Dice Aguado en su dedicatoria al Rey que él ha sido testigo de vista y que se halló presente "a todo o a la mayor parte en los trabajos que los españoles han pasado en el Nuevo Reino de Granada, a donde yo he vivido" ^{| 1} . Esta aseveración, si es suya y no de Antonio Medrano, es cierta sólo en parte, pues habiendo venido al Nuevo Reino en 1562 ^{| 2} , no pudo naturalmente estar presente en la mayoría de los importantes hechos acaecidos con anterioridad a su llegada, y que relata con lujo de detalles.

La fecha del arribo de fray Antonio Medrano al Reino no está fijada con seguridad, pero el texto del manuscrito no contiene alusiones a su presencia en alguna jornada, salvo en un solo caso que es en el de la expedición a los indómitos Panche ^{| 3} . Por los detalles que ofrece la "Recopilación" sobre los Pantágora y Goahibo se podría suponer que el autor habla acompañado alguna expedición hacia esas provincias; pero en la obra misma no encontramos de ello testimonios.

Por el contrario, abundan citas que se refieren a testigos presenciales, cuyos relatos sirvieron como fuente principal para confeccionar la obra: Así, por ejemplo, al hablar del descubrimiento en 1498 de las costas de Santa Marta ^{| 4} hay una referente al "dicho de personas muy antiguas que aún hoy viven.."

El fuego que abrasó el templo indígena de Sogamoso lo certifican "los antiguos que lo vieron y se hallaron presentes" ^{| 5} . La expedición de Hernán Pérez al Dorado fue acompañada de 8.000 indios, "según afirman algunos de aquel tiempo" ^{| 6} . De que los españoles de los tiempos antiguos daban muerte a los indios a mansalva y por causas baladíes lo atestiguan "los que hoy están vivos" ^{| 7} . La muerte de Juan de la Cosa, dada por los indios de Turbaco, sucedió "según lo relatan y cuentan algunos españoles que hay de aquel tiempo" ^{| 8} . Lo acaecido en Muzo lo afirman "algunos de los que presentes se hallaron" ^{| 9} , etc.

Cuando los informantes discrepan en detalles, el autor constata este hecho, dejando que el lector acepte lo que crea más verídico. Así, por ejemplo, cuando habla de los intentos de Jiménez de Quesada de aprovecharse de las disensiones habidas entre los zipas Bogotá y Tunja ^{| 10} , declara: "Podría ser que Jiménez no lo tratase, pero así me lo certificaron". La jornada de Montalvo de Lugo ^{| 11} , "según algunos", fue organizada para dar noticia a Federmann sobre la ruta que debía tomar, "aunque otros dicen" que fue a poblar Tocuyo y Barquisimeto. Sobre las jornadas para el descubrimiento de la provincia "Entre los Dos Ríos" ^{| 12} , algunos decían que se trataba del Cenú, y otros que de Antioquia, perteneciente a la gobernación de Popayán. Escribe sobre la fundación del Tocuyo ^{| 13} , de acuerdo con lo que "me han informado algunas personas que en aquella tierra están, aunque otros ancianos de los que en aquel tiempo se hallaron allí certifican, etc...." O: "Este desbarate de Ordaz cuentan otros de otra manera, porque aunque ha pocos años que pasó no dejan de variar con el dar relación..." ^{| 14} .

En algunos casos de controversia no se limita a dar las noticias que recibió directamente de los propios interesados, y cree necesario dar las opiniones de terceras personas. Así, sobre lo acaecido entre el capitán de Federmann, Martínez, y los capitanes Alderete y Nieto, recoge lo que "algunos me contaron..., y -continúa- según la noticia que los propios Alderete y Nieto dan, etc..." ^{| 15} .

A veces no consigue el autor recoger detalles sobre algunas fundaciones de pueblos, como sucede, por ejemplo, en la de Burburata, cuando dice: "porque, aunque en haber la relación y noticia de ello he puesto toda la diligencia a mí posible, no he podido tener de ella más claridad de lo que he dicho" ^{| 16} . Varias veces, para explicar la escasez de las noticias que da sobre la flora o fauna de una región o las costumbres de los indios, declara que esto obedece "por defecto de no hallar yo quién me diese claridad de ellas..." ^{| 17} ; y a veces añade: "en habiéndolas, se escribirán" ^{| 18} . Cuando habla de los indios Muzo dice: "De las naturalezas y propiedades de los indios no daré tan larga noticia como quisiera, porque en las continuas guerras no ha habido lugar de investigarse y saberse estas cosas con la curiosidad que se requiere; así sobre esto será poco lo que escribiré" ^{| 19} No habla de la fundación de Nueva Valencia en Venezuela, "por no haber habido relación"  ^{| 20} ; tampoco describe algunos animales que hay en los Llanos "de quien aún no se tiene entera noticia, por lo cual no van aquí escritos" ^{| 21} , Lo acaecido a Diego de Ordaz, declara, sucedió entre los años 1530 y 1534, y "no se pusieron -dice- los tiempos en que señaladamente sucedió cada cosa de las dichas, por no tener memoria de ello los que lo vieron y se hallaron presentes a ello" ^{| 22} , Al escribir su relación sobre los indios de Maracapana y Cubagua se lamenta que ésta "no será tan cumplida como yo quisiera, a causa de que los que en aquel tiempo andaban por ellas, más curiosidad y diligencia ponían en cómo se habían de aprovechar de las haciendas y personas de aquellos naturales, que en enmendar y reparar sus costumbres ^{| 23} .

