El Arzobispo don fray Juan de los Barrios, residente en la ciudad de Santafé de Bogotá, como Obispo de Santa Marta y Nuevo Reino de Granada, por el año de 1564, en 21 de octubre otorgó donación intervivos de las casas de su morada, a ¡espaldas de la iglesia Catedral, para que se hiciese hospital en que se curasen pobres enfermos, reteniendo su habitación. mientras estuviese en esta ciudad, y nombró por patronos a sus sucesores y al Deán y Cabildo, estando a ello presentes el Presidente y Oidores doctor Andrés Díaz Venero de Leiva, licenciados Diego de Angulo Castejón y Diego de Villafañe y el Deán don Francisco Adame, Chantre don Gonzalo Mejía y Canónigo Alonso Ruiz. La escritura pasó ante tres escribanos, Diego de Suárez, Hernando Arias y Lope de Rioja. Y en 22 del mismo mes y año, en concurrencia del Presidente y Oidores, el Deán por sí y los demás de su Cabildo, tomó posesión y se le dio ante Hernando Arias. En el testamento que otorgó el Obispo lo dejó reforzado cerca de su muerte, que fue en 12 de enero de 1569, con estas casas y las medias anatas de encomiendas de indios (que es la renta de los seis meses primeros) que el Rey, por capítulo de carta de 29 de julio de ti 1556, mandó introducir en el Nuevo Reino de Granada para que se hiciese hospital en la ciudad, su cabeza, se fundó en ella, ayudando la porción de diezmos y tres mil pesos que resultaron debérsele de alcance de cuentas que feneció el Oidor Francisco de Auncibay y se compraron tiendas para renta, corriendo por patronazgo real y por administradores. Pretendieron los religiosos de San Juan de Dios se les encargase, sin conseguirlo por denegárseles, y en especial por Real Cédula de 17 de junio de 1629, hasta que en 8 de octubre de 1634 el Deán y Cabildo, en sede vacante, escribió carta al 61 Prelado de esta religión del hospital de Cartagena para que viniese a recibir el de Santafé fray Diego de Medina, y en su conformidad envió fray Francisco Martínez (Comisario de la provincia de San Bernardo de Tierra Firme y La Habana, por nombramiento de fray Juan Pobre, comisario de la orden de San Juan de Dios, que lo había nombrado fray Hernando de Montaos, General de ella en España y Indias y Prior del hospital de Antón Martín de Dios, en Madrid, por patente dada en aquella villa en 4 de febrero de 1633) a fray Gaspar Montero, sacerdote nombrado por fundador del hospital de Santafé y de los demás de su Arzobispado por patente, su fecha en Cartagena a 7 de mayo de 1635, con otros tres hermanos religiosos. Y por auto de 20 de julio del mesmo año el Cabildo Eclesiástico los recibió y mandó que se les entregase el hospital y su administración. Y por otro de 21 de agosto del Marqués de Sofraga, Presidente Gobernador, lo concedió por el patronazgo real en conformidad del auto proveído en razón de estas entregas por el Supremo Consejo de Indias. Y en 30 de mayo de 1636 se hizo nombramiento de Capellán en el bachiller José de Gaviria, clérigo, que lo había sido antes, dándole estipendio de cien patacones al año; y después por tener religioso sacerdote se ha excusado que le haya clérigo; y así ha corrido la religión administrando, que por algunas controversias se le intentó quitar. Y por Cédula Real de 18 de octubre de 1654 se suspendió lo mandado por otra antecedente para que fuesen removidos, restituyendo el hospital al gobierno antiguo, conque permanece en el de estos religiosos, y ya por convento, con permisión real, se dan hábitos en él. También administran los hospitales de la ciudad de Tunja, nombrado de La Concepción, de la Villa de Leiva, de la ciudad de Mariquita, el de la de Pamplona, el de Vélez y otros.