Igualmente, a todo lo largo del manuscrito encontramos tachados muchos renglones donde se expresan simpatías por el licenciado Jiménez de Quesada y su hermano Hernán Pérez de Quesada ^{| 23} . No podríamos señalar los autores de tales tachaduras con seguridad, pues podrían deberse tanto a la mano de fray Pedro Aguado como a la de los censores. Medrano era allegado a la casa de Jiménez -lo demuestra su participación en la jornada al Dorado-, y las palabras benévolas que encontramos en el texto tanto para él como para su hermano Hernán Pérez pertenecen sin duda a su pluma. Es fácil observar que tales frases se encuentran precisamente en aquellos libros que son versiones originales, formando parte de los diez y siete libros que Aguado trajo a España y escritos por aquel fraile. Aguado, como fraile "reformado", nuevo, no pudo abrigar las mismas simpatías hacia Jiménez, el antiguo conquistador, y pudo haber tachado aquellos párrafos. Sabemos que contra Jiménez existen cartas y documentos acusatorios emanados de los frailes precisamente.

También el Consejo de Indias tenía sus razones para no dejar pasar en una "historia pública y aprobada por Su Magestad", como decía López de Velasco, las frases laudatorias contenidas en el original, especialmente aquellas en que Medrano se lamentaba de las pocas rentas que tenía el Adelantado y de la menguada recompensa que recibiera por sus servicios al Rey al descubrir el Nuevo Reino. La aceptación de estos renglones podía interpretarse como tácito reconocimiento de tal situación en época en que el anciano fundador seguía reclamando adecuada recompensa a sus servicios y cuando aún estaba pendiente el famoso pleito por $13.000 oro que Hernán Pérez de Quesada le dio de las cajas reales en 1539, antes del viaje a España. Por otra parte, contra Hernán Pérez de Quesada gravitaba una seria acusación por su no autorizada jornada al Dorado, en la cual perecieron tantos españoles e indios, y que dio lugar a que lo apresara el adelantado Alonso Luis de Lugo. Sólo la prematura muerte le libró de una cierta condenación.

Afirmaciones como las de Medrano, a favor de ambos conquistadores, no concordaban con los intereses del Estado, por lo cual fueron tachadas.

Obedecían a la censura otras enmiendas, tales como tachar el apellido de los tres caudillos en la rebelión contra Rodrigo de Bastidas, primer gobernador de Santa Marta, en la cual perdió la vida. ^{| 24} Si sólo tuviéramos a nuestra disposición la "Historia" de Aguado en su versión censurada, el hecho de la sublevación en Santa Marta hubiera quedado en el anonimato. Sólo la "tabla" de Sevilla, el manuscrito original y naturalmente otros documentos, revelan los nombres de algunos sublevados.

La censura tachó todas las alusiones contrarias a Alonso Luis de Lugo ^{| 24} , cuyos turbios manejos, tanto en vida de su padre don Pedro Fernández de Lugo como ya de gobernador del Nuevo Reino, no estaban de acuerdo con el deseo de ensalzar el nombre español; por otra parte, se quería guardar consideración hacia una familia de alcurnia.

También suprimió opiniones tan atrevidas como aquellas en que el autor decía, refiriéndose a las injusticias que cometía Lugo, que

si los españoles que en el [Nuevo Reino] residían fuera gente insufrible y deseosa de novedades, les había puesto y ofrecido ocasión [Lugo] en las manos con que, con quitarle a él la vida y librarse de su deméstica tiranía, se enciendieran...

una idea peligrosa, especialmente en la revoltosa América, cuando se justifica el empleo de la violencia para reparar la injusticia ^{| 25} .

Asímismo trata de eliminar o, por lo menos, suavizar el relato de cualquier alboroto contra las autoridades acaecido en el Nuevo Reino, y, especialmente, eludir alusiones al empleo de la violencia. Así lo hace con aquel motín que hubo en Santafé con ocasión de la tasación de tributos y del servicio personal de los indios, por el licenciado Villafañe ^{| 26} , cuando el pueblo atacó la sede de la Real Audiencia, amenazando al licenciado en una abierta rebelión. En esta ocasión se tachó la comparación de este motín con uno acaecido en la antigüedad.

En esta forma prevalece la tendencia que demostró López de Velasco al oponerse a la publicación de la "Historia del Perú" de Diego Hernández de Palencia, de velar para que el nombre de españoles cubiertos por una u otra razón de infamia no pasen a la posteridad, y que desaparezcan, en lo posible, rastros de las sublevaciones contra la legítima autoridad, que sucedieron con alguna frecuencia en América.

