Al cuidadoso lector de la "Recopilación" no se le ocultan las contradicciones que existen en el texto con referencia a varios problemas americanos, como son el de los indios, el de los conquistadores "antiguos" (Jiménez de Quesada y otros), etc. A veces el autor trata a los indios con marcada simpatía y muestra admiración aun hacia grupos antropófagos. Otras veces tiene contra los "bárbaros" expresiones despreciativas. Aquí ensalza el valor de los conquistadores como verdaderos héroes; allá formula tan acres acusaciones contra ellos que los censores del Consejo, vigilantes de la buena fama del nombre español, se vieron obligados a tachar párrafos enteros.

Estas inconsecuencias y la falta de un criterio uniforme que subsistieron, pese a la unificación ideológica que emprendió Aguado como su redactor final, es una de las características de la obra.

Estas discrepancias se deben a la dualidad de los autores de la "Recopilación", Medrano y Aguado, que pertenecían a distintas corrientes ideológicas en que se dividían los franciscanos del Nuevo Reino, las cuales se revelan al estudiar la historia de la orden en aquella época.

Dentro del marco del presente trabajo no será posible llevar a cabo tal investigación exhaustivamente, a pesar de ser ella de especial e indudable interés para conocer los movimientos intelectuales en los albores del Nuevo Reino de Granada. Nos limitaremos a exponer los lineamientos generales de este proceso para mejor comprender la parte que en estas luchas ideológicas corresponde a los dos frailes.

Cuando Aguado llegó al Reino, en 1562, ya se había formado un fuerte grupo de aquellos frailes que se calificaban de "antiguos". Una evolución paralela observamos entre los conquistadores, entre los cuales, por aquella época también se destacó un grupo de los "antiguos", arraigados en América, que iniciaron una lucha contra muchos "nuevos" recién venidos quienes estaban tratando de desplazarlos de las posiciones sociales adquiridas (encomiendas, cabildos, oficios públicos) mediante el favor que muchas veces encontraban en las autoridades coloniales.

En la misma situación se encontraron los frailes "antiguos".  En la época de la Conquista el fraile lo era todo: misionaba a los indios, servía de cura a los españoles, acompañaba a los conquistadores en sus jornadas; los principales obispos en las tierras actualmente colombianas eran frailes. El decidido favor que las órdenes religiosas encontraron en la Corte durante el reinado de Carlos V; su libertad de acción dentro de una organización universal que, debido a distancias y falta de vías de comunicación, no pudo ser muy rígida; el desarrollo del sentido de responsabilidad individual frente a problemas que variaban de aspecto con cada tribu o pueblo por evangelizar; la necesidad de adaptarse a distintos climas y ambientes, establecieron una comunidad entre el fraile y el conquistador-soldado, por una parte, y entre él y el indio, por otra. Tales condiciones contribuyeron a afianzar su posición dentro de la sociedad hispanoamericana que estaba en formación. Tanto por el ejercicio de curatos en pueblos indios y españoles como por su calidad de evangelizador de la población aborigen, el fraile se "americanizó", es decir, se integró a la vida americana.

De aquí que aparece la personalidad del fraile que en documentos de aquella época llaman "soberbio", fraile con inclinaciones políticas que se inmiscuía en todas las actividades de la vida civil, que critica las relaciones entre españoles e indios, la forma como se otorgan las encomiendas, que se opone al cercenamiento de sus derechos por las autoridades coloniales y trata en forma despectiva sus mandamientos. Algunos eran simpatizantes del movimiento indigenista ^{| 1} ; otros, por el contrario, de los encomenderos, conquistadores "antiguos"; pero todos estaban en una u otra forma ligados a su nueva patria e influidos por las específicas condiciones americanas.

Contra estos frailes "antiguos" empezaron muy pronto a llegar nutridas quejas al Consejo de Indias, que les acusaban de indisciplina hacia las autoridades civiles y eclesiásticas, de intromisión en jurisdicciones ajenas, ser "reyes y papas", como se decía ^{| 2} , sin reconocer a ningún superior.

