Los trabajos se inauguraron el 15 de  septiembre de 1878, y en noviembre se dio aviso de que estaban hachos los estudios de la línea hasta Cali y que tendría 138 kilómetros de extensión, 15 túneles y 103 puentes.

     Los Estados de Antioquia y Cauca no pagaron con puntualidad las sumas ofrecidas, y entonces, por medio de otro contrato de 15 de marzo  de 1.880, aprobado por la Ley 54, de 5 de julio de esa año, se convino que la Nación aceptaba la responsabilidad de esos pagos.

     Los títulos de los 200,000 hectáreas de baldíos fueron entregados, y  de ellas 20.000 estaban ubicadas en Panamá. el 20 de julio de 1882 entregó el contratista construida la línea hasta  Córdoba (20 kilómetros), inclusive el puente del  Piña, que comunica la  isla de Cascajal, donde está edificado Buenaventura, con el continente. Este puente tenía 487 metros de largo, y costó $ 163,336. También se  Construyó el muelle, con costo  de $ 80,235, y quedó abandonado desde el  principio, porque los buques no podían atracar en él.

     El señor Cisneros no pudo formar una Compañía en el Extranjero, y  por eso propuso varías veces la rescisión del contrato, a la cual no accedió el Gobierno: a la cuarta solicitud en ese sentido, y en atención a las quejas que había porque la obra no adelantaba, al fin, el 22 de junio de  1885 se rescindió el contrato, de acuerdo con las opiniones del cuerpo  Legislativo. El Gobierno recibió la obra el 20 de septiembre de ese año. La carrilera  tenía 27 kilómetros de longitud, y el  trazado estaba hecho  hasta el 52. Lo recibido se avaluó en  1.780.882, incluyendo  el derecho de  indemnización que se reconoció; y como Cisneros había recibido $ 1.244,945,  quedó un saldo de $ 588,937 a su favor, inclusive $ 53,000 fijados por el  perito tercero en puntos en que no estuvo de acuerdo con los otros dos.  Resulta que los 27 kilómetros salieron costando a poco menos de $ 66,000.  El material rodante entregado por el contratista fue sólo dos locomotoras  y diez y  nueve carros.

     Los títulos de los baldíos fueron  devueltos por el señor Cisneros y el Gobierno le pagó. lo que le quedó debiendo.

     La Nación cedió la empresa al Estado del Cauca el 9 de diciembre  de 1885, quien se comprometió a coronar la obra, pero nada hizo, entre  otras razones, porque en seguida se eliminó el Estado y entramos en el  régimen central; y mientras tanto lo poco que había se iba echando  perder por defectuosa administración.

      Por la Ley 144, de 26 de noviembre de 1888, se autorizó al Ejecutivo  para comprar a! al Cauca los derechos que tuviera en el Ferrocarril, destinó hasta $ 600,000 con ese objeto, y lo autorizó también para continuar  la obra por administración o contrato.

     El Gobierno se hizo cargo de ella, y destinó las 50 unidades de las Aduanas del Pacífico y los $300,000 que la Ley 124, de 13 de junio de 1887, votó cuando mandó hacer la emisión de $ 12.000,000 en billetes, La Administración hizo algunas reparaciones a la línea y al puente del Piñal, que se hallaban en malísimo estado, y adelantó algo los trabajos, con gasto de $ 786,166   en moneda corriente cuando se rescindió el contrato Cisneros, se celebró uno con el apoderado del Conde de Gousencourt, el 1.° de junio de 1886, que fue aprobado por la Ley 4a de aquel año. se concedió al nuevo contratista privilegio por noventa y nueve años para construir y explotar un Ferrocarril de Buenaventura al río Cauca y otro de Bogotá al Magdalena, abajo de la desembocadura del Carare, y también el caso de que no se presentaran propuestas más ventajosas, para uno de Medellín al Magdalena o Cartagena y para otro de Girardot a Cali o al Cauca. Los trabajos debían empezarse dos años después de la (aprobación del contrato; las líneas serían de 1 metro entre rieles; el Gobierno garantizaba con los productos de las Aduanas el interés, del 7 por 100 anual sobre el capital invertido, a razón de $ 42 000 por kilómetro. 

El contratista depositó $ 50,000 para garantizar el cumplimiento de las obligaciones que contraía; se le autorizó para fijar libremente las tarifas. El Conde celebró un contrato con el Departamento del Cauca, sobre cesión de los derechos de éste, y el Gobierno no lo aceptó. Como  los trabajos no se empezaron en el tiempo estipulado el Gobierno declaró caducado el contrato el 28 de marzo de 1889. El 8 de mayo siguiente se celebró otro con el mismo Conde para construir un Ferrocarril de Buenaventura a Manizales, pasando por Cali. Por este nuevo convenio el privilegio se limitó a sesenta años y se contrajo el compromiso de garantizar el 7 por 100 sobre lo que se invirtiera en la reconstrucción del trayecto ya construido, sobre la base de $ 49,000 por kilómetro. El Conde traspasó esta con intención a una, Compañía francobelga; y como los contratistas no pudieron cumplir sus compromisos y entablaron reclamación, el 30 de junio de 1892 se celebró un convenio, que fue aprobado por la Ley 87, de 10 de diciembre de ese año, por el cual se declaró nulo el privilegio concedido, y se convino en devolver el depósito hecho, con interés al 7 por 100, y en dar 40,000 francos por los gastos.