Todo esto y más ejemplos que se podrían citar demuestra que la historia de Aguado está escrita principalmente a base de relatos de testigos presenciales, salvo naturalmente de lo que él mismo o fray Antonio Medrano pudo conocer personalmente durante su estada en el Nuevo Reino. Documentos originales transcribe Aguado sólo muy pocos (tasaciones de tributos, capitulaciones con los alemanes, consulta sobre Hortal, etc.), y una tan sola vez se refiere de una relación escrita que vio sobre el levantamiento de Lope de Aguirre y que cita en forma un tanto burlona ^{| 24} , aunque la utiliza para algunas descripciones.

La utilización de relaciones de testigos presenciales y de observaciones personales, como fuentes exclusivas para su "historia", es la característica de la obra que le da valor y relieve. Nuestro historiador no utiliza ni copia a otros historiadores. Siempre, cuando no le consta personalmente algún hecho, lo declara o remite al lector a las obras de otros historiadores que han tratado el tema, lo que constituye una ética profesional poco común en el siglo XVI. Así, por ejemplo, al hablar de la Congregación de letrados y teólogos que hubo en España para decidir sobre la legalidad de la esclavitud indígena, remite a la "Historia General de Indias", de López de Gomara ^{| 25} . Al mencionar la trata de esclavos indios en Cartagena, no la describe, sino que se refiere a lo que escribió Gomara "en la Historia General muy sumariamente, y a la primera y cuarta parte de las historias que escribió del Perú, Cieza de León". Al último se remite también al mencionar la expedición de Juan de Vadillo a Cali. Sólo la menciona "porque tiene escrita esta misma jornada, Cieza en la cuarta parte de su Historia. El que quisiere ver, allá la podrá leer" ^{| 26} .

También admite el autor algunos casos en que por falta de preparación científica se considera personalmente incapacitado para "dar entera relación". Ruega al lector, en este caso, "reciba por servicio lo que hallare escrito" ^{| 27} : una sinceridad y entereza moral que buscaríamos en vano en los historiadores americanos coloniales, muchos de los cuales acostumbraban, por falta de informaciones directas, copiar trozos enteros de obras ajenas, sin nombrar su autor, para el solo fin de completar su propia obra.

Naturalmente las fuentes que utilizó Aguado -y Medrano- son imperfectas. Informantes no son siempre fuentes fidedignas; y así aparecen en la "Recopilación" algunas fechas erradas y varias discrepancias con documentos históricos que conocemos actualmente, en especial cuando se trata de los que se remontan en el pasado ^{| 28} , En el transcurso de la narración se observan también marcadas simpatías o antipatías contra uno u otro conquistador, gobernador, visitador y oidor de la Real Audiencia, lo que influye naturalmente la objetividad del relato. En el caso de nuestros frailes no se trata de investigadores de documentos históricos que, además, reposaban en archivos no accesibles fácilmente en aquella época.

Sin embargo, teniendo en cuenta la época en que se escribía la "Recopilación Historial" y el carácter de los autores como frailes profesos, no podemos ocultar nuestra admiración ni por el arduo trabajo que emprendieron en la planeada ordenación de los numerosos y dispersos datos que recibían, como se desprende de las citas arriba señaladas; ni por el justo y esencialmente objetivo relato de los hechos de la Conquista; ni por la franca, minuciosa y casi impersonal descripción de las costumbres de los indios, si hacemos abstracción, naturalmente, de aquellas frases en que aparecen apreciaciones y críticas personales que se explican tanto por el ambiente de la época como por ser los autores religiosos, frailes misioneros. Por su condición de escritos, basados en relatos y observaciones personales, "lo que he visto, oído y entendido", la obra forma un magnífico documento representativo de su época y del ambiente reinante en la sociedad neogranadina.