El Consejo de Indias prestó oído a estas quejas, enviando a América frailes "nuevos", con objeto de reemplazar a los "antiguos", o "reformarlos". Tal reforma, aunque abarcaba muchos aspectos de la vida de los frailes, tenía por objeto principal doblegar su "soberbia", encauzar sus intromisiones en los problemas americanos por una vía más sosegada, quitarles la vehemencia y falta de moderación con que trataban a las autoridades, encomenderos y conquistadores, cuando sus actividades no correspondían a lo que ellos consideraban ser justicia. Esto no quiere decir que los frailes "nuevos" se doblegaban incondicionalmente a las autoridades justificando todos sus hechos. Los religiosos en el siglo XVI constituían un grupo intelectual independiente dentro de la sociedad hispanoamericana, y a él debemos las críticas más penetrantes de las condiciones reinantes; pero no eran "americanizados"; su arraigo no era ni tan fuerte ni tan decisivo como en los "antiguos".

Para explicar las contradicciones que se observan en la "Recopilación Historial", una obra de conjunto de los frailes Medrano y Aguado, hay que tener en la mente que fray Pedro era uno de los "nuevos", mientras Medrano pertenecía a los "antiguos". Aguado había llegado al Nuevo Reino en 1562 como uno de los seis frailes que dejó en Cartagena fray Luis Zapata, hombre de confianza del Monarca, quien le eligió para "reformar" los frailes del Perú, donde se presentaba un caso similar al del Nuevo Reino de Granada. Aguado no tomó parte en la propia conquista, pues vino cuando sus fases principales ya estaban concluidas. Pero Medrano sí fue un fraile "antiguo", llegado muchos años antes que aquél. Fue acompañante de los conquistadores, compañero de Jiménez de Quesada en su jornada al Dorado y simpatizante de éste, especialmente por cuanto el licenciado fue el caudillo de los "antiguos conquistadores".

La idea de Medrano sobre la conquista es caballeresca: alaba a los indios cuando son valientes; los desprecia cuando huyen, tachándolos de "cobardes". Acepta las crueldades cometidas por los conquistadores cuando le parecen necesarias para amedrentar a los indios y subyugarlos definitivamente; aunque no acepta tales crueldades cuando no son necesarias para conquistar una tribu. No cavila sobre "derechos a la conquista" ni sobre la justificación de la encomienda. No siente reverencia desmesurada hacia las autoridades civiles y eclesiásticas, y menos cuando impiden o restringen los derechos de los "antiguos" conquistadores. Medrano, el "americano", muestra vivo interés por los indios, como todos los conquistadores. Su interés por el indio sobrepasa el de un fraile "nuevo", pues forma parte del mundo que él y sus compañeros descubrieron e incorporaron al suyo. Parece Medrano un hombre que procede del pueblo, uno de esos frailes que se trasladaban a América para acompañar a los soldados, llevados en parte por el espíritu de aventura, en parte animados por la curiosidad que despertó el Nuevo Mundo, y también por su vocación de misionero.

Aguado es, al contrario, un hombre cultivado, de una educación más esmerada, perteneciente a una familia solariega de Valdemoro, tal vez un "segundón" que emprendió la carrera eclesiástica como era de uso y costumbre en tales familias. Para algunas tribus, que tenazmente se aferran a las creencias de sus antepasados, y más aún cuando persisten en sus aberraciones -antropofagia, pecado nefando, etc.-, tiene sólo frases de desprecio. Para otras tribus pacificas, injustamente atacadas o esclavizadas por los españoles, tiene piedad y las defiende contra los conquistadores. Su relación con los indios es más personal, regida por las normas morales que dictan su religión y la época en que vive.

Al cuidadoso lector no le será difícil observar cómo se entrelazan las dos posiciones contradictorias. No se trata de falta de consecuencia, como erróneamente tacharon a Aguado aquellos historiadores para los cuales la "Recopilación" era su obra exclusiva. Eran los autores dos personalidades distintas que representaban diferentes corrientes ideológicas. Eran dos franciscanos que, aunque planteaban diferentemente los problemas americanos, tenían en común el celo misionero y el amor por la historia.