En enero de 1835 llegué a Bogotá y allí permanecí descansando hasta pocos días después, en que el gobierno, revocando la licencia temporal, me nombró para seguir a Pasto como segundo del general José María Obando, que se hallaba en aquella provincia con una columna, a consecuencia de nuevas revueltas ocurridas en el Ecuador y de algunas demostraciones que había hecho aquel gobierno para que los tratados de límites entre esa república y la Nueva Granada no fuesen observados en su puntual texto, que interpretaba de una manera perjudicial para esta última nación.

A mi llegada a Popayán, de tránsito para Pasto, me detuve en aquella ciudad por tres razones: primera, porque se habían notado en esa provincia síntomas de disgusto a causa del restablecimiento del estanco de aguardientes, monopolizado por el gobierno; segunda, porque yo no tenía funciones positivas que desempeñar en Pasto; y tercera, porque el nombramiento de segundo no estaba determinado por ninguna ley vigente, a más de que las circunstancias en que se hallaba entonces el Ecuador no exigían mi presencia en aquella ciudad.

El 24 de junio del mismo año de 1835 se me nombró comandante en jefe de la segunda columna situada en Pasto, en relevo del general José María Obando, y habiendo llegado a mi destino muy luego, allí permanecí hasta fines de diciembre en que el gobierno me ordenó regresar a Popayán con dicha columna, en razón de haber cesado los motivos que hacían temer algo por parte del Ecuador. Al mismo tiempo se me nombró jefe militar de la provincia de Popayán, en cuyo destino permanecí poco tiempo por haber sido llamado nuevamente a Bogotá.

Durante esta residencia en Popayán no me ocurrió otra cosa digna de notarse sino una competencia que sostuve con el Tribunal de Apelaciones del Cauca. El juez civil se había denegado conocer de la causa de un simple particular acusado de atropellamiento de centinela; la autoridad militar, que yo ejercía, sostuvo que la causa no era de la incumbencia del fuero de guerra desde que las leyes habían dispuesto expresa y terminantemente que "sólo los militares en servicio activo, y en delitos puramente militares, podían ser juzgados por los tribunales del fuero de guerra y conforme a las ordenanzas del ejército", y que no siendo militar el que había atropellado al centinela, no era de su incumbencia el juzgamiento del acusado, cuyas razones apoyó mi autoridad con muy sólidas razones y argumentos de buena lógica. El tribunal a quien tocaba decidir la competencia declaró ligeramente que "el acusado debía ser juzgado por los tribunales militares, porque, conforme a ordenanza, el delito de atropellamiento de centinela era de desafuero". Como, según la ley, no me tocaba ya sino sujetarme a la resolución de ese tribunal, por injusta, infundada y violenta que ella fuese, como en efecto lo era, consulté al mismo tribunal: "¿Por cuál de los dos únicos consejos de guerra establecidos por las leyes para los juicios de primera instancia debía ser juzgado el paisano, o sea simple granadino: si por el consejo de guerra ordinario establecido solamente para juzgar a los individuos del ejército, desde soldado hasta sargento, inclusive, o por el de oficiales generales en servicio activo, desde alférez hasta el mas alto grado de la milicia, pues el paisano acusado no era de ninguna de esas categorías?" El Tribunal, estrechado por la dificultad que le presentaba mi duda, evadió sutilmente la cuestión, resolviendo que "yo debía consultarme con el auditor de guerra en semejantes casos". Así lo hice, y el auditor me aconsejó que "tocaba al Consejo de guerra ordinario el juzgamiento del paisano, pues que no siendo éste un oficial, debía reputársele soldado". Argumento peregrino, pues podía redargüirse de esta manera: "no siendo el acusado un soldado, debe reputársele oficial", pero no quedándome ya un arbitrio, y a juzgar de las dificultades insuperables que presentaba el modo de proceder para el nombramiento de fiscal, escribano, etc., tuve que conformarme con dictámenes tan absurdos y sacrificar, contra mis principios y mi conciencia, una de las garantías más preciosas de nuestras instituciones, a saber: "que la autoridad militar no afectará nunca sino a las personas en actual servicio militar y por delitos puramente militares". Sin embargo, mi responsabilidad estaba del todo salvada, y para que el atentado a que me arrastraba, por decirlo así, el Tribunal a quien la ley había dado el deber de resolver la competencia, no se consumara, procuré, con fórmulas dilatorias, entorpecer la secuela del juicio, siempre esperando que esos ministros recibieran una inspiración y volvieran sobre sus pasos, cuya expectativa fue inútil.

Como me quedaba el recurso de exigir la responsabilidad de los magistrados que habían decidido la competencia, ocurrí a la Cámara de Representantes con la queja correspondiente, apoyada en los documentos que se habían versado en el particular. Esta Cámara aplaudió mi comportamiento y resolvió que "habiendo lugar a la acusación, se formulase ésta por la misma Cámara ante la del Senado, según la Constitución. Tal deliberación fue dada por el voto unánime de los representantes, pues aunque uno se manifestó negativo, expresó que no lo estaba en el fondo de la cuestión, pero que no habiendo una ley preexistente que determinase el modo de proceder en estos juicios, el Senado no podría adelantar el procedimiento, y, por consiguiente la acusación quedaría sin efecto". Ella fue introducida al Senado, y en su siguiente sesión declaró este cuerpo que "no había cargo que hacer a los magistrados del Tribunal del Cauca". A mi modo de ver, esta resolución fue también ligera e injusta, pero me quedó la satisfacción de haber dado una nueva prueba de mi respeto al código constitucional, de mi decisión por sostener las prerrogativas sociales y de mi consagración a los principios republicanos, que se oponen a los fueros privilegiados y al juicio por tribunales especiales. ¿Qué habría sido de mí y de mi reputación si yo hubiese sostenido la competencia en el sentido contrario; es decir, que un simple granadino debía ser juzgado, en el caso en cuestión, por los tribunales militares? Júzguelo cualquier hombre de buen sentido.

La Cámara de Representantes decretó que se me diese un ejemplar de la Constitución en prueba de la aceptación de mi conducta, cuyo presente me fue entregado por el presidente, doctor Juan Clímaco Ordóñez, y lo recibí y conservo como mi más preciosa propiedad.

Llegado a la capital el 10 de abril de 1836, adonde había sido llamado por el gobierno, se me nombró otra vez secretario de Estado del despacho de Guerra y Marina a consecuencia de renuncia del general Antonio Obando, que tenía ese empleo. Yo me excusé a su aceptación y se me nombró jefe militar de la provincia de Bogotá y comandante en jefe de la primera columna del ejército.

En aquel año fui propuesto para gobernador de las provincias de Bogotá y Neiva por las respectivas Cámaras de Provincia, y el gobierno me nombró para la primera en 7 de octubre del mismo año, pero no me posesioné inmediatamente del destino a causa de haber obtenido una licencia de dos meses para pasar a Popayán. Una gran parte de los habitantes notables de Bogotá me dirigieron una carta en que me manifestaban la confianza que yo les inspiraba, rogándome que aceptase la gobernación. No contentos con esto nombraron una numerosa comisión para que me presentase sus votos a nombre de toda la provincia, y particularmente me interesaron a que no me excusase. Yo les prometí que aceptaría el destino y lo desempeñaría, no por todo el período constitucional de cuatro años sino por algunos meses, para darles prueba de mi gratitud y procurar corresponder al honor que me habían hecho y a la confianza que en mí habían depositado, pues que a más de mi cansancio en la vida pública estaba resuelto a verificar mi proyecto de viajar a Europa luego que el estado del país me lo permitiese.