Conocemos actualmente dos manuscritos de la "Recopilación Historial": uno se encuentra en la Real Academia de la Historia, de Madrid, y consta de dos volúmenes. Son los tomos 68 y 69 de la Colección Muñoz; el otro se conserva en la Biblioteca del Palacio Real de Madrid, en cuatro volúmenes ^{| 1} , que también proceden originariamente de la Colección Muñoz (antiguos tomos 23 a 26).

 a) |Los manuscritos del Palacio.

 Los cuatro volúmenes que se encuentran en el Palacio son una fiel transcripción de los dos de la Academia, copia muy cuidadosa, mandada hacer, sin duda, por el mismo Juan B. Muñoz ^{| 2.} El primer volumen y el segundo contienen los 16 libros de la primera parte (que corresponde al tomo 68 de la Colección Muñoz), y el tercero y último contienen los 10 libros de la segunda parte (que corresponde al tomo 69 de la Colección Muñoz) ^{| 3} .

Tratándose de una copia efectuada en el siglo XVIII (lo que además se comprueba fácilmente por la letra, por la forma y calidad del papel utilizado), hecha de un manuscrito más antiguo, el que reposa en la Academia, su estudio no aporta ningunos hechos nuevos que podrían facilitar nuestra investigación. No así sucede con los dos volúmenes conservados en la Academia.

  b) |Los manuscritos de la Real Academia de la Historia

Estos manuscritos pertenecen indudablemente al siglo XVI, y los dos volúmenes demuestran grandes diferencias entre sí. El segundo, tomo 69 (que contiene los 10 libros de la segunda parte que llaman indebidamente la "Historia de Venezuela"), está escrito de corrido, nítidamente, y no demuestra tachaduras o enmiendas, salvo aquellas que se deben obviamente a pequeños errores del copista o a las enmiendas durante el cotejo con otro manuscrito o borrador. No se deja espacios entre los diversos libros, salvo los necesarios para mantener una clara división. La foliación es única y corre desde el 1 hasta 326. Tanto la primera página con el título, dentro de un marco adornado, como también las dos licencias para la impresión, y el corto proemio al lector, que siguen, parecen escritas de la misma mano que escribió el resto del texto. El primer cambio del amanuense se observa a partir del folio 70 vuelto.

La característica sobresaliente de este segundo volumen es que, a diferencia del primero, carece de rúbricas. Sólo hay una al final del primer libro ^{| 4} , que es la misma que se encuentra en la "tabla" de Sevilla. Este segundo volumen no está, pues, rubricado por Zapata del Mármol, aquel Secretario del Consejo de Castilla que según el texto de la 2ª licencia, debiera haberlo rubricado página por página, como lo hizo con el primer tomó.

Se puede pues constatar: el volumen que reposa actualmente en la Real Academia de la Historia, y que contiene la "segunda parte" de la obra de Aguado, no es el presentado al Consejo para pedir licencia de su impresión. Puede ser que se presentó una copia distinta, desconocida hasta ahora. Pero también es posible que la "segunda parte" nunca fue presentada en el Consejo. Y esta es la conclusión a que llegamos, como se verá más adelante.

Muy distinto es el aspecto de la "primera parte" de la Recopilación, volumen 68 de la Colección Muñoz.

Ya a primera vista se observa que no se trata de un libro escrito de corrido, como la "segunda parte", sino de varios trozos de manuscritos unidos después en un solo volumen, trozos escritos no sólo por varios amanuenses (que no es una cosa desusual en manuscritos antiguos) sino sobre papel de diferente clase, utilizando cuadernillos aparte, que después, cortando las hojas que quedaban en blanco, se cosieron unos a otros para encuadernarlos en un solo volumen. Ya en la página, con el título de la obra, se observa que el texto procede de otro libro que fue recortado y pegado después sobre una hoja en blanco. En cuadernillos sueltos están escritos todos los 16 libros, más la "tabla-índice", el proemio al lector y la dedicatoria al Rey; a veces cada libro en un cuadernillo aparte, y a veces un grupo de libros en uno o varios cuadernillos. En una palabra, se trata de una verdadera unión material de varios manuscritos o trozos de éstos.

En muchos libros, a lo largo del manuscrito, abundan recortes, tachaduras, largas enmiendas y notas marginales con las señales respectivas que indican deben ser incluidas en el texto. Cada una de las hojas de manuscrito, desde la hoja con el título, y casi todas las enmiendas y notas marginales, están rubricadas por Zapata del Mármol, lo que indica que este volumen sí fue presentado al Consejo. Además, desde el folio 150 en adelante aparecen dos rúbricas más, fuera de la del Mármol: una, que pudimos identificar como la del mismo fray Pedro Aguado, y otra,  que es la misma que se encuentra en la "tabla" de Sevilla, que parece ser de Juan López de Velasco, uno de los censores de la obra ^{| 5} .

