Hay cierta dificultad en adoptar un título adecuado para la historia que escribieron nuestros frailes. El primer volumen del manuscrito que reposa en la Real Academia ^{| 1} lo encabeza el título: "Primera parte de la recopilación historial resolutoria de Santa Marta y Nuevo Reino de Granada de las Indias del Mar Océano, en la cual se trata etc.", con indicación del número de los libros que componen el volumen.

El título del segundo volumen ^{| 2} reza: "Segunda parte de la historia que compuso fray Pedro Aguado etc... en la cual se trata etc.", sin repetir la palabra "Recopilación" ni indicar el número de los libros.

Como se puede observar, los títulos de las dos partes de la obra no concuerdan entre sí; uno se refiere a una recopilación, es decir, a una reunión de varias historias sueltas, sin firme conexión entre sí; el otro, a una "historia", que es la relación de uno o varios hechos.

De estos títulos difieren aquellos que nombra el autor en su petición al Consejo de Indias para solicitar el permiso de volver a Indias y los contenidos en las dos licencias concedidas para la impresión ^{| 3} . En la petición aludida, fray Pedro llama a su obra "La historia del Nuevo Reino de Granada y de su pacificación, población y descubrimiento, dividida en dos partes"; la licencia concedida el 3 de septiembre de 1581 versa sobre un libro cuyo título es: "Descubrimiento, pacificación y población de las provincias de Santa Marta y Nuevo Reino de Granada, etc."; y la del 6 de julio de 1582 habla de un libro: "Primera y segunda parte del descubrimiento del Nuevo Reino de Granada". Se observa, pues, una anarquía en los títulos, que es una de las numerosas contradicciones que nos presenta la obra de Aguado.

Con todo, es indiscutible que el título primitivo de la obra, así como lo concibieron los autores desde un principio, y también el más ajustado al carácter general de su historia, es el de "Recopilación historial", es decir, la unión en uno o varios volúmenes de "historias" independientes o casi independientes entre sí ^{| 4} . Estas "historias" las llama a veces el autor "libros" y, a veces, 'compendios", aunque no hay duda en cuanto a que su intención primitiva fue llamarlas "epetomios" (forma antigua de la palabra "epítomes"), palabra que se lee en la "tabla" de Sevilla ^{| 5} y que quedó, sin duda por descuido, en la redacción final del manuscrito, cuando el autor, al referirse al sexto libro, escribe: "...como en el siguiente epetomio en suma se verá" ^{| 6} ,

La intención de llamar su obra "Recopilación" se desprende no sólo del título de la primera parte del manuscrito, sino también de la "tabla" de Sevilla (véase el capítulo 89). Así leemos en el encabezamiento de la primera página (que está tachado):

"Primera parte de la |Recopilación Historial de... etc."; en el recorte de papel que fue pegado con lacre encima de esta tachadura y que era el título definitivo se lee: "Tabla de la primera parte de la |Recopilación Historial... etc."; también en el resumen, igualmente tachado, de la misma tabla está escrito: "En el presente libro de la |Recopilación Historial... etc.".

Este carácter de la obra como una recopilación de "historias" separadas, escritas en diversas épocas, explica por qué el autor remite, a veces, al lector a un "libro" o "compendio" anterior o posterior y, a veces, no lo hace, repitiendo hechos cuya narración detallada se encuentra en otros "compendios". La obra, como totalidad, no observa una unidad de criterio frente a hechos y personas, ni tampoco sigue un estricto orden cronológico. La duplicidad del autor, Medrano-Aguado, ayuda a comprender la desunión que acusan los diversos libros, cuya ordenación no es forzosa sino deliberada, lo que permite suprimir o añadir libros a voluntad sin menguar la comprensión de las otras partes de la "historia". Ciertamente, en su proemio al lector anuncia el autor una tercera parte donde se seguirán escribiendo, dice, "otras conquistas y poblaciones... con otras muchas cosas no menos dignas de memoria". Por otra parte, un libro entero de 28 capítulos fue suprimido ^{| 7} , sin que sufra la obra como tal; pues cada libro en sí es una "historia", representa una unidad por sí y puede leerse sin conocer los libros anteriores o posteriores.

Dado este carácter de la obra de Aguado, es obvio que las denominaciones arbitrarias introducidas en algunas ediciones anteriores son inexactas y se prestan a graves confusiones. Llamar la primera parte "Historia de Santa Marta y del Nuevo Reino de Granada" ^{| 8} es improcedente, pues no corresponde a su contenido. La primera parte de la Recopilación se ocupa |exclusivamente del Nuevo Reino de Granada, y la historia de Santa Marta es tratada apenas como introducción a la del Descubrimiento del Nuevo Reino, cesando de interesar al historiador con la salida del licenciado Jiménez de Quesada de aquella ciudad a su memorable jornada. Los gobiernos de Santa Marta posteriores a esta efemérides, como fueron los de Jerónimo Lebrón, del licenciado Miguel Díez de Armendáriz o del capitán Luis de Manjarrés, están tratados someramente y sin detalles y sólo en la medida en que fue necesario para la comprensión de los acontecimientos ocurridos en Nuevo Reino.

Varias citas en el mismo texto de esta "primera parte" demuestran palpablemente la intención del autor de escribir únicamente la historia del Nuevo Reino de Granada, y no la de Santa Marta u otras gobernaciones. Así, por ejemplo, cuando se dispone a narrar la elección de Jerónimo Lebrón por la Audiencia de Santo Domingo para la gobernación de Santa Marta, dice específicamente que lo hace "aunque sea fuera del propósito de la historia del Nuevo Reino, de quien vamos tratando" ^{| 9} . Cuando describe la jornada de Hernán Pérez al Dorado, territorio que por desconocido no estaba incorporado a lo que se llamaba entonces Nuevo Reino, pide perdón al lector "por haber salido tan de golpe de la provincia e historia del Nuevo Reino" ^{| 10} . Sugiere que el impaciente lector omita lo escrito referente a esta jornada y pase adelante en su lectura, donde encontrará de nuevo el hilo de la propia historia del Nuevo Reino. Asimismo se cree obligado a justificar su libro sobre la fundación de San Vicente de Páez (que pertenecía a la gobernación de Popayán), porque fue poblado desde el Nuevo Reino e incorporado a aquella gobernación sólo después de su fundación ^{| 11} , etc.

Aún más inexacto es llamar "Historia de Venezuela" la segunda parte ^{| 12} , pues sólo tres de los diez libros tratan de Venezuela, mientras que los otros siete se dedican a la gobernación de Cartagena (libro 8º), a la isla de Trinidad (libro 4º), a la gobernación del Marañón y Paria (libros 5º, 6º y 7º), a la historia de Pedro de Orsúa en Santa Marta y Panamá (libro 9º) y a la de Lope de Aguirre en el Amazonas (libro 10); territorios que todos, inclusive Trinidad y Paría, no formaban entonces parte de la propia gobernación de Venezuela.

De todo lo que antecede se ve a las claras que el único título valedero para la obra de Aguado es el de "Recopilación Historial", así como con muy buen criterio lo adoptó la Academia Colombiana de Historia al editar los primeros nueve libros de la primera parte ^{| 13} .