "Con licencia y privilegio Real de Castilla y las Indias", están escritas fuéra del texto original, añadidas por una mano distinta, circunstancia importante, no señalada en las ediciones impresas hasta ahora.

No nos embarcaremos en indagatorias sobre los autores de la tal añadidura, ni vamos a adelantar teorías cuando falta la base documental. Sólo señalamos el hecho como prueba adicional de nuestra hipótesis de que la segunda parte de la "Recopilación" fue redactada en forma definitiva en Santafé y, posiblemente, nunca fue presentada al Consejo.

Existen algunos datos, aunque incompletos, que permiten fijar la trayectoria de los manuscritos de las dos partes de la "Recopilación" hasta el momento en que ingresaron en la famosa Colección Muñoz de la Real Academia de la Historia, de Madrid.

La "primera parte", rubricada por Zapata del Mármol, quedó en España. La vio, a principios del siglo XVII, el inca Garcilaso de la Vega en un taller de impresión en Córdoba ^{| 19} . Junto con él estaban papeles, apuntes y relaciones escritas por algunos conquistadores, que reunía Aguado para proseguir su historia. Probablemente allá se hallaban también los trozos del manuscrito original suprimidos por la censura y los borradores que dejó Aguado cuando hizo o mandó hacer nuevas copias, lo cual dio un aspecto de papeles liados, comidos por la polilla y roídos de ratones, así como lo consigna el Inca.

Varios datos confirman la continua permanencia de esta "primera parte" de la Recopilación en España. La incluye el cronista don Tomás Tamayo de Vargas en la segunda parte de su "Junta de Libros", escrita hacia 1624 ^{| 20} , y el título, salvo algunos errores en los números, corresponde exactamente al del manuscrito que reposa actualmente en la Real Academia de la Historia: "Primera parte de la Recopilación Historial resolutoria de Santa Marta y Nuevo Reino de Granada, en que se trata de lo sucedido hasta el año de 18 (sic) en 19 (sic) libros, manuscrito original, folio" ^{| 21} .

Para este dato Tamayo de Vargas no pudo tener otra fuente que la del manuscrito mismo, pues aunque conociera el manuscrito de las Noticias Historiales de fray Pedro Simón (cuya primera parte fue publicada en 1627), no hubiera podido conocer el texto exacto del título transcrito, no contenido en la obra de Simón, quien sólo tuvo en sus manos la "segunda parte" de la obra de Aguado, titulada diferentemente.

Unos años más tarde, en 1629, incluye Antonio Pinelo en su "Biblioteca", nuevamente tal manuscrito ^{| 22} . Anota Pinelo que el fraile escribió un libro titulado "Descubrimiento, pacificación y población de la Provincia de Santa Marta y Nuevo Reino. Con este título    -dice- sacó privilegio para la impresión en el Real Consejo de Indias"; dato este que pudo haber obtenido durante sus tareas de recopilar las leyes de Indias, pues tal es el título con el cual Aguado sacó las s de impresión para su obra. "Pero en la librería de don Juan de Saldierna -continúa León Pinelo-, donde se hallaba esta historia manuscrita, le tenía diferente". No indica este título; pero habiendo conocido personalmente, como consta, al cronista Tamayo de Vargas, no puede haber duda de que se refiere al manuscrito que aquél incluyó en su "Junta de Libros". El manuscrito de la "primera parte" estaba pues hacia 1625 en España, en la librería de Saldierna.

La "Biblioteca" que escribió Nicolás Antonio hacia 1668 ^{| 23} incluye también el manuscrito en cuestión, y el título indicado de la obra es el mismo que ofrece Tamayo de Vargas. Nicolás Antonio transcribe los datos traídos por Tamayo de Vargas, fray Pedro Simón y León Pinelo, y declara que el volumen estuvo en la biblioteca del Conde-duque de Olivares.

A esta misma "primera parte" de la Recopilación se refiere también don Lucas Fernández Piedrahita en su obra que escribió en España hacia 1668 ^{| 24} , aunque no indica si la tuvo en sus manos. Pero no así el cronista de Indias, Pedro Fernández del Pulgar, a fines del siglo XVII. En su "Introducción" a la Década novena enumera entre las obras que utilizó para su historia, la "Historia de Santa Marta y el Nuevo Reino de Granada, por fray Pedro Aguado, de la Orden de San Francisco, provincial de Santafé, manuscrito, de la librería del Ilustrísimo señor Marqués del Carpio, rubricada por Zapata del Mármol..." Este dato lo repite en el proemio al libro cuarto de la misma década, donde indica que tal manuscrito contenía |dieciséis libros, "que la hube -continúa- de la librería del Ilustrísimo señor Marqués del Carpio". Se trata, pues, de la conocida "primera parte" de la "Recopilación", cuya continua permanencia en España no ofrece así duda alguna.

El volumen de la "segunda parte" tardó más de cien años en llegar a España, aunque ignoramos el camino que tomó. El mismo Fernández del Pulgar lo enumera en la "Introducción" arriba mencionada, y declara en el proemio al libro cuarto: "Y también vino a mis manos la segunda parte de esta historia, de la librería del Príncipe Astillano, que fenece en la muerte del traidor Lope de Aguirre, que está escrita con todas sus circunstancias". Se trata, pues, de los 10 libros de la conocida "segunda parte" de la "Recopilación Historial" que a fines del siglo XVII estaba en la librería del Príncipe Astillano, ingresando después a la biblioteca del Cronista. Es necesario recalcar el hecho de que nada dice el Cronista sobre estar rubricada o refrendada por Zapata del Mármol, así como lo hace expresamente al nombrar la "primera parte".

"Y la tercera parte -continúa Fernández del Pulgar- que ofrece el mismo padre Aguado, no he visto".

El dato traído por Fernández del Pulgar es el primero que afirma la existencia del manuscrito de la "segunda parte" en España. Posiblemente se trataba del mismo volumen consultado anteriormente por Simón en Santafé, manuscrito enviado en cualquier ocasión a España y que no estaba rubricado por Zapata del Mármol.

A principios del siglo XVIII tenemos, pues, reunidas las dos partes de la "Recopilación" en manos del cronista de Indias, Pedro Fernández del Pulgar. La primera parte pasó de manos de un impresor de Córdoba a las de Juan de Saldierna, Conde-duque de Olivares y Marqués del Carpio, sucesivamente; y la segunda la tuvo el Cronista de la biblioteca del Príncipe Astillano. Los fondos de la riquísima biblioteca que reunió Fernández del Pulgar pasaron a ser propiedad de la Catedral de Palencia, a la cual los donó en vida. Los dos manuscritos de la "Recopilación" formaron seguramente parte de tal donación. Allí los encontraría Juan B. Muñoz cuando unos decenios más tarde, en 1781, se trasladaba a Palencia a fin de buscar en los archivos de la Catedral documentos que le sirviesen para escribir la historia de América ^{| 25} . Tal vez en esta ocasión ingresaron los dos volúmenes a su famosa colección.