Habiendo partido de España el 30 de abril de 1642 , llegaron a la ciudad de Santafé cinco meses después, el 23 de septiembre con el propósito de encargarse del Colegio Seminario de San Bartolomé, que en cumplimiento de reales cédulas había organizado el Arzobispo Lobo Guerrero para reemplazar al extinguido Seminario de San Luis. Los padres Alonso de Medrano y Francisco de Figueroa se habían encargado de adquirir una casa, en la que se alojaron los padres Martín de Funes, José Dadey, Juan Bautista Coluccini, Bernabé de Rojas y el Hermano Diego Sánchez, que fueron los primeros en llegar para llevar a cabo dicha misión. Este Seminario ocupó el local que es hoy el histórico Palacio de San Carlos. La Compañía de Jesús fue fundada en 1534 por San Ignacio de Loyola, quien estableció como uno de los objetivos fundamentales para su orden el difundir la fe católica por medio de la predicación y la educación, así como trabajar en lugares y momentos en que así lo requiera con urgencia la Iglesia. La educación ha sido desde su creación, una de las principales actividades de la orden. Tal vez fue esta la razón que impulsó al arzobispo Loboguerrero a hacer el llamado a esta orden para dicho encargo.

"En 1612, completados los estudios con las clases de teología, se pide la erección del colegio seminario en universidad, se concede por bula de Gregorio XV en 1600 y por cédula real de Felipe IV en 1623".

Tres meses después de su llegada, dieron inicio los jesuitas a su colegio, las clases de gramática latina, con las que comenzaban entonces la segunda enseñanza, se inauguraron el 1º de enero de 1605. El colegio comenzó con 70 discípulos, pertenecientes en su gran mayoría, a las principales familias de la ciudad, pronto el número ascendió a un centenar. Poco tiempo después, el obispo se dirigió al rey para obtener del padre general el envío de dos docenas de estos religiosos.

"El 7 de julio de 1767 recibió Messía de la Zerda real Cédula de extrañamiento de la Compañía de Jesús, expedida en el Pardo con carácter reservado a 27 de febrero del mismo año. 

Al Virrey se le ordenaba, en carta de puño y letra del Rey, que mantuviese en absoluta reserva la real orden para que fuese notificada a los jesuitas y a los ejecutores del extrañamiento el día 31 de julio, día de la festividad de San Ignacio de Loyola. Por su parte, Moreno y Escandón era el único iniciado, junto con el Virrey, en este secreto hasta la noche del 31 de julio. En altas horas de ella convocó el Virrey en su gabinete a los empleados que había designado para jueces ejecutores de la expulsión en las tres casas que habitaban los jesuitas en Santafé. Los ejecutores eran el Fiscal Moreno y Escandón y el Oidor don Antonio Verástegui, para notificar la orden en el Colegio Máximo; el Oidor Francisco Pey Ruiz y el Provisor don Gregorio Díaz Quijano, para el Seminario que se hallaba en el histórico palacio de San Carlos, y don Luis Carrillo y don Juan Antonio Peñalver, para el Noviciado que ocupaba el ya conocido edificio del Hospicio".

"La institución tenía tres tipos de alumnos: seminaristas sostenidos por la iglesia, aspirantes a sacerdotes; convictores que pagaban su pensión; y colegiados reales costeados por el erario real. En esta forma el edificio cumplía con una triple función.

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PACHECO, JUAN MANUEL. Los Jesuitas en Colombia. Tomo I (1567-1654). Editorial San Juan Eudes. Bogotá D.E., 1959.

BÁÑEZ, PEDRO MARIA. Crónicas de Bogotá, Imprenta Nacional, Bogotá,1913.T.1.