Después de la salida de su prisión no encontramos que Nariño hubiese despertado las sospechas del Gobierno español, aunque no es creible que hubiese abandonado sus ideas de emancipación de su patria del Poder del Rey Carlos IV; pero aleccionado por su pasada experiencia supo conservar el sigilo más completo acerca de sus trabajos políticos. Desde 1800 hasta 1808 la Colonia parecía tranquila, fijos los ojos, sin duda, en los trascendentales acontecimientos que tenían lugar en Europa, contemplaban todos con sorpresa la elevación de Napoleón á la cumbre del poder y sus extraordinarios triunfos sobre todas las potencias europeas coaligadas contra Francia; entretanto que España decaía cada día más presa de espantosas epidemias que asolaban sus poblaciones, y gobernada por empleados ineptos é incapaces, veníase hacia el abismo de la ruina y el descrédito, por medio de guerras inútiles para el país y desastrosas en todos sentidos.

Entretanto en Santafé la juventud estudiosa se entregaba á las ciencias naturales que el sabio Mutis les había enseñado, pero más que todo la visita del Barón de Humboldt les llenó de entusiasmo, abrió nuevos horizontes ó su entendimiento y durante los primeros años del siglo XIX no se ocuparon de política.

Probablemente largos años más hubiera España conservado su autoridad en el virreinato neogranadino si no enviara en lugar del prudente y juicioso Mendinueta á don Antonio Amar y Borbón, quien se gozó en deshacer toda la labor benéfica que Mendinueta había lograrlo plantear en la Colonia. Militar sin talentos y dominado por su mujer doña Francisca Villanova (dice el historiador Restrepo, que la conoció personalmente) la cual muy pronto comenzó á vender escandalosamente los empleos que daban los Virreyes," el señor Amar se hizo antipático desde un principio, de manera que exasperó á los colonos y les hizo comprender la necesidad absoluta que tenían de sacudir el yugo de la madre patria que tan mal les trataba.

Mientras que en Europa no se respiraba sino odio, guerras y disenciones entre las potencias, la República norteamericana, en paz y sociego, no pensaba sino en adquirir fuerzas; y merced á los gobernantes que allí se sucedían, los cuales eran entonces hombres prácticos y sin más ambición que la de dar prosperidad á su país sin mezclarse en cuestiones externas, adquiría paulatinamente influencia grande entre los países civilizados y se preparaba un porvenir de fabulosas riquezas, de las cuales gozan hoy día, asombrando á Europa con ellas y con las cuales sueñan conquistar medio mundo.

Engañado por aquellos halagüeños resultados que él creía se debían á la institución de la República y no á la índole cuerda de la raza anglo-sajona, Nariño debió de concebir grandes esperanzas en la felicidad de su patria si conseguía libertarla del yugo español; pero sin duda deseaba que se esperase á que el pueblo fuese menos ignorante y la clase elevada más instruída, antes de que se lanzasen á una guerra con España. En el entretanto él procuraba infiltrar en sus conciudadanos sus propios sentimientos y sus nobles aspiraciones y deseos.

¡Con cuánto dolor no vería las frustradas intentonas de Miranda sobre las costas de Venezuela! Lección práctica debió de ser aquella para los patriotas neo-granadinos, porque á pesar de las glorias que habían adquirido los argentinos en la defensa de su territorio sobre los ingleses, la indiferencia con que los venezolanos recibieron á Miranda les probaría que estas colonias de las orillas del Mar Caribe no estaban aún maduras para aceptar y comprender su independencia. ^{| (1)}

Con motivo de los sucesos habidos en España (la invasión de los ejércitos franceses, el motín en Aranjuez contra el favorito del Rey, don Manuel Godoy; la abdicación de Carlos IV; la proclamación de su hijo Fernando VII; los desastres del 2 de Mayo de 1808; la coronación de José Bonaparte como Rey de España), Inglaterra cedió á la invitación que le hicieron los patriotas españoles para que les auxiliase contra los franceses envió ejércitos y recursos de toda suerte á la Península en contra de Napoleón. ^{| (2)}

A pesar de los esfuerzos que hacía el Virrey para que se ignorasen aquellos acontecimientos en Santafé, éstos siempre se sabían y deberían de caer como bombas de fuego entre los tranquilos é inocentes colonos, produciendo en ellos vivísima impresión y aquella inquietud que sufre el ciego que comprende que en torno suyo todos se agitan, mientras que él se ve obligado á permanecer estacionario y fuera de la corriente de la vida activa.