Un caso semejante es el del licenciado Juan de Montaño, oidor de la Real Audiencia, a quien se acusó de actividades subversivas e intento de substraer el Nuevo Reino del dominio de España. Toda una página fue arrancada y varias tachaduras se hicieron en el texto para que desapareciera completamente esta "rebelión" ^{| 27} .

Encontramos cortes y tachaduras con los cuales se quisieron suprimir los relatos de las crueldades cometidas por los españoles para con los indios durante la conquista y, en general, los detalles de esta desigual lucha ^{| 28} . El corte más importante es aquel del libro 10 por el que tres capítulos, el VII, VIII, IX, fueron completamente suprimidos, capítulos que trataban de detalles de una expedición a tierras pertenecientes actualmente al Departamento de Antioquia, en la República de Colombia, donde, según consta por otros documentos, los españoles se excedieron en cometer crueldades por el carácter indómito de los aborígenes.  Por fortuna, trozos de los capítulos VII y IX, aunque tachados, son aún legibles e ilustran el carácter de tales capítulos.

A todo lo largo de la obra hay tachaduras y enmiendas cuyo plausible objeto era el de suprimir las noticias sobre las crueldades cometidas y los detalles generales de la lucha contra los indios, supresiones aparentemente dictadas por el bien de la política interna española y, en cierto grado, la conservación del buen nombre español en el extranjero. Al mismo tiempo se tachaban las voces de los autores de la "Recopilación", voces también españolas, que criticaban acérrima y temerariamente tales procedimientos, clamaban por un ejemplar castigo, denunciaban con nombres propios a los que cometían crueldades, sin temer las posibles represalias de los arrogantes conquistadores (algunos todavía vivos al tiempo en que Medrano y Aguado escribían su "Historia") y sus inquietos y orgullosos descendientes. Se tacharon las temerarias frases con que se exigía la suspensión de las encomiendas de los conquistadores de Mérida, las críticas que Aguado hace a los visitadores demasiado condescendientes y las penas que imponía la Real Audiencia, representante de la Corona, a los que cometían esas crueldades ^{| 29} .

A la censura se deben también los cortes esenciales que se observan en aquellas partes del manuscrito que tratan acerca de la historia eclesiástica ^{| 30} . Tal actuación sorprende a quienes desconocen la turbulenta historia de los orígenes de la Iglesia en el Nuevo Reino, el antagonismo que reinaba entre los poderes eclesiástico y civil, entre el clero secular y regular y aun entre frailes de la misma orden. De estos desasosiegos hablan muchos documentos históricos, aunque los callan más o menos completa­mente las historias oficiales. El deseo de no revelar estas luchas en los albores de la Iglesia del Nuevo Reino explica la supresión efectuada por quienes velaban de que la historia de América y de la Conquista se escribiese en una forma que diese la impresión de que los hechos sucedieron en forma más apacible de lo que fueron en realidad.

También se explica la omisión de mencionar los nombres de los frailes y clérigos que tomaron parte en juntas convocadas por la Real Audiencia o en cabildos abiertos en que se discutían problemas atañentes a la población indígena, si tomamos en cuenta que al tiempo en que se censuraba la "Recopilación Historial" se introducían las nuevas leyes del Patronazgo Real sobre la Iglesia en América, leyes que a pesar de la larga y tenaz oposición de los poderes eclesiásticos, quitaron a la competencia de la Iglesia en América asuntos que tradicionalmente les estaban encomendados, especialmente los relacionados con la tributación, servicio personal de los indios, etc. A la misma tendencia obedeció el tachar aquellas partes del manuscrito que referían las intervenciones de los frailes de Santo Domingo en la elaboración de las leyes referentes a la esclavización de los indios.

Por otra parte, es indudable que las páginas donde se trataba la historia eclesiástica, escritas por un fraile que se trasladó a España para luchar por los fueros de la Iglesia amenazada por la expansión de la potestad civil, no sólo contenían frases de elogio a la obra eclesiástica, sino también acres acusaciones contra las autoridades civiles, así como sucede generalmente en cartas de eclesiásticos escritas en aquella época. Esta circunstancia, más el deseo de ver reducida la importancia del papel que jugó la Iglesia en la época de la Conquista, lo cual pudo obedecer a la línea política de Felipe II de realzar la intervención de la potestad civil, fueron probablemente las principales causas de la supresión. En esta forma, la censura oficial privó a la ciencia histórica de datos recogidos de primera mano, sobre todo lo que se refiere a los principios mismos de la Iglesia en el Nuevo Reino de Granada, un hecho que todos los investigadores no dejarán de lamentar.

