En el caso de la "Recopilación Historial" se trata de la unión de libros sueltos, monografías de ciudades, escritas en épocas diferentes y reunidas después en un solo volumen. Para decidir la época en que pudieron ser escritas no tenemos otra documentación que los datos contenidos en los libros mismos. Desgraciadamente la redacción final a que procedió Aguado introdujo muchas referencias de unos libros a otros que dificultan la investigación en tal sentido. Con todo, quedaron en el texto algunos gazapos que permiten, aunque no con toda certeza, ensayar un ordenamiento cronológico, ensayo que no debe considerarse definitivo.
 

|1ª Historia.- La conquista y la fundación de Santafé, Tunja y Vélez, en el Nuevo Reino de Granada, ocupan los primeros cuatro libros con un total de 60 capítulos. Lo confiesa el mismo autor cuando dice que en ellos tratará "sólo de lo sucedido en las ciudades de Santafé, Vélez y Tunja, hasta este tiempo -año 1568- como creo lo tengo dicho atrás" ^{| 1} . No lo ha dicho en ninguna de las muchas referencias a una parte del manuscrito suprimidas posteriormente, pero el contenido de estos primeros cuatro libros confirma lo dicho, pues ciertamente sólo trata de la conquista de los territorios adyacentes a las tres ciudades (la meseta chibcha) y la fundación de éstas. Territorios más lejanos, como los de Santa Marta, Venezuela y a veces Popayán, están tratados someramente y sólo en el grado necesario para la comprensión del objetivo principal. Y así los primeros 17 capítulos (primer libro y parte del segundo) están dedicados a Santa Marta, el punto de salida de la expedición descubridora. Se narran los acontecimientos sucedidos en los diez años que transcurrieron desde la llegada de su primer gobernador Rodrigo de Bastidas, hasta la salida de Jiménez de Quesada para su expedición al río Magdalena, en abril de 1536, y cesa después completamente.

La historia pormenorizada del propio descubrimiento, conquista y pacificación del Nuevo Reino ocupa todo el resto del segundo libro, la totalidad del tercero y los primeros quince capítulos del cuarto. Son 24 años de la historia narrada en 35 largos capítulos, historia que acaba en 1550, fecha en que fue asentada en Santafé la Real Audiencia.

Menos explícita -en sólo cinco capítulos- es la historia de los 18 años posteriores, del 1550 hasta 1568 (capítulos 16 al 20), y donde en forma lacónica, a veces desordenada, se enumeran hechos sueltos, nombres de oidores y visitadores, sin ofrecer pormenores ni observaciones propias del autor. Estos cinco capítulos forman, como lo declara el propio autor, apenas una "digresión general" ^{| 2} , y parecen apuntes hechos a la ligera, que tal vez esperaban una redacción posterior.

Los últimos tres capítulos del 4º libro (capítulos 21 a 23) forman por sí un "compendio" aparte. Se trata de la tasación de los tributos hecha por el licenciado Villafañe en 1564 para los indios de la provincia de Santafé y de los graves incidentes que produjo esta tasación. Se describen pormenorizadamente las diligencias de la tasación y la oposición que a esta "descripción" hicieron los conquistadores y otros vecinos de Santafé en sus "juntas". Se copian textualmente la antigua tasación hecha por el obispo fray Juan de Barrios en 1556 y las que hicieron el licenciado Villafañe para Santafé y el licenciado Angulo de Castrejón para Tunja y Vélez, respectivamente.

Sobre la fecha en que fueron escritos estos libros no hay ningún dato directo en el texto mismo. Podemos observar dos épocas diferentes. En la primera se escribieron los tres primeros libros y parte del cuarto, que es una historia minuciosa de los acontecimientos, llena de detalles. Suponemos que a esta época pertenecía también el libro 5º, suprimido.

A la segunda época perteneció el resto del libro 4º, que es la historia de varios años, tratada sumariamente; una especie de recordatorio que el autor quizás tendría en mientes desarrollar más ampliamente.

