Con el Presidente Gobernador del Nuevo Reino de Granada doctor Antonio González pasaron de España a Indias el año de 1590 los padres Francisco de Vitoria y Antonio Linero, religiosos de la Compañía de Jesús, predicadores apostólicos, y un coadjutor, grande arquitecto, y poco después bajó del Perú el padre Antonio Martínez, respetando todos por superior al padre Francisco de Vitoria, y poniendo en plática fundar en esta tierra, no tuvo efecto, con que el padre Antonio Linero y el lego se volvieron a España, y al Perú el padre Antonio Martínez, y quedó el padre Francisco de Vitoria huésped en el hospital de la ciudad de Santafé.

Entró en esta ciudad por marzo del año de 1599 su Arzobispo don Bartolomé Lobo Guerrero de Inquisidor de México, y trajo en su compañía a Alonso de Medrano y Francisco de Figueroa, sacerdotes de la mesma religión, que suscitaron el asunto de fundar, ayudándolo el Arzobispo con cartas que envió con estos dos religiosos al padre general desta orden, y se consiguió su licencia para la fundación cometida al padre Martín de Funes, varón santo y gran letrado; y Su Majestad dio la suya en 30 de diciembre de 1602, que se presentó en esta Real Chancillería en 27 de septiembre de 1604, que decretó se usase de ella; con que siendo provincial el padre Diego de Torres Bollo se hizo la fundación por los padres Martín de Funes, natural de Valladolid, primer Rector; el padre Bernabé de Rojas, natural de Granada; el padre José Dadey, saboyano; el padre Juan Bautista Colluchini, su naturaleza Luca, y el hermano Diego Sánchez, lego, en la esquina afuera de la plaza mayor, en casas que habían sido del Secretario Juan de Alvis, y tenía en capellanía el convento de San Agustín, a quien se reconoció el censo, viviéndolas el Oidor Luis Enríquez, que se mudó a las contrapuestas que ahora son de don Diego Osorio, en la misma plaza.

El Arzobispo ayudó a la religión con quinientos pesos al año por su vida; el Cabildo Secular, con otra porción gravada de enseñar gramática. El Presidente Gobernador don Juan de Borja dio renta de una pensión en la encomienda de indios de Guatavita, y otras personas acudieron con limosnas y después fueron teniendo doctrinas de naturales y fundándose otros colegios, y los que tiene son:

El colegio de la ciudad de Santafé, que es el principal.
El noviciado en la misma ciudad, fundado en la parroquia de Las Nieves.
El colegio de la ciudad de Cartagena.
El de la ciudad de San Francisco de Quito.
El de la ciudad de Tunja, donde ha sido el noviciado, menos un intermedio que estuvo en Santafé, donde son los estudios, y permaneció poco volviéndolo a Tunja, en que se continúa, por no haber perficionádose la casa dedicada al ministerio en Santafé.
El colegio de la ciudad de Pamplona.
El de la ciudad de Mérida.
El de la ciudad de Panamá.
La casa de la ciudad de Popayán, principiada con nombre de hospicio.
El de Cuenca, de la misma forma.
El de la villa de Mompós.
El de la ciudad de Santo Domingo, de la isla Española, que está en los principios.
Los cuales hacen Provincia, y en ellos y seis doctrinas había doscientos y veinticinco religiosos el año de 1647.
Al principio corrieron las referidas fundaciones con la Provincia de Lima, y por la distancia grande se separó y ha tenido los provinciales propios y rectores del colegio de Santafé, que se siguen: