Pasados ocho días, una mujer sacaba barro del pozo y encontró los pies del muerto; asustada dio aviso de lo ocurrido en el inmediato convento de San Francisco, y luego a la justicia, la cual procedió con actividad; sacaron el cadáver, y a voz de pregón se ordenó que fuesen a reconocerlo. Un comerciante llamado Victoria dijo que el cadáver era el de Ríos; la esposa de éste declaró que hacía ocho días que había salido, de noche, con Escobedo, y que desde entonces no lo veía; llevada ante el cadáver, levantóle un brazo, fijóse en un lunar que allí tenía, y sin vacilar dijo: “Este es Juan de los Ríos, mi marido, y el doctor Mesa lo ha muerto.” Ordenóse en la Audiencia la prisión de Mesa, y al efectuarla dijo al Secretario Juan de Albis: “Dadme por fe y testimonio que este dedo no me lo mordió el muerto, sino que saliendo de este aposento me lo cogió esta puerta.” Preso Mesa y los habitantes de su casa, y depositada doña Ana de Heredia, ésta contó el hecho sin reservas, y esa tarde rindió confesión el Oidor declarándose culpable y comprometiendo a Escobedo. Aprehendido éste, sin querer escapar, también declaró lo sucedido. Terminado el proceso, fue sentenciado el Oidor Mesa a ser degollado, y Escobedo a ser arrastrado a cola de caballo y ahorcado en el lugar en que cometieron el delito.  

Es de notarse que las diferencias nobiliarias de la época llegaban hasta el cadalso. Los hijosdalgo, como Cortés de Mesa, tenían el privilegio concedido por las leyes de la monarquía española, de no ser ahorcados ni arrastrados a cola de caballo, sino decapitados; para los de la gleba se reservaba la horca.

Mesa salió con prisiones de las casas reales al cadalso, adonde lo acompañaron el Arzobispo Zapata de Cárdenas y el cirujano Juan Suárez o Sánchez, quién tenía la misión de dirigir la mano del verdugo. Pidió Mesa que un negro que desempeñaba este humillante cargo fuese reemplazado, porque había sido su esclavo, a lo que se accedió; declaró que la muerte de Juan Rodríguez de los Puertos, quien había sido ajusticiado, como responsable de haber fijado libelos infamatorios, fue injusta, pues los libelos habían sido fijados por él (Mesa). Separóse el Arzobispo del cadalso, levantado frente a las casas de la Audiencia (hoy esquina sudoeste del Capitolio Nacional), después de haber absuelto al reo, y se dirigió a la Catedral, acompañado de los prebendados. Cumplida la justicia, el cadáver fue llevado al templo Metropolitano, donde se le hicieron exequias fúnebres. Los testigos de aquel suplicio convinieron en la justicia de él, pues el Oidor, a más del crimen por que fue sentenciado, asesinato aleve, confesó la responsabilidad de los pasquines, que llevaron a la horca a un inocente, y la intención que había tenido de dar muerte a Escobedo y al Presidente Armendáriz; al primero, la noche que cometieron el asesinato, y al segundo, estando ya en la cárcel. En la Plaza de Bolívar, en el mismo lugar en que fue degollado el Oidor Mesa, por justa sentencia dictada con ejemplar firmeza, se fijó una columna de piedra como recuerdo del suceso, la cual fue enterrada en 1816, cuando el Pacificador Morillo hizo empedrar la Plaza. La superficie circular de la columna la hace distinguir de las piedras que forman el pavimento.  

En 1898 se rodeó el capitel de la columna con un círculo de adoquines por orden del Ministro de Fomento don Ricardo Becerra y del Alcalde de Bogotá, don Higinio Cualla. Este círculo está inmediato a la verja del parque de la Plaza de Bolívar, hacia el costado sur.  

La cabeza de Escobedo fue colocada en la picota o árbol de la justicia, que se levantaba en el centro de la Plaza, símbolo que era una amenaza muda y constante para los criminales.  

La muerte del Oidor Axcoeta y la promoción de Anuncibay, Cetina y Mora, dejaron el Real Acuerdo compuesto por el Presidente Armendáriz, el Oidor Zorrilla y el Fiscal Orozco; el Visitador Monzón suspendió al primero, quien murió en la prisión, de manera que los dos últimos formaban la Audiencia y sostenían lucha contra Monzón.  

Llegaron luego a Santafé un nuevo Visitador, don Juan Prieto de Orellana, y tres Oidores: Alonso Pérez de Salazar, Gaspar de Peralta y Francisco Guillén Chaparro. Suspendidos Zorrilla y Orozco, y libre el Visitador Monzón, que había sido aprisionado por el último, los primeros fueron enviados a España, y Santafé quedó tranquila.  

En 1579 Diego de Ortega dejó fundada obra pía para dar estado a doncellas, en las casas cercanas a la Catedral, que fueron de Alonso de Olalla, dejando por patrono al Cabildo (6) .  

Durante el Gobierno del Licenciado don Juan Bautista de Monzón, en 1580, acordaron los miembros de la Cofradía de Nuestra Señora de Belén levantar una ermita para dar culto a la Virgen, en sitio todavía despoblado, al oriente de la Parroquia de Santa Bárbara, en una árida colina conocida entonces con el nombre de El Pedregal. El edificio fue de humilde construcción, y sirvió para el culto hasta 1700, año en que veremos cómo fue reconstruida.  

Entonces se creó el patronato del Juzgado de Difuntos, institución nueva en la capital de la colonia. 

Alonso Pérez de Salazar, Juez severo, ahorcaba con frecuencia indígenas en la plaza mayor, y azotaba todas las semanas, en la de Mercado, que tenía lugar cada cuatro días, a los ladrones. “Desorejó y desnarigó dos mil personas —dice un testigo presencial, don Pedro Ordóñez Ceballos—e hizo otras justicias grandísimas, sin reparar en nadie ni aunque interviniese la intervención de cualquiera persona por principal que fuese, ni era bastante para detener su justicia, como se vido cuando degolló a dos caballeros, que aunque intercedieron muchos principales y daban por cada uno doce mil ducados al Rey, nada bastó para que no lo hiciese. ”    

El temido Alonso Pérez de Salazar dejó su nombre en Santafé unido a una mejora material de grande importancia: fue él quien quitó el rollo o picota, de que tanto uso había hecho, del centro de la plaza, y colocó allí una fuente pública de piedra, ornamentada con escudos de armas de España, Santafé y su blasón, y coronada con una estatua de San Juan Bautista (7) .