La Orden Tercera Seglar o de Penitencia no apareció en el momento que los franciscanos llegaron al territorio americano. Fue hasta 1612, cuando por medio de un estatuto expedido por la provincia mayor que decía que en todas las villas mayores se debía promulgar la Tercera Orden de San Francisco, que el tema se ventiló de forma incipiente en los ámbitos religiosos y de gobierno de la nueva granada. Sólo hasta 1621 tomó el hábito el primer tercero de Santafé, señor José de Rojas encomendero de Cucunubá, y después, en 1623, se eligió el primer comisario de la Tercera Orden fray Antonio de Mora, religioso del convento de la Purificación de San Francisco.

Hasta pasada la segunda mitad del siglo XVIII los terceros practicaban su culto en la iglesia de San Francisco, alegando incomodidad. En el año de 1761 el proyecto de levantar un templo propio se hizo real. Algunos años antes en 1750 habían propuesto la erección de su iglesia en el lote que ocupaba el Humilladero para lo que solicitaban su demolición, La petición fue rechazada. Un suceso afortunado permitió que la orden pudiera, finalmente, hacer su construcción: el virrey Solís, famoso por su amor por la Marichuela que busco fin a su pena en el convento franciscano de Santa Clara, decidió convertirse en hijo de san Francisco y en hermano de su amada inscribiéndose en la comunidad de terceros. Solís donó a su hermandad una casa, vecina por el costado norte con la iglesia de San Francisco y calle de por medio de la Veracruz, sitio en el cual se planeó la edificación. Otros donativos apoyaron la empresa; una casa contigua a la del virrey Solís donó la matrona santafereña doña Francisca Caycedo y Flórez; un lote y parte de un edificio también localizado en el predio dio don Camilo Manrique y un tesoro ofreció don Ignacio Rojas Sandoval.

Las obras de construcción de la iglesia de la Orden Tercera en Santafé se iniciaron el 25 de enero de 1761, cuando el Arzobispo José Javier de Araus bendijo la primera piedra. El tiempo de erección de la iglesia se extendió durante 20 años en los que el servicio se siguió realizando en la vecina iglesia de San Francisco. La consagración del templo se realizó el 25 de agosto de 1780. Además de la iglesia se construyó una edificación semejante a un convento para los terceros, que fue demolida en 1890 por amenazar ruina. También se unió la nueva iglesia con el convento de San Francisco con un arco de cal y canto que se demolió en 1861. Las labores de talla las realizó el maestro tallador Pedro Caballero, quien les dio fin el año de la consagración del templo.

El conjunto del templo es armónico y sombrío, aunque las paredes de la iglesia, pintadas de color blanco crudo, oscurecen demasiado las obras de talla.. En el altar mayor y en otros puntos de la iglesia se ven estatuas modernas coloreadas y otras vestidas con telas, que producen pésimo efecto artístico y que sería de desearse fueran trasladadas a otro templo donde reciban culto. Hacemos excepción de dos imágenes del Cristo, el primero de los cuales ornamenta y embellece la parte alta del tabernáculo principal, y el segundo luce bien en el camarín de la única capilla de la iglesia.