Durante el arzobispado de Hernando Arias de Ugarte y con su apoyo se logra que el rey Felipe III otorgue licencia para su fundación y en 1629 se inaugura con una procesión que parte desde la iglesia del Carmen. "Promovido el señor Arias al Arzobispado de Charcas, antes de terminarse la obra de la iglesia y del convento, dejó encargo de concluirla a su hermano Diego Arias Forero. En 1628 se hizo la fundación de acuerdo con Bula del Pontífice Gregorio XV, con tres monjas, una de las cuales era hermana del Arzobispo Arias de Ugarte y las otras dos sus sobrinas, que cambiaron el hábito del Carmen por el de Santa Clara. Otra sobrina del Arzobispo, doña María Arias de Ugarte, ‘‘empleó su hacienda en continuar la fábrica de la iglesia y adornos de ella". Costó el edificio más de $ 60,000 y sirvió de convento hasta 1863.

La iglesia fue consagrada en 1645 como oratorio para las monjas Clarisas. La particularidad del templo, concebido de acuerdo a la moda de su tiempo, es la que los muros se cubrían totalmente con adornos de madera y cuadros. Los muros exteriores son de piedra y calicanto.

Oro y gule asaltan al ojo no acomodado aún al claroscuro. Diviértese la vista ya a los coros mudéjares para admirar ensambladuras tan preciosas como las de las celosías. Los canecillos superpuestos que soportan las tribunas para convertirse de elementos arquitectónicos en precioso motivo ornamental: ahora la techumbre derroche estelar en tallas y policromías que imitan celajes, el arco toral impone enchapado de tallas y florones. A la siguiente abadesa Gregoria de Jesús se debe la culminación de la construcción del templo y el monasterio.

En 1634 se concluyó la construcción de la fuente de piedra del claustro, para esto la antigua carmelita Damiana de San Francisco vendió su celda a la hija de Fernández de Valenzuela. El 12 de agosto de 1764, se inauguró un nuevo altar con imágenes nuevas. La noche del 21 de marzo de 1669, fue raptada de allí la religiosa María Orgaz, amante desesperada del oidor Bernardino Angel de Yunza. Para tamaño lance halló su merced la complicidad de su colega en la audiencia, Domingo Rocha Ferrer, a quien no sorprendió la aventura, como que su esposa la bella señora Labarces había volado a sus brazos del propio convento de Santa Clara, en Cartagena".

En el mes de febrero de 1863 fueron expulsadas las monjas de Santa Clara.

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IBÁÑEZ, PEDRO MARIA. Crónicas de Bogotá, Imprenta Nacional, Bogotá,1913.T.1.

EDUARDO POSADA. NARRACIONES. CAPITULOS PARA UNA HISTORIA DE COLOMBIA. 2ª ed. Villegas Editores. Bogotá 1988