Los libros de la primera época fueron, sin duda, los primeros cuya redacción comenzó el autor. Varias citas lo comprueban directamente. Al mencionar las ciudades de Vitoria y Los Remedios se declara: "lo cual se dirá tratando de Vitoria y Remedios" ^{| 3} ; de este texto se desprende que tales libros aún no estaban escritos. Lo mismo sucede al referirse a Tocaima: "de cuya fundación y conquista se tratará más adelante" ^{| 4} . Cuando se habla de la fundación de Trinidad de los Muzos se agrega: "como adelante se dirá" ^{| 5} ; o sobre Pamplona: "de cuya población y conquista trataré más largamente" ^{| 6} ; o sobre Ibagué: "de cuya población y conquista asímismo trataremos adelante" ^{| 7} .

Al hablar de otros sucesos, tratados largamente en otros libros, no se mencionan los últimos, ni la intención de escribirlos. Así sucede cuando se describen las jornadas de Sedeño ^{| 8} y no se menciona el libro de Trinidad y Uriapari ^{| 9} ; de Lope de Aguirre ^{| 10} sin nombrar los libros 9º y 10º de la segunda parte, que tratan tan por extenso de este capitán. Cuando se habla sobre las discordias de los vecinos de Mérida ^{| 11} no se menciona el libro que trata de esa ciudad, ni los libros respectivos a San Cristóbal y La Palma ^{| 12} o San Juan de los Llanos ^{| 13} , cuando se refiere a estas ciudades.

Es posible que esta diversidad de procedimientos se deba al hecho de que en la época en que se escribía la historia del descubrimiento del Nuevo Reino, que abarca precisamente los cuatro primeros libros, el autor pensaba sólo en el Occidente (Vitoria, Remedios, Tocaima, Trinidad, Pamplona e Ibagué), sin incluír el Oriente (San Cristóbal, Mérida, Trinidad y Orinoco).

|2ª Historia.-La fundación y conquista de la ciudad de Tocaima, acaecida en 1546, ocupa el 5º libro. Comienza con la comisión dada a Juan de Céspedes para poblar una ciudad en las tierras de los Panche, y su reemplazo por Hernán Venegas; le sigue la descripción de las expediciones que se hicieron, desde la nuevamente fundada ciudad, al mando de varios capitanes, para lograr la pacificación de los indios comarcanos; se describen la fundación de la ciudad, su situación geográfica y el repartimiento de los indios encomendados entre los vecinos. Finaliza esta historia con la minuciosa descripción de las costumbres de los indios Panche.

El único dato que poseemos sobre la fecha de confección de esta historia es aquel en el que cita el libro 4º de la "Recopilación" ^{| 14} , por lo cual podemos colegir que fue escrito con posterioridad a éste.

3ª |Historia.-La fundación de Pamplona, acaecida en 1550, ocupa el libro 6º. Comienza con la comisión dada al capitán Hortún Velasco por el licenciado Armendáriz para poblar un pueblo en la Cordillera Oriental, y su reemplazo por Pedro de Orsúa. Siguen las diligencias de la fundación de la ciudad, la descripción de su situación geográfica y el repartimiento de los indios.

Después del relato de los usos, creencias y costumbres de los indios comarcanos y de las "salidas" de varios capitanes para su pacificación, se describen las minas de oro que se descubrieron desde 1561 hasta 1568, y se menciona el año 1574 (la única vez en que se da una fecha tan adelantada en la obra de Aguado) para decir que hasta aquel año se sacaron de las minas de Pamplona más de cien mil pesos oro.

Se desprende de los datos citados que esta historia fue completada en 1569, e indudablemente la mención del año de 1574 escrita al final del libro, es un dato suelto añadido en una redacción posterior.