     El 7 de agosto de 1890 se había celebrado contrato, que fue aprobado por la Ley 16, de 18 de octubre de ese año, con James L.  Cherry, sobre privilegio de construcción y explotación de un ferrocarril  de Buenaventura a Manizales, pasando por Cali, por setenta años, con derecho a establecer otras líneas férreas a las fronteras del Ecuador, al Atrato, al Magdalena y al Putumayo; los trabajos debían empezarse cuatro meses Después y estar construida la línea hasta Cali a los cuatro años, el Gobierno garantizó el interés del 4 1/2 y por 100 sobre lo que se invirtiera en la línea de Buenaventura a Manizales, a razón de $ 38,000 por kilómetro y durante diez y ocho años ; para el pago de estos intereses se destinó el 50 por 100 del producto de las Aduanas del Pacífico. 

El contrato fue traspasado por Cherry a una Compañía americana, y por ésta a otra. Los trabajos se iniciaron el 18 de septiembre de 1890; se estipuló que el ancho de la vía fuera de 1 metro entre rieles, y después convino el Gobierno en que no fuera sino el de lo ya construido ; en marzo de 1892 se de volvieron a Cherry $ 50,000 que había depositado para garantizar el cumplimiento de los compromisos que contrajo, porque entregó construidos 14 kilómetros, hasta Sucre, aprovechando los trabajos muy adelantados que habían hecho hasta allí Cisneros y la Administración oficial. Cherry introdujo dos locomotoras, un carro para pasajeros y otro para ganados construyó dos defectuosos puentes de hierro sobre el río Dagua y  adelantó trabajos en 15 kilómetros, y para eso recibió $ 620,294. No pudo seguir empréstito en el Extranjero para continuar la obra, y  como se vencieron los plazos fijados en el contrato, el Gobierno le concedió una  prorroga de dos años para dar al servicio la línea hasta Cali y para importar 3,000 chinos para los trabajos, pero el Congreso improbó el contrato que sobre esto se hizo, y autorizó al Ejecutivo para declarar caducado el primitivo; autorización de la cual hizo uso por resolución de 16 de octubre  de 1895. Después de mil contrariedades y de intervención de árbitros y de tribunales de los Estados Unidos, terminó el contrato Cherry,  habiéndole costado a Colombia esa desastrosa y humillante negociación  $ 903,382 oro, fuera de gastos en honorarios y viajes de abogados, ingenieros, etc. Los trabajos se abandonaron por más de dos años hasta enero de 1897, que se hizo cargo el Gobierno de la obra en malísimo estado  y se concretó a restablecer el servicio en lo construido.

      El 9 de abril de 1897 celebró contrato con los señores Ignacio Muñoz  C. y Víctor Borrero. Las principales condiciones fueron éstas: la línea  hasta la estación de San José, en el kilómetro 37, sería reconstruida  mediante el pago de $ 320,000, moneda corriente, que entonces equivalía a  $ 160,000 oro, los productos de ese trayecto se destinarían a atender a  los gastos de conservación y explotación, a razón de $ 400 anuales por  kilómetro, y lo que sobrara de eso se abonaría al Gobierno; en diez años  se adelantaría la construcción hasta Palmira; los contratistas podrían  fijar libremente las tarifas, pero sin exceder las existentes; el Gobierno pagaría la construcción a estos precios por kilómetro: de San José a  Juntas, a $ 38,000; en el Boquerón del Dagua-unos 12 .kilómetros, a  $ 65,333; y de allí a Palmira, a $ 40,000, todo en oro. Para atender a estos gastos se destinaron 50 unidades del producto de las Aduanas de Buenaventura y Tumaco, sobre los cuales se girarían libranzas que ganarían  interés del 8 por 100; los contratistas constituirían una fianza de $ 50,000  si terminada la obra no se les había acabado de pagar, sería preferidosen igualdad de circunstancias para administrar el Ferrocarril hasta lacancelación de la deuda ; también se les prefería para construcciones de  líneas a Manizales y Popayán y para un muelle en Buenaventura. 

