El concepto de la historia, como historia social, obliga a los autores de la "Recopilación" a reservar en su historia un lugar preponderante a la descripción de los indios -grupo numeroso e importante dentro de la sociedad colonial del siglo XVI- y también a los problemas que su presencia suscitaba. En la dedicatoria al Rey se hace resaltar el hecho de que Su Majestad "muchas veces ha enviado a mandar avisen de los ritos y ceremonias y sacrificios con que aquella gente, por idolatría a sus jeques y mohanes, sirven a los demonios como a sus dioses, y las demás cosas que pasan en deservicio de Dios y desacato a la Corona Real". Tan importante parece esta parte de la "historia", que se la ofrece espontáneamente, sin habérselo pedido el Rey, por el solo hecho de ser el autor conocedor de las costumbres y ritos de los naturales de la tierra, y porque nadie, se añade, lo hizo hasta entonces.

Naturalmente, aquí hay una exageración. Cortas y esporádicas descripciones de una que otra tribu de las que habitaban el Nuevo Reino habían llegado a España con anterioridad a la "Recopilación Historial". Son escasas las relaciones, si son algo extensas, donde no haya mención de alguna que otra para los europeos extraña costumbre o creencia. Pero en todos estos casos se trataba de relatos generales, esporádicos, que se comunicaban al Rey por ser hechos extraños para los europeos. La "Recopilación Historial" revela una para aquella época sorprendente y desusada actitud: antes de terminar cada "compendio" o libro sobre la conquista de una región o fundación de una ciudad, se recogen sistemáticamente -a medida que esto fuere posible- todos los datos habidos sobre los indios comarcanos. No sólo se describen sus creencias y supersticiones y las armas que empleaban -cuestiones todas que, dada la época, interesaban antes que cualquier otra cosa-, sino también las costumbres de la vida íntima de la tribu, las relaciones familiares y sociales, la vida económica, las relaciones con los españoles, etc.

En la obra encontramos extensas descripciones antropológicas de aguda observación, y una desenvoltura y falta de prejuicios que la asemeja a las investigaciones modernas y que sorprenden y aun chocan, a veces, la sensibilidad puritana de algunos historiadores contemporáneos 20. Varias veces en el transcurso de la narración se revela la preocupación por no haber logrado recoger mayores detalles 21,

No menor importancia se da a los problemas sociales que suscitaba la presencia del indio. Muchas páginas están dedicadas a la esclavitud indígena, a los diversos repartimientos y encomiendas que se hicieron entre los españoles, a las tasaciones de tributos y otros problemas que aparecieron con la conquista. Basta decir que capítulos enteros se reservan a la minuciosa transcripción de las tasaciones de tributos, en una obra donde transcripciones documentales son escasísimas. Gran importancia se da a las consecuencias que los sucesivos "repartimientos" tuvieron en las relaciones, muchas veces animosas, entre los pobladores de las distintas ciudades, y de éstos con las autoridades coloniales.

La constancia que se observa en la descripción de las distintas tribus y la importancia que a lo largo de la "Recopilación" se da a estas descripciones y a todo lo relacionado con los indios, transforma a los autores de la "Recopilación" en verdaderos antropólogos, primeros que pisaron las tierras actualmente colombianas.

Naturalmente, no es posible esperar que hombres del siglo XVI, y más religiosos, misioneros, observen, anoten e investiguen las costumbres indígenas por el solo interés científico que en sí mismo encierran. Mucho se llama barbaridad, primitivismo y "mano del demonio". Pero si hacemos caso omiso a estas críticas, en sí explicables, nos admira la minuciosidad de las observaciones y el cuidado en no caer en las deplorables generalizaciones de que se hicieron culpables la mayoría de sus coetáneos. Estas cualidades colocan a los autores de la "Recopilación" muy por encima de aquellos para quienes estas "cosas del demonio" eran despreciables, valiendo la pena de ser denunciadas pero no estudiadas. Nuestros frailes observan personalmente y recogen observaciones ajenas. La "Recopilación" constituye una fuente antropológica extraordinaria, siempre y cuando se tomen en cuenta la época y el carácter confesional de los autores. Y aunque el objetivo inmediato pudiera haber sido facilitar y activar la conversión de los naturales, este objetivo ni se declara ni impide la descripción de muchos detalles que carecen de relación directa con la labor evangelizadora.

Una vez más, a base de la publicación de un manuscrito considerado otrora como versión original, se acusa injustamente a los autores de la "Recopilación" de haber dejado en el olvido la tribu o "nación" principal que habitaba el territorio del Nuevo Reino de Granada, los Muisca (Moscas), de la familia lingüística chibcha, una tribu numerosa y avanzada, la cual constituía al mismo tiempo uno de los más importantes núcleos culturales que hubo en la América precolonial, y en cuyo territorio se fundaron las tres principales ciudades, Santafé, Tunja y Vélez, y posteriormente se estableció una Real Audiencia.

