Después de esto se me comisionó a crear y organizar las milicias en todos los cantones del Valle del Cauca, destino verdaderamente odioso para mí; pero no pudiendo excusarme, marché a cumplir mis deberes, dirigiendo, entre tanto, otra sentida representación al poder ejecutivo, en la cual pedía de nuevo mi retiro en virtud de habérseme revocado mi pase al Perú, pero esta solicitud fue negada como las anteriores, y en tal virtud me resigné a sufrir los golpes de la suerte en una carrera que jamás me ha lisonjeado en tiempo de paz, y mucho menos en aquellas circunstancias en que, por razón de mi inferior grado, estaba subordinado a muchos jefes que, lo digo con orgullo, no tenían títulos bien adquiridos para mandarme, y temía con sobrada razón un ultraje que concluyera por un lance trágico o por un juicio en que, siendo yo el más débil en orden o categorías, no había de poder triunfar la razón. Habiendo terminado mi comisión de milicias, se me encargó otra vez del Estado Mayor del Cauca, a fines de 1824.

A principios de 1825 vinieron a realizarse mis temores. Una noche en que se daba una fiesta de volatines en Popayán, salí de mi casa acompañado de mi mujer, y antes de llegar a la función me encontré con muchas gentes que regresaban vituperando la conducta de los soldados que se habían puesto de guardia en dicha casa. Algunos me informaron brevemente de los hechos, y me encarecieron fuese pronto a contener los desórdenes de la guardia. Yo apuré los pasos y a una distancia de quince varas de la puerta de la casa de la función vi que un soldado repartía culatazos discrecionalmente, y, dejando a mi mujer, me precipité sobre él, a tiempo que ultrajaba de palabras y amenazaba con su arma a varias personas, entre las cuales reconocí a mi abuela materna. En el acto me arrojé sobre el soldado, lo desarmé violentamente y lo puse preso en el cuerpo de guardia, habiendo de este modo contenido desorden. Luego que entré a la casa se dirigió a mi el coronel Ortega, y en voz alta me dijo: "¿Cómo es que usted ha atropellado un centinela? Vaya usted arrestado a su casa". "¡Mi coronel!, le contesté, antes de intimarme el arresto pudiera oírme, o al menos debiera intimármelo de otro modo en consideración a la gran concurrencia de gentes en este lugar". Entonces, acercándose Ortega a mi oído, me dijo en secreto: "Pase usted arrestado a su casa". Al instante cumplí la orden, a pesar de la injusticia con que se me daba semejante reprensión, y del bochorno que ella me causaba por la publicidad del lugar y el modo como se me intimó el arresto la primera vez.

Ofendido hasta el extremo con la conducta de Ortega, le dirigí inmediatamente un billete concebido en los términos siguientes o semejantes: "Que por varios actos estaba yo persuadido de su malevolencia, que ya me era insoportable, que si yo le había irrogado algún agravio no era ese el modo de vengarlo, prevaliéndose de la autoridad y que le pedía como caballero una satisfacción más digna de un militar". La respuesta fue haberme hecho intimar pasase preso al cuartel de Santo Domingo, habiendo ordenado que se me juzgase por los delitos de atropellamiento de centinela y desafío al comandante general, a cuyo fin denunció el billete con el cual se formó la cabeza del proceso.

Instruido éste en el término de dos meses y no habiendo en Popayán los oficiales generales suficientes para el Consejo de Guerra, se me ordenó seguir a Bogotá, y al rendir mi primera jornada recibí una orden del comandante general, que lo era entonces interinamente el teniente coronel Basilio Palacios Urquijo, en que me prevenía regresase a Popayán, en virtud de estar amenazada nuevamente la provincia por los facciosos de Pasto, Berruecos y La Cruz. Regresé, pues, a pesar de mi carácter de reo, a servir en cuanto fuera compatible con mi interdicción militar, y luego que cesaron los temores se me intimó otra vez seguir a Bogotá, permitiéndome hacerlo bajo mi palabra de honor, es decir, sin escolta alguna.

En Popayán había sido mi fiscal el sargento mayor Muñoz, hombre tan ignorante como imbécil. En su vista pedía no sólo mi muerte impuesta por la ordenanza, sino todo el rigor de la pragmática de duelos, conviene a saber: infamia para mi y mis descendientes y confiscación de bienes, sin advertir que la infamia no podía ser trascendental a los descendientes y que la pena de confiscación de bienes también estaba abolida por nuestro código político. En Bogotá se encargó la fiscalía de mí causa al sargento mayor José Arce, hoy coronel de la república, sujeto racional y muy versado en estos asuntos, como que es también abogado. Yo debo tributarle mi reconocimiento por su rectitud y por los buenos modales que usó para conmigo.

