La construcción de las baterías del cerro de San Felipe de Barajas hizo sentir la necesidad de alejar de su pie el hospital de lazarinos, cuyo emplazamiento era perjudicial para la defensa de la plaza. Aparte del peligro que suponía para la salud de los vecinos su proximidad al casco urbano, razones de índole castrense aconsejaban trasladarlo a otro sitio más alejado, a fin de allanar el lugar y poner al descubierto la ciénaga, el playón y los caños de aquellas inmediaciones. Para decidir acerca del traslado del hospital se reunió una Junta en 1763, y el gobernador, marqués de Sobremonte, comisionó al ingeniero Arévalo para que estudiase cuál de los dos lugares que se habían propuesto era el más conveniente para el emplazamiento. Los sitios objeto de discusión o duda eran la Cantera Vieja del Rey, situada en la isla de Tierra Bomba, cerca de la punta de Perico, y la hacienda de Buenavista, que estaba a más distancia de la ciudad, a la otra parte de la bahía y con peores comunicaciones.

Arévalo se pronunció a favor de la Cantera Vieja, que sólo distaba de la plaza dos leguas y tenía al pie abundantes materiales de construcción: piedra, arena, un horno para cal de propiedad real, barro para hacer tejas y ladrillos y leña, además del agua que proporcionaban dos inagotables pozos o "cacimbas". Con vista a su emplazamiento en ese paraje hizo Arévalo un plano para el nuevo edificio, pero propuso no esperar a que estuviese hecha la obra de mampostería, sino trasladar el hospital e instalar a los enfermos en bohíos, y después ir fabricando la obra definitiva a medida que se reuniesen los caudales necesarios ⁸⁸ .

El edificio proyectado por Arévalo consistía "en un enorme patio de cerca de ciento cincuenta varas, todo él rodeado de habitaciones con cabida para dos enfermos, cuatro salones para enfermerías y refectorios de varones y hembras, y en uno de los frentes la capilla. En torno a otro patio independiente, mucho más pequeño, las habitaciones del personal técnico, las dedicadas a los huéspedes o visitantes de los leprosos y a los enfermos dudosos" ⁸⁹ .

La Corte aprobó el traslado del hospital al sitio llamado Caño del Loro, cerca de la Cantera Vieja, o sea donde había propuesto Arévalo, y dispuso que se construyese de paja hasta que ciertos impuestos que para ese fin se establecieron proporcionasen el caudal necesario para acometer la obra definitiva. En 1798, el Arzobispo-Virrey comunicaba a su sucesor Gil y Lemus que el hospital estaba construido en el Caño del Loro y podría trasladarse "luego que lo desocupen los pobladores ingleses que están alojados en él" ⁹⁰ .