En febrero del año de 1891 fueron enviados por el señor Gobernador del Departamento de Cundinamarca, General don Jaime Córdoba, y por su Secretario de Hacienda, doctor don Nicolás J. Casas, dos ingenieros a reconocer el estado del puente, que amenazaba ruina. Informaron, después de examen minucioso, que los daños de la obra eran gravísimos y provenían de su mala construcción; que el arco mas alto estaba agrietado, por la poca resistencia de sus bases, y que la reparación, previo el desvío del río, costaría más de $ 100,000, y que sería menos costoso derribarlo, conservando los estribos y dos pilas centrales para tender tramos metálicos, obra que costaría $ 40,000. El puente existe al presente (1913) en el mismo estado. 

Después de cuatro años de oscura administración fue suspendido Villalba, y al dejar el bastón de mando se retiró al convento de La Candelaria. Luego fue confinado a Villa de Leiva mientras pasaba el juicio de residencia. Regresó a España en 1677, y murió octogenario en Salamanca, lugar de su nacimiento. 

El Visitador que suspendió a Villalba fue el Ilustrísimo Melchor Liñán y Cisneros, Obispo de Popayán, a quien se nombró también Presidente y Capitán General del Nuevo Reino, alto cargo de que tomó posesión el día 2 de junio de 1671. El cronista Flórez de Ocáriz dedicó a este Arzobispo Presidente su laboriosa obra genealogías del Nuevo Reino, cuya única edición se publicó en Madrid en 1674. 

El señor Liñán tampoco hizo cosa notable digna de registrarse en nuestra historia nacional. Durante su mando ocupó el tiempo en el juicio de residencia de su antecesor y en calmar una disputa promovida en la comunidad de dominicanos con motivo de elecciones de los Priores que tuvieran derecho a concurrir al Capítulo provincial. 

Llamó entonces la atención de los colonos el raro acontecimiento de hallarse tres Presidentes en el Nuevo Reino: don Dionisio Pérez Manrique, Marqués de Santiago, quien conservaba el título honorífico y residía en Santafé; el General Diego de Villalba y Toledo, confinado en Villa de Leiva, lugar escogido varias veces para forzada residencia de magistrados enjuiciados, y el Obispo Presidente, que ejercía el poder civil en la capital (11) . 

Liñán y Cisneros presidió el Gobierno hasta el año de 1673, en que partió para el Arzobispado de Charcas, al cual había sido promovido (12) . 

La Compañía de Jesús fundó por este tiempo un noviciado en Bogotá, y construyó el edificio con iglesia anexa, en la entonces calle larga de Las Nieves, hoy Avenida de la República, y conocido popularmente en los tiempos actuales con el nombre del Hospicio. El Bachiller don Bernardino de Rojas, hombre rico, hizo los gastos de la fundación después de que el poder civil desatendió un reclamo de los Padres de San Francisco, quienes se opusieron a la construcción del noviciado por no estar la casa a suficiente distancia del convento, según disposiciones de la Santa Sede. La licencia la concedió el célebre bogotano Lucas Fernández de Piedrahita, que gobernaba el Arzobispado en Sede vacante, y quien además regaló a la Compañía dos casas que poseía en Bogotá; otras dos casas le donó don Antonio Verganzo y Gamboa, quien luego vistió la sotana de jesuita. El Presidente Pérez Manrique y la Audiencia no pusieron obstáculos para esta fundación, que tuvo lugar en 1657. El jesuita José de Urbina fue el primer Rector del noviciado. La primera capilla fue provisional, dedicada a Nuestra Señora de Monserrate; ensanchada luego, se consagró el 20 de agosto del dicho año de 1657. Allí se guardaron una carta autógrafa de San Ignacio a San Francisco de Borja, y el crucifijo con que murió este Santo, regalo del Obispo Piedrahita, lo que consta en la segunda edición de la historia que él escribió cuando a la página 148 dice: “a quien (el noviciado) el autor de este libro, el año de mil seiscientos sesenta y dos donó el milagroso crucifijo que tenía y con que murió San Francisco de Borja.”

El noviciado, por falta de rentas, hubo de trasladarse a Tunja, pero quedó el edificio sirviendo de segunda residencia en Bogotá a los jesuitas hasta 1767, en que Carlos III expulsó la Compañía de los dominios españoles. 