La construcción hasta San José se concluyó en octubre de 1897, y en esemismo mes se empezaron los trabajos de prolongación, los cuales se  suspendieron en octubre de 1899, por haber estallado la guerra civil. Durante ese contrato se gastaron en las obras realizadas por Muñoz y Borrero $ 540,000 oro. El Gobierno asumió la administración del trayecto que  estaba en servicio y del camino de herradura, que había estado a cargo  los contratistas, y en diciembre siguiente la confió al doctor Víctor  Borrero ; en marzo inmediato declaró el Gobierno suspendido el contrato de1897. Muerto el doctor Borrero en diciembre de 1900, se encargó a don  Ignacio Muñoz C. de la administración, pero éste se separó prontamente  y entonces  fue nombrado el doctor Ignacio Paláu En noviembre de 1901  una avenida  del Dagua destruyó el puente de hierro de San Cipriano  los nuevos trayectos fueron abandonados, y volvió a quedar el servicio  sólo hasta Córdoba. Tanto la línea como el material rodante estaban en malísimo estado.

      Por contrato de Marzo de 1903, con don Ignacio Muñoz C. se obligó éste a, reconstruir el Ferrocarril hasta el kilómetro 46, a pedir el puente  de hierro para San Cipriano, y mientras llegaba, a construir uno de madera,  y a restablecer el servicio en el término de dos años, mediante el pago de $ 75,000, comprometiéndose el Gobierno a dar como zapadores  dos batallones de 300 plazas. Los trabajos de prolongación no se empezarían sino después de terminados los de reconstrucción y los de los dos kilómetros que faltaban para llegar a Delfina. Mientras tanto el producto del camino de herradura se destinaría a la conservación de la línea férrea. 

El Ingeniero Interventor rindió informe sobre el mal estado de la línea, y como los zapadores no prestaban servicio apreciable, el Gobierno resolvió rescindir el contrato en 1904, y para ello comisionó al Gobernador del Cauca. y al General Jaime Córdoba para que sé entendiera con el señor Muñoz C. Al fin, en septiembre de este último año, se llegó a un arreglo, mediante el cual se traspasó el contrato al Departamento del Cauca, reservándose la Nación el derecha de tomar la empresa por su cuenta si encontraba contratista que se comprometiera a llevar el Ferrocarril hasta la capital da la República pero poco después la Gobernación del Cauca dio aviso de que estaba en incapacidad para hacerse cargo de la obra. Entonces se celebró un nuevo convenio con Muñoz C., en diciembre de 1904, por el cual se prorrogó por un año el tiempo fijado para la reparación de lo construido y colocación del puente de San Cipriano; y como los zapadores fueron retirados, se reconocieron a Muñoz C. $ 160,179 oro, por los jornales de los trabajadores que los reemplazaron; por obras que hizo, no estipuladas en el contrato, se le reconocieron $ 20,000, y por la herramienta, enseres y trabajos  ejecutados de 11 de enero a 11 de febrero de 1906 se le reconocieron $ 100,000. 

    Mientras que los señores Muñoz y Borrero manejaron el ferrocarril, de 1897 a febrero de 1906, se gastaron $ 1.013,251 en reconstrucción de la línea, cuando la entregó Cherry en abandono y después de la guerra, en explotación, en conservación, en dos puentes de hierro traídos para el Dagua en San Cipriano y San José, y en la prolongación de 12 kilómetros.

     Desde febrero de 1905 se inició contrato con los americanos Eduardo y Alfredo Masón, y sólo se perfeccionó el 30 de diciembre de ese año.

Estos señores se hicieron cargo de la obra el 10 de febrero de 1906 y se comprometieron a reparar la línea desde Buenaventura a Delfina, cambiando todas las obras provisionales por de construcción y materiales permanentes, a prolongar y equiparla hasta Palmira,  el término de cinco años, y por el traspaso que les hizo Muños C. le reconocieron quinientas acciones pagadas de a $ 100, en la empresa, el 10 por 100 de las utilidades líquidas de la explotación de carboneras y $ 84,897 por gastos hechos por el mismo Muñoz. El contrato con los Mason se celebró antes de estar rescindido el de Muñoz.

    Los nuevos empresarios no pudieron conseguir capital en el Extranjero para continuar la obra, y ocurrieron al Banco Central de Bogotá, quien les prestó $ 75,000, para lo cual dieron como garantía, la concesión del privilegio, y  no pudiendo cumplir sus compromisos con este establecimiento, le traspasaron el contrato el 6 de julio de 1907. El Banco el hizo cargo de la empresa el 22 de agosto siguiente. Aunque el acuerdo se hizo con ambos Masón, Alfredo entabló reclamación contra el Gobierno por $ 10,000,000; pero Eduardo desautorizo esas pretensiones, y todo quedó terminado, comprometiéndose el Banco a pagar a los Masón $ 100,000. quienes traspasaron también los contratos que tenían para prolongar el Ferrocarril hasta Cartago y para el estudio de las líneas de esta última ciudad a Ibagué y Amaga.

     El Banco Central traspasó sus contratos el 3 de febrero de 1908 a la compañía del Ferrocarril del Pacifico, en la cual no quisieron tomar acciones los caucanos. El de 30 de diciembre de 1905 se reformó con elde 23 de enero de 1908 en el sentido de que la Compañía se comprometíaa construir los trayectos de, Palmira a Popayán y a Cartago y un ramala Santander (Quilichao), en la forma y condiciones de aquel contrato,todo es el término de diez años.