Y ciertamente, ¿cómo explicar el hecho incomprensible de que en una obra donde abundan largas y minuciosas descripciones antropológicas de varias tribus menores que habitaban el territorio del Nuevo Reino de Granada y sus confines, como los Goahibo, Pantágora, Páez, Pijao, Panche, se hubiera dejado completamente en el olvido esa tribu principal? Sin embargo, es el hecho de que falta en la "Recopilación" tal descripción, salvo noticias generales y esporádicas. Pero, la "tabla" conservada en Sevilla demuestra que todo un libro, el libro 59, con 28 capítulos, fue suprimido en su totalidad, libro que contenía, precisamente, la minuciosa descripción de los indios Muisca 22. Allí se describían las ideas de los indios sobre el origen del mundo 23, sus ceremonias 24, sus ritos religiosos 25, la forma de sus enterramientos 26, el ejercicio de la justicia 27, sus fiestas y regocijos 28, su calendario y modo de contar 29, su comercio e industria 30, la caza y pesca 31, la forma de sus casamientos 32, sus comidas 33 y sus vestidos 34.

No hubo, pues, descuido por parte de los autores. Varias frases del texto se refieren a este libro suprimido 35; por lo cual fueron tachadas. Tan minuciosas son las descripciones antropológicas de nuestros frailes, que aun en relatos que por su extensión parecen completos, hay varios renglones tachados y hasta páginas arrancadas 36 enmiendas de que no hay constancia en las versiones publicadas.

Todo esto confirma la "Recopilación Historial" como una obra antropológica de gran alcance y a sus autores como agudos y concienzudos observadores.

La carencia de datos sobre las misiones y, en general, sobre los principios de la Iglesia en el Nuevo Reino es otra de las características más sorprendentes en la obra de los dos frailes. Algunos historiadores atribuyen este hecho al posible deseo de escribir una historia eclesiástica aparte o al disgusto que una historia de las misiones hubiera ocasionado en una época en que reinaban serias desavenencias entre el clero y frailes y aun entre los miembros de la misma orden religiosa 37. Otros suponen que la omisión se debe al pesimismo que produjo en el autor el escaso éxito de la obra evangelizadora, por lo cual prefirió el silencio. Otros simplemente acusan a Aguado de negligencia.

Sin embargo, no es fácil explicar la omisión de ocuparse de la historia de la Iglesia, en una obra histórica, que ya por su aspecto social tenía que incluirla, necesariamente, en una época en que los religiosos formaban un numeroso grupo dentro de la sociedad colonial y que jugó un papel importante tanto en la conquista misma como en las generales relaciones entre indios y españoles.

Mucho más difícil aún es explicar la falta de datos sobre las órdenes religiosas en una obra en que se declara sin ambages que uno de sus principales objetivos es producir un mejor entendimiento de la importancia inherente a la obra misionera, conseguir para ella mayor apoyo oficial y una más cabal dotación de religiosos. Fray Antonio Medrano era definidor de la provincia; fray Pedro Aguado fue varias veces guardián, después provincial y procurador a España para defender los intereses de su orden. Es imposible creer qué tales personas se despreocupasen de la historia eclesiástica. Además, en el proemio al lector, Aguado insiste sobre la importancia de la obra misionera. Se defiende vigorosamente del cargo que se le pudiera hacer por haberse ocupado "con escribir historias y dar cuenta de vidas ajenas", en vez de dedicarse a su propia profesión. Da mucha importancia a la tarea de convencer al lector del buen celo que puso siempre en su tarea proselitista y la constancia que caracterizaba sus esfuerzos para lograr este fin.

"Quien con claros ojos y desapasionada voluntad revolviere mi libro -escribe- hallará en él, cómo no solamente me he ocupado en la conversión de esta miserable gente, procurando el aumento de su cristiandad, con muchas vigilias y con ordinarios trabajos, sino que... no ha habido religioso en las partes a donde a mí me cupo la suerte, que con más cuidado haya servido a la Majestad Divina y haya procurado el aumento de la Iglesia".

No se contenta con declararlo tan sólo en el prólogo; en la parte tachada del libro 49 considera necesario, una vez más, hacer hincapié sobre su integridad como religioso 38. Las obras de los conquistadores, cuya "temeridad rayaba en la locura", nunca le parecieron tan valiosas por lo que fueron servicios hechos al Rey sino como empresas que hacían posible la catequización.

Para defender la obra misionera ataca abiertamente la política de Felipe II, lamentándose del poco éxito que tienen los religiosos debido a la falta de un decidido apoyo oficial. Recordando al Monarca que el Papa Alejandro encargó expresamente a los Reyes Católicos la evangelización de la población americana, y que existe un vasto campo para tal obra, exclama con una temeridad que le honra: "¡Si sus personas -es decir, los Reyes Católicos- se pudieren hallar presentes, con más cuidado y con menos trabajo y aun con menos ofensa de Dios, se hiciera mayor fruto en la viña del Señor!"

Es imposible creer que una persona que escribe en tales términos no aprovechase su "historia" para dar larga cuenta sobre la actividad de los religiosos, fundación de monasterios, bautizos de indios, y más, siendo testigo y autor de muchos sucesos ligados a la historia eclesiástica.

Las acusaciones contra nuestros frailes en este sentido se basan al descuidado estudio del manuscrito original y de los documentos correlativos a la "Recopilación". Pues si los investigadores hubiesen analizado esta documentación, habrían notado que también en este caso las aparentes omisiones y lagunas sólo obedecen a la mutilación del manuscrito original, donde fueron suprimidos muchos renglones y cortadas páginas enteras que se refieren al tópico 39. Medrano y Aguado sí son los primeros historiadores de la Iglesia en el Nuevo Reino de Granada, y los recortes y mutilaciones por terceros no pueden quitarles tal mérito.