La orden de los dominicos llega por primera vez a América en 1510 y a territorio colombiano, Santa Marta más exactamente, en 1529 con la expedición de García de Lerma.

El convento de Las Aguas es ocupado por la comunidad en 1665 y como primer vicario fue nombrado Fray Francisco Mejía. Desde este año, y hasta 1802 la edificación estuvo en poder de los religiosos de la orden de Predicadores, cumpliendo sus funciones establecidas para el culto y la vida monástica.

En este año, durante el virreinato de Pedro de Mendinueta, aparece un brote de viruela que rápidamente se convierte en la quinta epidemia de esta naturaleza que azota a la ciudad. El convento entonces, cede sus funciones religiosas con la anuencia de sus protegidos y pasa a convertirse en hospital de virolentos. Esta función la volverá a tener a lo largo del siglo en varias ocasiones y por diferentes motivos: hospital de virolentos en la época del terror en el proceso de pacificación de Morillo; hospital militar en los años cincuenta y cuatro y sesenta del mismo siglo; hospital civil de la Sociedad de San Vicente de Paul, "y de orfanato de la misma Sociedad, a la cual pertenece el viejo convento desde fines del siglo XIX.

Ibáñez describe describe la iglesia como "de pobre arquitectura; su portada mira al occidente; está coronada por dos espadañas que sirven de campanarios, y en el centro de ellas, sobre la única puerta, se levanta una pared ciega en cuyo centro se hallan una ventana y hornacina; dentro de esta última existe una efigie de la Virgen con el Niño, que no honra a su autor. El convento está al lado derecho de la iglesia, y no tiene frente a las vías públicas, pues está rodeado de modestas edificaciones particulares. El atrio es amplio y está limitado al norte por la casa cural.

La iglesia no tiene sino una nave; carece de ornamentación arquitectónica y de cielo raso, de manera que se ve el encostillado que sostiene el tejado. En el altar principal ocupó el puesto de honor una imagen de Nuestra Señora del Rosario, obra del pintor bogotano Antonio Acero de la Cruz; hoy puede verse el cuadro ea el muro derecho de la iglesia. Esta pintura, de alto valor para la historia del arte nacional, es una de las mejores muestras debidas al pincel de Acero."

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IBÁÑEZ, PEDRO MARIA. Crónicas de Bogotá, Imprenta Nacional, Bogotá,1913.T.1.