Ha referídose cómo el año de 1550 vinieron al Nuevo Reino de Granada a fundar las religiones de Santo Domingo y San Francisco por disposición y a costa del Rey, en cuya ejecución, habiendo llegado sus primeros religiosos a la ciudad de Santafé, hubo en su Cabildo diversidad de votos en recibirse ambas, por parecer que en la cortedad que entonces tenía la República bastaba una, y al fin fueron las dos admitidas, y fundaron la de Santo Domingo, en la plazuela que tiene nombre de San Francisco y antes le tuvo del Mercado, en la parte de arriba, que es al Oriente, donde son ahora las casas del Regidor José de Rojas, que fueron de su abuelo Pedro de Bolívar; y la religión de San Francisco más afuera, al Norte, en el barrio de Las Nieves. Y teniéndose por inconveniente que los dos conventos estuviesen a un lado de la ciudad, el Cabildo, por auto de 26 de agosto de 1550, lo innovó, pasando la religión de San Francisco al sitio que ahora tiene la de San Agustín.

El fundador dominicano fue fray Francisco de la Resurrección, en nombre de fray José de Robles, que se había quedado fundando en Cartagena, y de la de San Francisco el padre custodio fray Francisco de Victoria, que tuvo por sucesor a fray Jerónimo de San Miguel, siendo Ministro General de la orden fray Andrés de la Insula y dando nombre de San Juan Bautista a esta custodia; y en capítulo general celebrado en Valladolid, año de 1565, en que salió por Ministro General fray Alonso Puteo se erigió en Provincia, nombrándose Santafé del Nuevo Reino de Granada, y tiene la imagen de la fe por sello, y hizo su formal erección fray Esteban Asensio, celebrando el primer capítulo en el convento de la Purificación de la ciudad de Santafé, el cual bendijo el año de 1566 el Obispo don fray Juan de los Barrios. Mudóse el convento de Santo Domingo al comedio de la ciudad y su calle Mayor o Real, como comúnmente se llama, que es la de los Mercaderes, comprando las casas del Capitán Antón de Olal    la y otras que tenía el Factor Bartolomé González de la Peña, para que fueran de Audiencia, y se les remataron por el acuerdo de Real Hacienda.

El convento de San Francisco se pasó a la plazuela del Mercado, con que mudó el nombre en el del santo, hacia la parte de abajo, enfrente del sitio que habían tenido los dominicanos en las casas de Juan Muñoz de Collantes, que les compró don fray Juan de los Barrios. En esta plazuela hay desde que tuvo principio la ciudad, una ermita que nombran |El Humilladero, con un santo Crucifijo en medio de los ladrones, de cuerpos grandes. La religión de Santo Domingo estuvo sujeta a la Provincia de Lima, y desunida intituló ésta de San Antonino, y su convento de Santafé, que es la cabeza, de Nuestra Señora del Rosario; y el año de 1647 había en toda ella doscientos diez y seis religiosos en conventos y doctrina; y en la de San Francisco, en veintiséis conventos y cuarenta y nueve doctrinas, doscientos setenta y seis sujetos, y ambas religiones tienen los monasterios y casas que se siguen: