En el año de 1685 una experiencia mística de Bernardino de León, permite el hallazgo de unas imágenes, al parecer talladas por manos indígenas, de la familia sagrada en el alto denominado de la Cruz o de la Peña Vieja. Entre las imágenes se encontraban "las efigies de Nuestra Señora con el Niño en el brazo izquierdo, junto a San José, que ofrecía una fruta al Niño, y a su lado un ángel con la custodia en las manos, todos de pie". Por tal motivo y procurando las licencias necesarias, se levantó al año siguiente una modesta ermita de paja para la adoración de la virgen. Con el fin de mejorar la calidad arquitectónica de la ermita inicial, su primer Capellán, Francisco García de Villanueva y Matías Vega, contribuyeron con dinero para dignificar la construcción, en términos arquitectónicos, y con este dinero se emprenden las mejoras. Debido al terremoto ocurrido en Santafé en el año de 1714, la ermita se arruina y es necesario comenzar una nueva obra, a cargo de Dionisio Pérez capellán sucesor de García de Villanueva, que se termina en 1715 y funciona hasta 1716, en esta fecha se cae de nuevo, debido a otro temblor.

Para esta segunda ermita había dejado su primer Capellán, García de Villanueva, según su testamento, «todo el material de piedra, ladrillo y madera, mas la necesaria cantidad de clavos, con tres mil setecientos sesenta y siete pesos, todo de su propio peculio». Después del último temblor que tumbó la segunda ermita empezó a considerarse la posibilidad de reconstruirla en un sitio diferente al Cerro de la Cruz y finalmente se construye una capilla de paja, provisional, que reciba las imágenes sagradas provenientes de las ruinas de la ermita original. El sitio escogido para esta nueva edificación es un terreno llano entre las quebradas de la Peña y Manzanares, en donde funciona la construcción pajiza hasta 1722, para ser reemplazada por la construcción que, con algunas considerables modificaciones sufridas a comienzos del siglo XIX, sigue funcionando en el sitio señalado a la altura de la cota 2825m. Al parecer se comenzó su construcción en 1716 y se dio al servicio en 1722.