No por eso los santafereños dejaban de tratar de tomar parte en la cosa pública y salían por las calles victoreando cuando llegaban buenas noticias, por lo general falsas, de lo sucedido en España y andaban ostentando escarapelas al pecho para manifestar su adhesión á los Reyes de España y su odio á los franceses. ^{| (3)}

A falta de prensa en donde se desahogan los ánimos y es una válvula de seguridad para los mismos gobiernos agredidos, los colonos no tenían otra manera de expresar su opinión sino por medio de pasquines que fijaban en las esquinas subrepticiamente. Un día amanecieron unos de éstos en los puestos públicos, en los cuales se pedía que se formasen milicias para la defensa de la patria contra la invasión de Napoleón y que se echaran á todos los franceses que había en la capital porque se manifestaban desafectos á España. ^{| (4)} No sabemos si esto último se hizo, pero lo que fué armar milicias, buen cuidado tuvieron las autoridades españolas de hacerlo, pues aquello era muy peligroso sabiendo, como lo sabían, la mala voluntad que los colonos tenían á los empleados peninsulares.

No es de nuestro resorte, sin embargo, relatar los acontecimientos que entonces tuvieron lugar en Santafé y en los cuales no tuvo parte ostensible Nariño. Este parecía enteramente retirado de la política y su nombre no aparece entre los miembros de las Juntas que convocaba el Virrey, ya para celebrar alguna fiesta, ya para nombrar el Diputado que debería pasará la Junta Central de Sevilla, obedeciendo á la convocatoria que ésta hizo á todas las autoridades españolas de las posesiones peninsulares de ultramar; ni tampoco encontramos su nombre en la Junta general que tuyo lugar en Palacio con motivo de la revolución que estalló en Quito el 10 de Agosto de 1809 y que el Virrey Amar ansiaba sofocar.

Después de que se supo lo ocurrido en Quito, el Virrey vivía en continua zozobra, porque se decía que en Santafé seguirían el ejemplo dado por aquella Presidencia. Los Oidores encabezaban personalmente las patrullas que recorrían la ciudad por la noche y dormían en el Palacio del Virrey. ^{| (5)}

Desde el mes de Septiembre la situación empeoró; se hablaba mucho de conspiraciones llevaron presos á Bogotá al Cura y al Escribano de La Mesa y lo más extraño de todo, según leemos en un REAL ACUERDO, es la visita que el Canónigo Magistral Rosillo hizo á la Virreina á quien dijo: "el señor Fernando VII ya habrá muerto por el acero, por el veneno ó por la cuerda ( |estaba preso en Francia); es preciso tomar aquí partido; Vuestra Excelencia y el señor Virrey están amados y queridos extremadamente; el pueblo los adora y no tendría inconveniente en proclamar al señor Virrey Soberano de este Reino," añadió: "que le sería fácil conseguir cuarenta mil hombres, armas y artillería para sostenerlo; que tenía cartas de muchos de las Provincias, que aguardaban que así se hiciera." Y después de decir esto, que dejó á la Virreina muda de asombro, le señaló una misiva de uno que se firmaba algo como |Chanorton, un nombre inglés, ( |¿Sería Cochrane?) ^{| (6)} que decía que si le escribían llamándole, antes de un mes estaría aquí la contestación.

Sin duda doña Francisca Villanova pensó que el Canónigo se había vuelto loco y por cierto que no carecería de razón, tan extrañas eran aquellas palabras (cuyo objeto no comprendemos absolutamente), y le despidió diciéndole que ella no aspiraba á subir á aquellas alturas y no ambicionaba más Reino que el de los Cielos.