La supresión de cinco capítulos del libro 4º, donde la "Recopilación" se extendía sobre las fundaciones de las ciudades de Santafé, Tunja y Vélez, se debe también exclusivamente a la intervención de la censura oficial. Por no conocer el contenido de estos cinco capítulos sólo son posibles conjeturas más o menos vagas sobre las causas de tal supresión. ¿Sería la agitada historia de los primeros años de la Conquista la que hizo aconsejable a los ojos de la censura tal corte? ¿Sería la causa los desmanes de los conquistadores contra indios y autoridades reales y los desaciertos de los jueces de residencia enviados sucesivamente? ¿Habrían sido suprimidos estos cinco capítulos para quitar una prueba palpable de los servicios que hicieron al Rey los conquistadores, cuyos descendientes orgullosos, inquietos y exigentes, demandaban con insistencia por aquella época, precisamente, nuevas y crecidas mercedes al Rey en largos y arrogantes alegatos ante el Consejo? Personalmente creemos que fue esta última la causa principal de la supresión; pero, sea cual ella fuere, la lamentable consecuencia está a la vista, ya que justamente estas fundaciones están aún hoy rodeadas de incógnitas.

El corte más sensible para la ciencia antropológica americana es la supresión de todo un libro, el 5º, donde en 28 capítulos y 170 páginas se trataba no solamente de las creencias y artes belicosas de los Muisca sino todo lo referente a su vida económica, social y familiar, supresión que nunca podrá lamentarse suficientemente, por tratarse de datos recogidos de primera mano, casi a raíz de la conquista y sobre una tribu que desempeñó papel preponderante en el mestizaje del actual pueblo colombiano.

No sabremos decir, ya que el texto del libro es desconocido, a qué circunstancias especiales se debe tan dolorosa supresión. Es posible que ésta se debiera a la descripción de la notable organización social de los Muisca, con sus leyes hereditarias bien definidas y la centralización del poder político en cabeza de dos "reyes", el Zipa de Bogotá y el Zaque de Tunja, pruebas palpables -ante los mismos españoles- de que no se trataba de una tribu "salvaje" que podría justificar a los ojos de terceros la encomienda y las severas medidas adoptadas, sino de una nación bien organizada, con propias tradiciones culturales y cierta civilización. Tal organización social podría despertar dudas en algunos teólogos y juristas, aun españoles, sobre la legitimidad con que el Rey de Castilla se había apoderado simple y llanamente del señorío de aquel territorio, reemplazando los "señores naturales" por sus gobernadores. Hacia esta misma época Felipe II trataba de legalizar su dominio sobre otras partes de América, esforzándose por obtener la cesión legal de los derechos que podrían reclamar los descendientes de Atahualpa y Montezuma, procedimiento que no podía seguirse con respecto a los herederos de los últimos zipa y zaque, por haberse extinguido las dinastías durante la Conquista.

En general, la época no era propicia para que apareciera publicado un extenso tratado sobre indios. La obra evangelizadora iba a pasos lentos, y podía aparecer poco aconsejable permitir la publicación de una obra donde se escribían detalladamente las "herejías" que se quería combatir y costumbres y creencias todavía muy arraigadas en la población aborigen. La Real Cédula de 22 de abril de 1577, dirigida al virrey de Nueva España, en que se le ordena enviar las obras de fray Bernardino de Sahagún, "sin que de ellas quede original ni traslado alguno", para que se vean en el Consejo; la declaración "que no conviene que este libro se imprima ni ande de ninguna manera en esas partes, por algunas causas de consideración"; y el final de la Cédula, cuya parte dispositiva reza: "Y estáis advertido de no consentir que por ninguna manera, persona alguna escriba cosas que toquen a supersticiones y manera de vivir que estos indios tenían, en ninguna lengua, porque así conviene al servicio de Dios, Nuestro Señor, y nuestro" ^{| 31} , explica el ambiente que reinaba en la Corte con referencia a libros sobre indios.

Todas estas circunstancias, más la tendencia general que regía en la segunda mitad del siglo XVI, de tender un velo sobre la realidad americana, produjeron un ambiente adverso a la inclusión en un manuscrito que iba a ser publicado en una "historia pública y aprobada por Vuestra Alteza", como decía Juan López de Velasco, de apartes que trataban de la historia indígena.
 

Es difícil, dado el embrollo que presentan las enmiendas y correcciones que se observan a lo largo del manuscrito, descubrir con exactitud el camino que recorrió el mismo desde su principio, como obra de fray Antonio Medrano, hasta recibir su forma definitiva, aprobada por los Consejos del Rey.