Otra de las características de este volumen es su múltiple foliación, que permite llegar, como veremos, a insospechables resultados.

Se comprenderá la extraordinaria fuente de información que tenemos, pues no se trata tan solamente del propio manuscrito presentado al Consejo sino de un manuscrito donde pueden verse una gran parte de las tachaduras, enmiendas y cortes hechos posteriormente a su presentación, debidos a circunstancias que estudiaremos.

Hay algunos libros que, a pesar de ser rubricados, parecen ser copias de versiones más antiguas; pero hay otros que son indudablemente originales, y la nutrida intervención de manos extrañas les da apariencia de borradores, en que las enmiendas, tachaduras y añadiduras están visibles, pues, por fortuna, Aguado, por una u otra razón, no los pasó en limpio, es decir, no los copió o hizo copiar por un amanuense; pues en tal caso hubieran desaparecido, como sin duda desaparecieron en aquellos libros del mismo volumen que fueron pasados en limpio antes de entregarlos, para ser rubricados, al Consejo (véase más adelante), y en toda la segunda parte de la obra, que tampoco contiene enmiendas algunas. Hubiéramos tenido una copia limpia, parecida a la que se conserva en la Biblioteca del Palacio Real, que no hace sospechar la cantidad de enmiendas que tiene el original del cual fue hecha.

Estas enmiendas y recortes son de extraordinario interés, pues con paciencia hemos logrado descifrar casi todo o por lo menos gran parte de lo tachado y enmendado. No son, como erróneamente creen algunos, tachaduras de lectores inconsiderados u otras personas irresponsables, sino que revelan intervenciones menores que parecen obedecer, a veces, al propio Aguado, y a veces, a algún editor; pero en la mayoría de los casos se trata de substanciales cambios que hizo la censura, de acuerdo con la política vigente en aquella época.

La confrontación de la forma primitiva del manuscrito de la "Recopilación", con lo que quedó después de haber pasado por estas vicisitudes, demuestra cuán erróneo es considerar muchos manuscritos como originales, siendo apenas copias de versiones primitivas, en las que se habían introducido cambios a veces muy importantes, por manos y mentes ajenas a su autor, y aun contra sus ideas y voluntad.

 c) |La foliación.

 El tomo que estamos estudiando tiene una foliación principal que se destaca en lo alto de la esquina derecha, con letra cuidadosa, en tinta oscura, y que corre desde la primera página hasta la última, incluyendo las blancas que quedaron al final del libro. Esta foliación ^{| 6} es la definitiva, hecha por un posible editor posterior o, lo que es más probable, por un amanuense de Juan de Muñoz, dado los rasgos modernos de los números. A esta numeración nos referiremos al citar los folios de este manuscrito.

Aparte de esta foliación moderna aparecen foliaciones parciales más antiguas. Así hallamos en el folio 21, donde comienza el primer capítulo del primer libro, otra foliación, en tinta amarillenta, también en lo alto de la esquina derecha. Esta foliación deja fuéra de numeración la página con el título (sacada, como vimos, de otro libro), la dedicatoria al Rey, el proemio al lector y una "tabla-índice" del libro (que fue omitida en los libros impresos, sin mencionar tal omisión).

Tal numeración está hecha con caracteres más descuidados, y no llega hasta el final del libro, terminando con el folio 213 ^{| 7} .

No cabe duda de que esta numeración es la que comenzó a hacer Aguado o su amanuense, cuando ni la dedicatoria al Rey, ni el proemio al lector, ni la "tabla-índice", estaban hechos. Anotemos que en esta "tabla" se dejó en blanco la indicación de los folios para después llenar los espacios con los números correspondientes a las páginas. Finalmente no se hizo esto, como tampoco se llevó la numeración hasta el final.

Hasta el folio 149, que es el final del capítulo 2º del 4º libro, el manuscrito observa uniformidad en lo que se refiere a la mano del escribiente, ortografía, nitidez, pocas enmiendas y tachaduras, y la rubricación en cada página, de Zapata del Mármol. Está escrito de corrido, en cuadernillos que se siguen, sin dejar grandes espacios, aun en el caso de separar los libros uno del otro. Pero desde el folio 150, que comienza con varias líneas tachadas y después con el capítulo 3º del mismo libro 4º, cambia completamente el aspecto. Se trata obviamente de un cuaderno aparte adherido a los anteriores.

