Fray Luis Zapata de Cárdenas, segundo arzobispo de Bogotá y religioso franciscano, que ejerció su cargo durante 13 años hasta 1590, fue el encargado de promover la creación de un colegio para que recibieran instrucción los hijos de los colonos. Al parecer en el año de 1586 se presenta un amotinamiento que acaba con las instalaciones del colegio. El colegio habría de funcionar en los predios de la comunidad Agustina a orillas del río Manzanares, en un edificio separado de su convento. Las construcciones de carácter educativo, durante el siglo XVI fueron escasas. Apenas dos se cuentan entre las edificaciones destinadas para tal fin: la Universidad Pública de Santo Tomás que funciona a partir de 1563; y el referido Seminario de San Luis en 1586.

El edificio fue comprado por el superintendente de quintos reales, Don Pedro Guiral de Berrío, personaje que aun no ha sido posible ubicar cronológicamente, quien lo pasó por herencia a Fray Juan Guiral provincial de San Agustín, de cuyas manos pasa, nuevamente, a los agustinos que después lo venderían al canónigo Salvador López Garrido. "El provincial Fray Gregorio Agustín Salgado decide reconstruir el claustro de San Agustín. El 23 de junio de 1733 se inician las obras a cargo del maestro Ignacio Socorro y los oficiales Casimiro Alvarado y Domingo Estrada, este último asume la dirección de la obra hasta su terminación.

En 1751 se crean las compañías de la Caballería de la Guardia y Alabarderos de la misma, estos últimos ocuparon durante la segunda mitad del siglo XVIII el claustro.

En 1791 se instala el cuartel general del batallón auxiliar del Nuevo Reino de Granada, y en el tramo norte que avanzaba hasta la mitad de la cuadra la dirección general de rentas

El 13 de noviembre de 1750 estaba prisionero allí Antonio Nariño El claustro sirvió como recinto al batallón Vargas y la antigua administración de rentas al batallón de artillería en la conspiración septembrina de 1825.

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MUSEO DE ARTES Y TRADICIONES POPULARES: reliquia colonial que acoge el alma de un pueblo. Hilton Colombia Nº 8, abril-junio, 1988

MALDONADO TAPIAS, RAFAEL. Historia de la arquitectura escolar en Colombia. Universidad Nacional de Colombia. Facultad de Artes. Bogotá 1999.