En la universidad, estableció enseñanza de Química, y Física, con laboratorios bien surtidos, de Mineralogía, de Medicina, de Botánica, con su respectivo jardín de aclimatación y algunas de esas materias a cargo de profesores extranjeros. En previsión de lo que pudiera traer el porvenir para el Estado, estableció la instrucción militar en todos los colegios y escuelas oficiales, y con estudiantes de la Universidad formó un cuadro para que se pusieran prácticos en el manejo del armamento moderno. Los miembros de ese cuadro fueron los Oficiales escogidos para servir en el Ejército antioqueño durante la guerra de 1876.

     En la "Universidad y en la Escuela de Artes y Oficios hicieron su carrera muchos jóvenes de Cundinamarca, Santander, Bolívar, Cauca y el Chocó, a pocos de ellos de notables familias liberales, como no había en Antioquia más línea de correos nacionales que la directa de Bogotá, estableció servicio semanal para todos los Municipios.

     Al terminar el segundo período de mando, algún partidario del doctor Berrío propuso en la Asamblea la reforma de la Constitución para que pudiera ser reelegido nuevamente, y fue tal la indignación que esto le produjo y tal la represión que hizo al indiscreto amigo, que éste tuvo que salir humillado a hacer retirar o negar su proposición.

     A pesar de que iba a dejar el poder, era tanto su prestigio, que la Asamblea de 1873 lo eligió primer sustituto del Presidente don Racaredo de Villa, por veinticuatro votos entre veintiséis. Hasta los vencidos del año de 1864 reconocieron los méritos del eximio gobernante, y casi olvidaron su derrote en vista de lo que hizo por el progreso y bienestar del Estado.

     Terminó su período el 7 de agosto de aquel año, e inmediatamente fue nombrado Rector de la Universidad; pero se retiró pronto del puesto y de las regencias de las cátedras de Economía Política y de Derecho deGentes, para volver a la vida privada en Santa Rosa, También se le  nombró Gerente del Banco de Antioquia, fundado por influencia suyas, y no aceptó, porque sólo aspiraba a la dulce paz del hogar; y no alcanzó  esto, pues a poco de regresar a la ciudad natal murió su virtuosísima esposa, doña Estefanía Díaz, y este terrible golpe lo afectó tan hondamente, que desde entonces se le desarrolló la enfermedad del corazón que le causó la muerte.

     Viéndose muy grave se trasladó a Medellín en busca de clima más saludable a su mal y de recursos médicos, y el 14 de febrero de 1875, rodeado de amigos y admiradores, entregó su rectísima alma al ser Supremo.

     Cuando se encargó de la Presidencia tenía un capital saneado de unos $ 14,000, que entonces le manejaba su socio en la abogacía, don Alejandro Botero Uribe, y como descuidó los negocios particulares para preocuparse sólo de los generales de sus gobernados, y como fue generoso y desprendido protector de cuantos ocurrían a él, al morir estaba en tal  pobreza, que su cuñado don José María Díaz y su amigo el Ilustrísimo señor Obispo González tuvieron que hacerse cargo de los hijos que dejó. ¡Qué nobilísimo ejemplo de honradez y de desprendimiento, dio el ilustre  Berrío, y qué poco imitado ha sido y en por funcionarios de todas las Categorías.!

      El día antes de morir llegó el General Macano Cárdenas de población lejana, donde recibió noticia de la gravedad de en antiguo Jefe. Al sentirlo entrar a caballo a la casa me preguntó el doctor Berrío quién  era, y cuando le di el nombre, me dijo.

     "Es uno de los Jefes de más esperanza para el Estado. Después de que yo muera habrá guerra, y entonces servirá mucho a la causa."

     El funesto vaticinio sobre la guerra se cumplió tres años más tarde, y poco después murió el valerosa General Cárdenas. En vida del ilustre Barrio no habría ,ocurrido la guerra de 1876, o de haber estallado, el resultado de ella habría sido muy diferente de lo que fue, porque su prestigio y tino habrían sido decisivos en uno u  otro sentido;  pero desgraciadamente lo sucedió en el poder persona que carecía da prestigio necesario y que era más hábil para los negocios comerciales que para los políticos.

     El Ilustrísimo señor Obispo Valerio Antonio Jiménez, como Vicario Capitular encargado de la Diócesis, dictó decreto en que honra la memoria del doctor Berrío, por haber sido sincero. católico y por los  servicios que prestó a la Iglesia.

    La Gobernación, la Asamblea, los Concejos Municipales, etc., dictaron leyes, decretos y acuerdos en el mismo sentido. Aun las Cámaras legislativa Nacionales aprobaron, por unanimidad de votos, sendas proposiciones de sentimiento por la pérdida que hizo el país.

    La prensa de Bogotá, aun la de enemigos políticos, habló con grande elogio del ilustre antioqueño, porque, como entonces dijo el doctor Manuel  María Madiedo:

     "El doctor Berrío antes que hombre de cualquiera esencia era honrado, y antes que todo, buen ciudadano. Nada tenía que temer de él el hombre de bien, pero el malo temblaba ante su solo nombre."

    Las exequias se celebraron en la Medra de Medellín con una concurrencia extraordinariamente numerosa, en que estaban representadas todas las clases sociales, y hombres y mujeres manifestaban su dolor con lágrimas no contenidas. El Canónigo doctor José María Gómez Ángel pronunció la oración fúnebre, y en ella dijo, con toda razón :

     "El doctor Pedro Justo Berrío, el padre da Antioquia, su baluarte y su gloria, el decidido protector y defensor de la Religión y de la Moral, ha muerto."

     En brazos de las más nobles damas de la ciudad fue conducido a la tumba. 

    Los restos del doctor Berrío fueron exhumados el 15 de febrero de 1886, por disposición del Jefe Civil y Militar del Estado, General Marceliano Vélez, y se colocaron en un monumento especial mandado construir en el cementerio de San Pedro, en Medellín. El acto fue concurridísimo y con apropiadas y solemnes funciones religiosas.

    La Asamblea de Antioquia, en sus sesiones de 1890, por la Ordenanza número 26, de 4 de agosto, mandó erigir una estatua pedestre, de bronce, del gran gobernante, en la plaza principal de Medellín, y que ésta se llamara en adelante Plaza de Berrín, y apropió la partida de veinte mil pesos para la obra. La Gobernación comisionó a don Emiliano Isaza, Secretario y la sazón de la Legación de Colombia ante el Vaticano, y que fue uno de los discípulos a quienes más distinguió el doctor Barrí, para contratar la estatua, la cual fue esculpida por el Profesor Juan Anderlini, discípulo de Tenerani; y el día 29 de junio de 1895 fue erigida con regias solemnidades oficiales y religiosas.

    Allí, en la plaza más central de la capital de Antioquia y rodeada de un bello jardín, se destaca la estatua del grande hombre, no para perpetuar su memoria, porque nunca se borrará del corazón y de la mente del pueblo que le debe su engrandecimiento, si no como tributo de gratitud y cariño.