Por la promoción de Liñán y Cisneros a Charcas, quedó el Gobierno civil del Reino, de 1674 a 1678, a cargo de la Audiencia. Dos Oidores, Juan Larrea y Mateo Ibáñez de Rivera, escandalizaron al país durante esos cuatro años, vendiendo la justicia y los empleos y dando lugar a que fuesen fundadas quejas a la Corte. En la Audiencia tomaron asiento durante los Gobiernos de Egües, Córdoba, Villalba y Liñán, los golillas Oidores Gómez Suárez Figueroa, Diego López de la Puerta y Vargas Campuzano; fue Fiscal Juan Antonio Oviedo Ribas. 

La Corte, atendiendo las quejas de los santafereños, y en especial la de Mateo Mata Ponce, que también había llegado como Oidor, nombró Presidente del Nuevo Reino a don Francisco Castillo de la Concha, quien tomó el bastón de mando en Santafé el 4 de enero de 1678. Castillo tenía el hábito de Santiago, era de carácter serio y rígido, no volvía atrás en sus determinaciones, no aceptaba obsequios y era celoso vigilante de las cajas públicas. Ya se ha dicho que podrían aplicarse a él las palabras de Cervantes sobre los mandatarios que ni reciben cohecho ni perdonan derecho. 

Castillo sufría de hipocondría, y entre sus sombríos caprichos tuvo el de creer que nadie le decía la verdad. Para él no había nada bueno fuera de España, y la América le parecía detestable. 

A este severo Juez le tocó juzgar a los Oidores Larrea e Ibáñez Rivera, y en el juicio aparecieron veintidós cargos, siendo los principales: que habían nombrado gobernadores por dinero, que habían contratado encomiendas, que habían recibido cohechos y sobornos para despachar favorablemente pleitos y que habían tenido casa de juego de naipes y dado. Durante el juicio fue confinado Larrea a Sogamoso, e Ibáñez a Cáqueza. Esto último falleció en Santafé antes de la terminación de la causa, y Larrea fue castigado pero se fugó de la prisión (13) . 

El 5 de octubre de 1678 falleció el Arzobispo Arguinao, de edad de noventa años y medio. Su entierro se celebró con pompa solemne en la iglesia del convento de Santa Inés, que él había construido, y su cadáver se sepulto debajo del altar mayor (14) . 

El señor de Arguinao gobernó la Iglesia del Nuevo Reino durante diez y siete años. El haber edificado el monasterio y templo de Santa Inés, donde se conserva su retrato, le granjeó cariño y simpatías entre los hijos de Santafé. Otro retrato suyo que se conserva en la galería de Prelados de la Catedral, de los mejores desde el punto de vista artístico, tiene esta leyenda: 

El Illmo y R.mo S.r Mr.° D. Fr. Juan de Arguinao, Cathedrático de la Rl Universidad de los Reyes, Obispo de S.ta Cruz de la Sierra y desimo Arzobispo de este Reyno. Entró en esta ciu.d de S.ta Fee a 17 de junio año de 1661 C. S. Falleció a 5 de Octubre de 1,678 

Reinando Carlos II se imprimieron en 1680 las Leyes de Indias, que debían regir los gobiernos de las Colonias; se incluyeron en esta Recopilación órdenes y reglamentos de los monarcas españoles desde los Reyes Católicos hasta Carlos II y la Reina Mariana de Austria. Muchos historiadores, entre ellos González Suárez, consideran estas disposiciones justas desde el punto de vista moral, y las tienen por insuficientes y defectuosas en lo relativo a economía y administración.

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(11) OCÁRIZ, lib. cit., 115. (Regresar a 11)

(12) ANTONINO OLANO, lib. cit., 29. Vergara y Vergara y Quijano Otero dicen que Liñán gobernó hasta 1674. Groot trae la misma fecha que Olano. (Regresar a 12)

(13) GROOT, lib. cit., I, 376. Expediente original que se conserva en el archivo de la Corte Suprema. (Regresar a 13)

(14) CALVO DE LA RIVA, lib. cit., 43. ZAMORA, lib. cit., 530. (Regresar a 14)