Es indudable que Aguado intervino en la redacción antes de presentar la obra a la consideración del Consejo de Indias. Hemos constatado que tres de los diez y siete libros de la primera parte (libros 6º, 7º y 8º de la numeración antigua) fueron por él reelaborados con anterioridad. Se trataba de los libros sobre Tocaima, Pamplona e Ibagué, territorios inmediatos a Santafé y conocidos indudablemente por Aguado de propia experiencia. Del texto mismo del manuscrito se desprende que uno de ellos (Tocaima, territorio Panche) fue por él visitado.

Su intervención está patente a lo largo de la obra al explicar, en notas marginales, algunos americanismos o en correcciones a nombres indígenas, sea enmendándolos en el texto, sea repitiéndolos al margen. Asimismo debemos considerar como hechas de su mano todas aquellas correcciones y explicaciones que completan el texto original, como por ejemplo, las indicaciones sobre el lugar de nacimiento de algunos oidores, etc. Es decir, Aguado es el autor de todas las enmiendas que exigían conocimiento de las condiciones locales.

A ello tenemos que añadir aquellos cambios que introdujo de acuerdo con su condición de fraile "reformado", alabando los acuerdos e intervenciones de las autoridades contra los desmanes de los encomenderos. De su pluma son, sin duda, algunas divagaciones en torno a la "justicia" de la guerra, la esclavitud indígena, encomienda, etc. Probablemente también se debe a él el profuso empleo de comparaciones con sucesos acaecidos en la Antigüedad, cuando cita héroes e historiadores de tiempos pasados.

La obra de Medrano, enmendada y en parte nuevamente redactada por Aguado, fue presentada, entonces, al Consejo de Indias. La primera intervención visible es la supresión de los dos primeros capítulos del libro 1º, que trata del origen de los indios y descubrimiento de América, y de los tres capítulos del libro 11 (10 moderno), sobre las crueldades cometidas por Beltrán. Indudablemente en esta ocasión se suprimieron, tacharon o recortaron otras alusiones sobre excesos llevados a cabo por los conquistadores, y se tacharon todas las palabras como "conquistar", "guerra", etc., reemplazándolas por "pacificar", "allanar", etc. Se tacharon los renglones que trataban de detalles de guerras con indios, de rebeliones contra las autoridades establecidas, entrando así el manuscrito en una segunda etapa.

Todas estas correcciones podemos considerarlas como hechas en el Consejo de Indias, pues corresponden a la política censorial que hemos constatado.

Considerando los cambios introducidos como definitivos, Aguado confecciona la tabla-índice que añade al manuscrito. Es fácil observar que en esta tabla faltan los 5 capítulos que fueron suprimidos. Copia o hace copiar, además, los primeros tres libros y los dos capítulos del libro cuarto de la primera parte, por haber quedado, sin duda, un tanto confusos, bien por las supresiones y tachaduras hechas por la censura, bien por las enmiendas que había hecho el propio Aguado, tratándose en estos libros del territorio conocido ampliamente por él. Esto explica por qué estas partes del manuscrito no llevan sino la rúbrica del secretario del Consejo de Castilla, Zapata del Mármol, quien, sin duda, antes de rubricarlas, las cotejó con los originales censurados. Después comienza Aguado la nueva foliación (la amarillenta) y añade los prólogos y la dedicatoria.

El manuscrito entra en su tercera etapa. La censura del Consejo (¿será el licenciado Hinojosa?) suprime los cinco capítulos del libro 4º, que tratan de las fundaciones de las ciudades de Santafé, Tunja y Vélez, y todo el libro 5º, que trata de los Muisca. Igualmente son tachados ahora, probablemente, los elogios hechos a Jiménez de Quesada, Hernán Pérez y otros conquistadores, como también muchos detalles y observaciones antropológicas que encajan dentro de este criterio. Se observa que la "tabla" (índice), por ser escrita anteriormente a estas supresiones, contenía tanto los capítulos suprimidos en el libro 4º como los del libro 5º, los cuales fueron cortados de acuerdo con los cortes hechos al manuscrito mismo.

Con esto concluyen las vicisitudes que sufrió el manuscrito durante la permanencia de Aguado en España. Los originales rubricados quedan en poder de un impresor.

La última y más reciente etapa se patentiza en la nueva foliación, que hemos llamado "moderna", y que corre a lo largo de todos los folios del manuscrito, incluyendo las hojas en blanco. A esta redacción final pertenecen, probablemente, los arreglos gramaticales para modernizar el texto, hojas o renglones repasados con tinta negra cuando la escritura del original estaba desvanecida, la resolución de algunas contracciones y la substitución de letras antiguas de difícil lectura por sus correspondientes modernas. Faltan documentos para identificar quiénes fueron los autores de estas correcciones.