En 1605, el sacerdote de la Orden de los Hospitalarios Juan de Buenafuente, llegó a Santafé con el objeto de tomar posesión en nombre de su Orden, del hospital de San Pedro, que casi medio siglo atrás, había fundado el arzobispo Fray Juan de los Barrios, " en casa de su propiedad situada donde hoy existe la sacristía de la Catedral, de las cuales hizo donación intervivos (sic) a la beneficencia pública".

Por oposición del obispo de entonces, Bartolomé de Loboguerrero, no fue posible que los hermanos se pusieran al frente de la dirección del hospital sino hasta 1635, por disposición de Felipe III.

Felipe II en 2 de diciembre de 1595 había concedido la licencia a la orden, para pasar a América y fundar hospitales. Después de este logro, los Hermanos de la Caridad trasladan el hospital al lugar que ocupa actualmente.

El traslado estuvo a cargo del cronista Fray Pedro Pablo de Villamor a comienzos del siglo XVIII, en 1723 para más exactitud. La nueva construcción se concluyó el 1º de enero de 1739.

La iglesia está ubicada en la esquina de la calle 12 con carrera 10ª. La construcción original poseía una gran torre en el costado norte pero esta fue destruida en el terremoto de 1743. Ahora permanecen las bases de esa torre mas no conserva la proporción con respecto a la base. El costado de la iglesia que da sobre la carrera décima, dice Ibáñez, es una simple pared, reforzada hasta 1894 por machones que la afeaban e incomodaban el paso por la carrera. Por solicitud de su capellán, la municipalidad ordena arreglar ese costado sobre la décima quitando estos elementos que a su juicio, la afeaban.

En cuanto a los ornamentos dice: "el altar principal, que ocupa la testera sur de la iglesia, está sostenido por cuatro columnas pareadas, modernas, de fustes lisos, con capiteles, sobre las cuales pasa una cornisa de buen gusto por su severa ornamentación. El segundo cuerpo del altar ostenta una pintura al Oleo de una escena de la vida de San Juan de Dios. En el centro de este altar se abre amplia puerta que guarda el sagrario. Todo está pintado de blanco, y lo construyó el señor Honorio Navarro para reemplazar una obra de nogal, también moderna, que no obedecía a plan ni orden arquitectónico algunos".

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IBÁÑEZ, PEDRO MARIA. Crónicas de Bogotá, Imprenta Nacional. Bogotá,1913.T.1.

DANIEL ORTEGA RICAURTE. Album del Sesquicentenario. Academia Colombiana de Historia. Bogotá, 1960.