Parece que este libro se comenzó a escribir antes de redactar los libros de Venezuela (2ª parte), pues no los menciona al nombrar el valle de Chinácota ^{| 15} , lugar donde tan espectacularmente fue muerto Ambrosio Alfinger.

|4ª Historia.-La historia de la ciudad de Ibagué, fundada en 1550, ocupa el libro 7º: se relata la salida de Andrés López de Galarza al Valle de las Lanzas por orden de la Real Audiencia, sus expediciones a varias provincias, la fundación de la ciudad y la encomienda de los indios comarcanos entre sus vecinos. Sigue después la historia de varias expediciones hechas para pacificar a los indios y una breve descripción de sus costumbres y creencias.

La fecha en que fue redactado este libro se desprende de un dato preciso, por cuanto se dice ^{| 16} que a la fecha no estaban permitidas nuevas conquistas, lo cual lo coloca en una época anterior a 1559, cuando tales conquistas fueron nuevamente autorizadas ^{| 17} , De otra cita podemos colegir ^{| 18} que este libro fue escrito antes que el de Mariquita, pues al nombrar esta ciudad se dice:

"como en la jornada de Mariquita se dirá".

|5ª Historia.-Lafundación de San Sebastián de Mariquita ocupa el libro 8º. Comienza con la comisión dada en 1549 por el licenciado Armendáriz a Francisco Núñez Pedroso para poblar un pueblo en la banda opuesta del río Magdalena, su decisión de ir a buscar el Pancenú, la travesía de la provincia de los Palenque hasta los llanos de Aburrá, y la primera efímera fundación de la ciudad de San Sebastián. Siguen después los incidentes de su encuentro con el capitán Hernando de Cepeda, salido desde Popayán al descubrimiento de la provincia de Antioquia, y la fundación de San Sebastián de Mariquita en 1552. Se describe el general alzamiento de los Panche en 1556 y su pacificación. La historia de la ciudad llega hasta el año 1567.

Esta historia fue comenzada a escribirse en la época en que no eran permitidas nuevas conquistas, como se desprende de una cita al principio del libr ^{| 19} , es decir, una fecha anterior al año 1559, aunque después de la de Ibagué (véase más arriba).

Al nombrar las ciudades de Vitori ^{| 20,} La Palm ^{| 21} y los Remedio ^{| 22} , no se refiere a las historias de estas ciudades, por lo cual se puede suponer que tales historias no estaban aún escritas.

6ª |Historia.- La historia de la fundación de San Juan de los Llanos ocupa el libro 9º Comienza con la comisión dada por la Real Audiencia, en 1555, a Juan de Avellaneda Temiño para descubrir minas de oro en la provincia de Guayupes y la fundación con este pretexto del pueblo de San Juan de los Llanos en 1556. Después de narrar varios traslados que sufrió la ciudad, sigue una descripción muy minuciosa de los indios Guayupe y sus vecinos, los Saes. La historia concluye con la jornada que emprendió Avellaneda al río Guaviare y la efímera fundación de una ciudad, la de Nueva Burgos, hasta la salida del ejército al valle de Neiva, en 1562.

Su confección parece remontarse a una época anterior a aquella parte de la historia que describe la entrada de Federmann al Nuevo Reino, es decir, al 4º libro de la misma parte, pues el autor dice al hablar de este acontecimiento: "como más largamente adelante se dirá, donde trataremos de la jornada de este Federmann". Este mismo hecho se confirma con otra cita, en que se habla del valle de Sibundoy ^{| 23} , sin nombrar la famosa expedición de Hernán Pérez que llegó allí desbaratada en 1543, descrita igualmente en el libro 4º de la misma parte. Pero los tres primeros libros de la historia del Nuevo Reino parecen haber sido ya redactados, pues hablando de la expedición de Jiménez de Quesada al valle de Neiva, declara el autor: "según en su lugar queda escrito largo" ^{| 24} .

El único dato que se refiere a la época en que la historia de San Juan de los Llanos fuera escrita es aquella cita donde se dice que Avellaneda "hoy vive y reside" en San Juan de los Llanos ^{| 25} .

|7ª Historia.-La conquista y fundación de la ciudad de Vitoria ocupa el libro 10. Se describe la rebelión general de los indios Panche y su pacificación por Juan de Salinas en 1557, con la cual ocasión fue fundada la ciudad. Se relatan varias expediciones hechas para pacificar a los indios comarcanos y su rebelión general acaecida en 1561. Esta historia concluye con una pormenorizada descripción de la tierra, su flora y fauna y los usos y costumbres de los indios Pantágora y Amaní.

