La Orden de los Padres Agustinos llegó a Santafé en el año de 1575 de mano del padre Luis Próspero Pinto, que fundo en ese mismo año el convento de San Felipe. En el año de 1604, en el lugar donde hoy se encuentra la iglesia y convento de recoletos, se encontraba el gobierno de la provincia de Nuestra Señora de Gracia, a la que estaban inscritas las comunidades Agustinas. En 1629 la provincia fue nuevamente acogida por la radicada en España. En 1663 se erige la provincia de la Candelaria retornando la dirección de los conventos neogranadinos a un gobierno local.

En el año de 1654 tenían localizado un hospicio en el cerro de Monserrate y acababan de fundar el Convento de la Candelaria que contaba con un colegio llamado de San Nicolás en donde los frailes de esta comunidad estudiaban. Esta primera fundación no fue aprobada por el rey de España Felipe IV. En 1681, bajo la orden de su majestad, el presidente Francisco del Castillo cerró y demolió la obra. Pasados tres años, en 1684, los curas recoletos reciben el permiso para reedificarla. Las obras, que inician el 27 de febrero de 1686, las dirige el arquitecto Diego Sánchez de Montemayor y duran 17 años. Ese día el Arzobispo Sanz Lozano bendice la primera piedra en un acto público relevante en la vida de la sociedad santafereña, que ansiaba ver en la ciudad el hogar de los agustinos descalzos.

La iglesia de la candelaria se edificó en la esquina de la actual calle once con carrera cuarta. El convento estaba localizado contiguo a ella en dirección al oriente, en el se desarrollaron las actividades educativas. Cuando el colegio se instaló en el claustro, se construyó anexo al templo por el norte la nueva casa conventual. En el terremoto de 1785 este edificio y la torre de la iglesia sufrieron serios daños. La torre de la iglesia se terminó de construir en 1857.

Pedro María Ibáñez hace en 1913 una descripción del templo de la que no sale bien librada su factura: -"La iglesia de La Candelaria es de pobre y desairada arquitectura. Su frente, que mira al sur, es blanco y de mal gusto. El coro tiene lujoso artesonado, y el cielo de las naves laterales está adornado con numerosas figuras de estilo bizantino. Los altares están sostenidos por gruesas columnas salomónicas, envueltas en viñas con dorado fino. Hay allí confesionarios de madera sin barnizar, adornados con toscos relieves de talla pero de buen aspecto. Multitud de cuadros al óleo cubren los muros y los altares, sin que ninguno de aquéllos llame la atención por su mérito artístico. En la nave izquierda se conserva en un altar una Virgen de la Concepción, de Vásquez Ceballos, su última obra, inferior a muchas otras de su mano, la cual se colocó en 8 de diciembre de 1710 con misa cantada, en la cual comulgó el piadoso artista y de allí salió con el accidente de que murió. En este cuadro está su nombre con la fecha; pero se conoce muy bien la de cadencia del espíritu y la debilidad de la mano"-.