No sólo cambia el amanuense, la ortografía, etc., sino a la vista está el hecho de haber sido recortadas varias hojas (19 en total), que pertenecieron originariamente al comienzo de este cuaderno. El texto de las líneas tachadas en la parte superior de la primera página corresponde exactamente al final del capítulo II. Se ve, pues, que en vez de seguir copiando un manuscrito (probablemente tan tachado, enmendado y confuso, que exigía una nueva transcripción), se optó por añadir simplemente un trozo de este manuscrito a la nueva copia que se estaba haciendo, pues este trozo, aunque lleno de enmiendas y tachaduras, permite una correcta lectura.

El hecho material evidente de que se trata de un trozo de otro manuscrito de la "Recopilación" lo comprueba también la aparición de una nueva foliación, fuéra de las dos foliaciones ya nombradas (la moderna negra, y la antigua amarillenta). Esta nueva numeración, de aspecto mucho más arcaico (procesal, donde el número 1 se escribe como una "i" larga puntuada), comienza con el número 164. Se encuentra tanto en la parte superior de cada página como en la inferior, en el centro, y continúa en todo el resto del libro terminando en 610, que corresponde al folio 508. Para mejor entendimiento sirvan los siguientes ejemplos: el folio 150 del manuscrito tiene |tres foliaciones: 150 negra, la moderna, 123 la amarillenta más antigua, y 164 la aún más antigua, que llamaremos, para distinguirla de las otras, arcaica; la última página del manuscrito tiene dos numeraciones: 508 negra, la moderna, y 610 la arcaica, pues la numeración amarillenta cesó, como dijimos, en el folio 229.

Aunque esta numeración arcaica está casi siempre tachada -para no confundirla con las más modernas- demuestra un hecho evidente: existían (y tal vez aún existan en algún archivo) 163 folios de un manuscrito original de la "Recopilación Historial", que fueron utilizados para hacer aquella nueva copia de los tres primeros libros, y dos capítulos del libro 4º, que Aguado pasó en limpio antes de presentar el volumen al Consejo para su aprobación.

Hay otra característica significativa de este trozo del manuscrito añadido: mientras que hasta entonces el texto (más la dedicatoria, proemio y la tabla) están rubricados sólo por Zapata del Mármol, aparecen desde aquí en adelante hasta el fin del manuscrito dos rúbricas más: en el reverso, al lado de la del Mármol, la rúbrica que pudimos identificar como la de fray Pedro Aguado, y en el anverso de cada página, una nueva que parece ser la de López de Velasco y que es idéntica a la que contiene la "tabla" conservada en el Archivo de Indias de Sevilla.

Esto demuestra la antigüedad de la parte dotada con la numeración arcaica, es decir, la parte del manuscrito desde el folio 150 en adelante, que está conectada directamente con la "tabla" que Aguado adjuntó a su petición al Consejo de Indias, a raíz de su llegada a España en 1575. Se trata pues de la versión primitiva del manuscrito traído por Aguado desde Santafé; pero no es este el caso de los primeros 149 folios del manuscrito, que no tienen aquellas rúbricas, ni la numeración arcaica, habiendo sido tan sólo rubricados por Zapata del Mármol, secretario del Consejo de Castilla.

Es casi seguro que la "tabla" de Sevilla era índice del manuscrito dotado con la numeración arcaica, es decir, de la versión primitiva; pero no podemos comprobarlo directamente, pues la indicación de folios en aquella "tabla" solamente llega al capítulo 3º del libro 2º, es decir, corresponde a la parte reemplazada por la nueva copia. Otra característica del trozo del manuscrito provisto de la numeración arcaica es la aparición en sus márgenes de resúmenes del respectivo texto, resúmenes que faltan en el trozo anterior.

La numeración arcaica que corre a lo largo del libro tiene un interés excepcional. Pues si las tachaduras y enmiendas pudieron ser descifradas en parte, la foliación arcaica permite apreciar la extensión de los cortes que se efectuaron en la versión original. Así, por ejemplo, al llegar al folio 208 salta la numeración arcaica del 221 al 224. Faltan, pues, dos folios, que son cuatro páginas, y las tachaduras al finalizar de las páginas anterior y posterior demuestran que se trataba de las fundaciones de monasterios de San Francisco y de otros asuntos de la historia eclesiástica ^{| 8} .

Al llegar al folio 211 salta una vez más la antigua numeración de 226 a 228, lo que patentiza la falta de otras dos páginas, que tratan, como se desprende de las tachaduras, de la rebelión del licenciado Juan de Montaño.

El corte más extenso y más lamentable es el que se observa al llegar al folio 226, que corresponde al arcaico 243. Aquí salta la numeración arcaica al 322 (folio 227). Esto quiere decir que han sido suprimidos 79 folios, igual a 158 páginas, que corresponden precisamente a los capítulos 24 al 28 del antiguo libro 4º, y a los 28 capítulos del antiguo libro 5º, según ya pudimos constatar al estudiar la "tabla" de Sevilla ^{| 9} , es decir, a todo lo que se refiere a la situación geográfica, política, social y económica de las ciudades Santafé, Tunja y Vélez, y todo el libro sobre la antropología de los Muisca, 158 páginas de antropología americana, escritas en los primeros decenios de la Conquista, que cayeron víctimas de las condiciones reinantes. Un hecho que la ciencia difícilmente podrá olvidar. Pero por lo menos sabemos que existieron, y, tal vez aún existen en los anaqueles de algún oscuro archivo.