No sólo no coincidió Arce en su conclusión fiscal con el mayor Muñoz sino que pidió se me declarase inocente de los cargos que se me hacían y se me pusiese en libertad. Mucha esperanza tenía yo de que este dictamen sería adoptado por el Consejo de Guerra, y así habría sucedido probablemente si algunos incidentes no hubieran, por desgracia, prevenido el ánimo de los vocales en contra mía.

Cuando ante el Consejo daba lectura a mi defensa, pues me defendí por mí mismo, viendo que algunos vocales se distraían conversando entre sí, les supliqué "prestasen su atención a mi referida defensa en virtud de que en aquel acto se iba a decidir de mi honor y de mi vida". A poco tiempo de haber continuado la lectura noté la misma distracción, y, en consecuencia, volví a rogar se me oyese, y como para hacer esta segunda súplica me revestí de la energía y dignidad que eran necesarias, en medio de ella produje involuntariamente una palabra indecorosa, que siendo muy familiar a los militares, no la expreso por decencia. Todos los vocales, menos el general D'Even, presidente, y el coronel Maza, se levantaron pidiendo al presidente que se me abriese un nuevo juicio por mi falta de respeto. No me valió protestarles que esa expresión se me había deslizado sin pensarlo. Se me hizo despejar la sala y se me entregó a la guardia, mientras el Consejo deliberaba lo que debiera hacerse. El buen general D'Even, que era mi amigo, y el coronel Maza, que también lo era, lograron persuadir a los otros vocales a que no hiciesen novedad de lo sucedido, y éstos accedieron a condición que yo les satisficiese plenamente. Se me volvió a hacer entrar en la sala y el presidente me manifestó la intención del Consejo, pidiéndome declarase implícitamente que yo no había tenido ánimo de ofender con mi expresión ni al cuerpo en general, ni a ninguno de sus miembros en particular. Yo así lo protesté, y, sin embargo, el teniente coronel Elizalde, uno de los miembros, me dijo con un tono despótico: "¿Ignora usted el peso de la palabra que ha pronunciado en este respetable lugar? ¿Ignora usted acaso que los jueces que aquí estamos somos árbitros actualmente de su vida y de su honor?" Yo contesté con una voz firme: "Conozco el peso de la palabra que he pronunciado, y sobre cuya falta involuntaria imploro la indulgencia de los jueces, mas no reconozco en ellos los árbitros de mi honor y vida: usted y sus colegas tienen el derecho de quejarse por la falta de respeto, si la satisfacción que se me ha exigido y que he dado no fuese suficiente para lavar la mancha; pero si, al contrario, el Consejo se cree satisfecho, debe olvidarse esa desagradable ocurrencia. No reconozco en los vocales del Consejo los árbitros de mi honor y vida, porque ellos están obligados a fallar conforme a su honor y conciencia, en vista de lo alegado y probado, y no en razón de loa incidentes que puedan sobrevenir durante el juicio; no reconozco, por último, en usted y demás vocales los árbitros de mi honor y vida, porque aun cuando su fallo me condenara a la pérdida de estas preciosas propiedades, aun hay otro tribunal superior, la Alta Corte Marcial, a quien las leyes someten la aprobación de la sentencia de primera instancia antes de ejecutarse, en el caso que el fallo del Consejo imponga una pena de tal naturaleza". El presidente del Consejo declaró terminada la cuestión sobre mi falta de respeto y ordenó continuase la defensa. Visto era que, con este acontecimiento, yo había engendrado en el ánimo de mis jueces cierta prevención desventajosa: a ella probablemente debo el haber sido condenado a un año de suspensión de empleo, calificando mis expresiones al comandante general del Cauca como irrespetuosas.

Llevada la causa a la Alta Corte Marcial, en donde me defendí también personalmente, se reformó la sentencia del Consejo de Guerra, condenándome a 8 meses de suspensión, por cinco votos contra cuatro que me declararon inocente. En aquella sentencia se declaró: que el coronel José María Ortega, comandante general del Cauca, era culpable de detención arbitraria, pero que no se le debía juzgar porque no se había determinado la pena correspondiente a este delito por una ley preexistente.

En virtud de esta condenación, hecha en 14 de septiembre de 1825, regresé a Popayán, y habiendo exopirado el término de mi suspensión se me ordenó nuevamente encargarme del Estado Mayor del Cauca el 14 de mayo de 1826, siendo comandante general de aquel departamento el general Mires. En 17 del mismo mes me encargué interinamente de la comandancia general del Cauca por nombramiento del gobierno. En 11 de agosto del propio año de 1826 se me ascendió a teniente coronel efectivo, y en la misma fecha se me nombró segundo ayudante general del Estado Mayor General de Colombia.