¿Qué se propuso el Canónigo con aquello? O era de una candidez llevada hasta lo absurdo, ó pensaba que el Virrey era más tonto é imbécil de lo que en realidad parecía y que accedería á aquella invitación y con ello los enemigos de España conseguirían armas para la proyectada revolución.

La Virreina dijo después que le había referido al señor Amar las palabras del doctor Rosillo, pero que él no había hecho caso, "porque (añadió) él talvez no las había comprendido por su impedimento de oído"............... Alarmáronse mucho los Oidores y los eclesiásticos que tuvieron noticia de este hecho y uno de ellos se encargó de hablar con el doctor Rosillo de los acontecimientos de Quito y pedirle su opinión sobre el asunto. Entonces el buen Canónigo, con la candidez de un niño inexperto, se desató en improperios contra los peninsulares que tan mal trataban á los americanos, acabando por decir que el Marqués de Selva-Alegre tenía formado un plan, par medio del cual daría la libertad á todas las colonias de América y aconsejó á su amigo que procurase hacerse popular, porque aunque el pueblo de Santafé era bueno, estaba muy disgustado. La conversación del empleado español con el Magistral Rosillo aumentó el temor de todo el Gobierno, á lo cual se añadieron otras muchas delaciones contra los principales criollos de la ciudad; entre estos por primera vez encontramos el nombre de don Antonio Nariño. Se decía que preparaban una vasta conspiración contra el Virrey y todo el tren gubernamental; que don Luis Caicedo y Flórez ^{| (7)} llevaría un batallón de negros esclavos de la hacienda de Saldaña (hoy en el Departamento del, Tolima) á quienes ofrecía su libertad si defendían con valor la causa que abogaban sus jefes. Se urgía que don Antonio Nariño y don Pedro Groot tenían seducida la población de La Mesa y que don José Acevedo, Regidor de Santafé ^{| (8)} había arreglado todo con el doctor Miguel Tadeo Gómez, Administrador de aguardientes del Socorro, para que trajera mil quinientos hombres del Socorro, en tanto que el Corregidor de Zipaquirá se le uniría con seiscientos más, recogidos en aquella ciudad. ^{| (9)} En la capital había grandísmas sospechas acerca de la lealtad de varios hombres importantes; no solamente del Canónigo Rosillo sino de don Ignacio Herrero del famoso jurisconsulto don José Joaquín Camacho, de don Sinforoso Mutis, don Antonio Barava, de un Oidor natural de Quito, el Señor Baltazar Miñano  de varios jóvenes de las familias París y Serna. ^{| (10)}

Como escribiente que era de la Real Audiencia, cuya firma se encuentra al pie de, varias declaraciones de los que denunciaban las juntas sospechosas de criollos, el doctor Crisanto Valenzuela que pertenecía secretamente al partido que preparaba la Independencia, daría probablemente aviso al Canónigo Rosillo de que se le iba á apresar, así fué que el 8 de Noviembre de aquel año logró salir ocultamente de Santafé para asilarse en el Socorro, pero en donde cayó en manos del Alcalde de aquella ciudad, quien le remitió á Santafé y fué encarcelado en la Candelaria con centinela de vista. ^{| (11)}

El 10 de Noviembre, sin duda por alguna denuncia, el Director de la Capilla del Sagrario, doctor Estévez, fué puesto preso cuando menos lo pensaba y sin dejarle tiempo para disponer sus asuntos privados ó los de su empleo le enviaron con escolta Cartagena. Felizmente para él antes de que le internasen en alguna fortaleza se huyó y logró pasar á Caracas en donde se asiló. ^{| (12)}

Como el Virrey había enviado la, guarnición que había en la capital del virreinato á Popayán con el objeto de unirla allí con los que deberían ir á debelar la insurrección de Quito, temblaba de que hubiese otra igual en Santafé, así fué que cuando el 17 de Noviembre ^{| (13)} llegó de Cartagena un batallón de milicias de |pardos y al día siguiente 200 hombres más de blancos de la misma ciudad, Amar respiró y resolvió dar un golpe que aterrorizara á los ocultos conspiradores, quitando de enmedio dos de sus principales pronombres y decapitando de esa manera la temida sublevación.