Los libros antiguos 6º, 7º y 8º (que, suprimido el libro 5º, corresponden al 5º, 6º y 7º de la versión definitiva) forman una vez más un solo grupo, escrito de corrido, uniformemente en cuadernillos sucesivos, dejando apenas un corto espacio en blanco, necesario para dividir los distintos libros. También ellos están rubricados con las tres señales (Mármol, Aguado y López de Velasco) y la numeración arcaica sigue su curso. También demuestran algunas tachaduras y añadiduras. Pertenecen, pues, indudablemente al manuscrito presentado en el Consejo de Indias. Sin embargo, también aquí no se trata de la verdadera versión original sino de una copia o nueva redacción de otra versión más primitiva, como lo demuestran circunstancias y características que explicaremos más adelante.

Los libros posteriores, comenzando por el 9º antiguo (que corresponde al 8º moderno) y finalizando por el 15º (que corresponde al 14º), son escritos cada libro en un cuaderno separado. Este hecho se constata materialmente al observar la obra de encuadernación. Además, donde quedaban hojas blancas éstas fueron simplemente cortadas, siendo visibles los bordes recortados. Así sucede en los libros 8º, 9º, 12º, 14º y 15º (numeración antigua). Los últimos dos libros de la primera parte, 16º y 17º (numeración antigua), están una vez más escritos uniformemente en cuadernos sucesivos.

Todos estos cuadernos fueron reunidos y encuadernados para formar un solo volumen. Algunos libros, como ocurre en el libro 10º (antiguo), tiene un título: "San Juan" (corresponde a San Juan de los Llanos) ; y en el interior (folio 300 del manuscrito) una anotación tachada que dice: |"Libro décimo de la primera parte". Lo mismo sucede en el libro 13º (antiguo), donde hay también una anotación, luégo tachada, que dice: |"Libro trece de la primera parte". Además, casi todos estos libros tienen, fuéra de las numeraciones moderna y arcaica que corren a lo largo del volumen, foliaciones particulares que comienzan con el folio 1. Así, en el libro 9º (fol. 1 a 16, sin que se la sigue) ; el libro 10º (fol. 1 a 29) ; el libro 11º (fol. 1 a 51) ; el libro 13º (fol. 1 a 52) y el libro 16º (fol. 1 a 27).

Estos nueve libros, también rubricados por las tres rúbricas, están llenos de tachaduras, notas marginales y cortes que estudiaremos más adelante. Sin embargo, tales enmiendas no impiden el que el texto sea perfectamente legible; por lo cual Aguado pudo dejarlos como partes integrantes del volumen presentado al Consejo. Esto apoya la tesis de que los tres libros anteriores (libros 6, 7 y 8), escritos de corrido y no en tres cuadernos separados, son solamente copias hechas a base de manuscritos más antiguos, y cuyo texto, por lo corregido, cambiado o añadido, resultó tan confuso que exigió una nueva transcripción. Se trata pues de la repetición del caso de los tres primeros libros, aunque en la fecha anterior a la presentación del manuscrito al Consejo de Indias, por lo cual podemos suponer la eventual existencia en algún archivo de estos tres libros del antiguo manuscrito de la "Recopilación Historial". Es en el libro 7º donde en el texto, al final, aparece año 1574, única vez en toda la obra, que bien pudiera haber sido una simple añadidura al texto original hecha por Aguado.

Las tijeras del censor no dejaron de hacer estrago también en estos nueve libros. Fuéra de grandes trozos tachados, parte de los cuales, por fortuna, están aún legibles aunque con dificultad, hay cortes esenciales de páginas enteras, que sólo la suerte podría devolvernos.

En el libro 10º (que corresponde al 9º moderno) faltan dos páginas enteras, que corresponden al folio 384 arcaico. Dos páginas de descripciones antropológicas de los Guayupes.

En el libro 11º (moderno 10º), al llegar al fol. 322, salta la numeración arcaica de 418 a 424. Son diez páginas del texto que correspondían a los capítulos 7º, 8º y 9º del mismo libro, cuya emisión pudimos constatar al estudiar la "tabla" ^{| 10} ; supresión que mutiló una gran parte de la historia de la conquista del actual Departamento de Antioquia, en la República de Colombia.

En el libro 15º (que corresponde al 14º moderno) hay otra página cortada.