El libro fue escrito posteriormente al de la fundación de Ibagué y al de Mariquita ^{| 26} , y antes del de Nuestra Señora de los Remedios, pues no se hace referencia a ningún libro cuando se habla de esta ciudad ^{| 27} . Sobre la fecha en que fue escrito sólo hay un dato indirecto, y es cuando se declara que las nuevas conquistas y jornadas están suspendidas, "y esta suspensión dura hasta hoy", lo que permite ubicarla cronológicamente en una fecha anterior al año 1559. (Véase más arriba).

|8ª Historia.-La fundación de la ciudad de Mérida ocupa el libro 11. Se cuentan las expediciones que emprendieron varios capitanes desde Pamplona, y la fundación de la ciudad por el capitán Juan Rodríguez, en 1558, quien había salido con pretexto de buscar minas de oro. Se relatan las muchas mudanzas que sufrió la ciudad, hasta poblarse en lugar definitivo; la fundación de otro pueblo, el de Santiago de los Caballeros, y su traslado a Mérida. Se describen los incidentes habidos con los conquistadores de la vecina ciudad de Trujillo, los distintos repartimientos de los indios comarcanos hechos por diferentes comisionados de la Real Audiencia. Esta historia llega hasta el año 1566.

Lo único que podemos colegir de las citas del texto, respecto a la historia de la ciudad de Mérida, es que ésta fue escrita anteriormente a la historia de San Cristóbal ^{| 28} y probablemente de Pamplona ^{| 29} , pues al nombrar esta ciudad no se hace referencia al libro respectivo, y por las mismas causas debemos suponer que fue redactada antes de las historias de los Llanos de Venezuela ^{| 30} , de la ciudad de Trujillo ^{| 31} y de la rebelión de Lope de Aguirre en el Amazonas ^{| 32} .

9ª |Historia.-La | historia de la fundación de la ciudad de Trinidad de los Muzos ocupa el libro 12. Comienza con el descubrimiento de la provincia por Luis Lanchero en 1543. Se relata la historia de varias expediciones que en vano trataron de sujetar a los indios, la efímera fundación de la ciudad de Tudela y las sucesivas fundaciones de Trinidad de los Muzos hasta 1560, en que se asentó definitivamente. Se describe el alzamiento general de los Muzo y los inútiles esfuerzos que se hicieron para pacificarlos. Siguen después las desavenencias con los vecinos de la ciudad de La Palma, el descubrimiento de las minas de esmeraldas y la repartición de los indios entre los vecinos de la ciudad. El libro finaliza con la descripción de las minas de esmeraldas y de las costumbres y ritos de los indios.

Esta historia, según parece, pertenece a la misma época en que se escribía el 4º libro de la historia del Nuevo Reino de Granada, pues en una cita se nombra al adelantado Alonso Luis de Lugo, y se dice: "como de lo escrito y sucedido al tiempo del adelantado Alonso Luis de Lugo constará" ^{| 33.} Para este tiempo es posible estuviera escribiéndose ya el "compendio" sobre Pedro de Orsúa, por mencionarse ^{| 34} , y el referente a Jerónimo de Ortal, que también se menciona ^{| 35} . Sin embargo, al nombrar a Pamplona ^{| 36} , Mérida ^{| 37} , Páez ^{| 38} y Palma ^{| 39} no son citados los libros referentes a estas ciudades, por lo cual es posible suponer que no había dado término a su redacción final.

La época en que esta historia de Trinidad fue escrita sólo se puede desprender de un dato indirecto en que se habla del capitán Melchor de Valdés, "que ahora es vecino de Ibagué". Parece que este libro no ha sido acabado del todo por el autor, pues promete escribir sobre el reparto de las minas de oro entre los vecinos ^{| 40} , pero no lo hace.