El colegio se crea el 31 de diciembre de 1651 por licencia concedida en cédula de Felipe IV al hermano de la Orden de Predicadores, Cristóbal de Torres. Para la fecha de fundación del colegio de los dominicos ya estaba fundado el colegio de la Compañía de Jesús con fecha del 18 de octubre de 1605, también funcionaba un colegio de los dominicos llamado Santo Tomás de Aquino, fundado por el presbítero Gaspar Nuñez.

La falta de médicos y la sobra de curanderos pide que se fomente el estudio de ésta última ciencia, dotando completamente su enseñanza y favoreciendo a los profesores. Sobre fondos o arbitrios para la dotación hay expediente, cuyo estado podrá V.E. reconocer. También se halla establecida con real aprobación, en el mismo Colegio, una cátedra de matemáticas y física moderna, bajo la dirección del Dr. D. José Celestino Mutis, a quien se deben sin disputa los primeros conocimientos que ha tenido el Reino de las ciencias exactas y naturales. Sus vastas ocupaciones no le permiten desempeñar personalmente ésta cátedra, y últimamente, a propuesta suya, nombré un sustituto (según lo hizo el Arzobispo Virrey) que la sirviese. Carece de rentas y aún de discípulos, porque no abre carrera para las demás ciencias, como la filosofía escolástica, y faltando todo estímulo para la aplicación de la juventud, no es de extrañar se mire con indiferencia un estudio tan útil. Una buena física debe preceder a la enseñanza de la medicina, y por tanto convendrá que los jóvenes que se animen a seguir esta carrera, cursen aquellas ciencias auxiliares. Esto podrá contribuir al fomento de unas y otras, y todo será provisionalmente hasta la verificación de la Universidad pública.

En cuanto a su conformación espacial, poco se ha escrito. El tomo II de las Crónicas de Bogotá de Pedro María Ibáñez, nos presenta una escueta descripción de la construcción: "El vetusto claustro principal está rodeado de arquería, semejante a la de los monasterios de la época, con amplias galerías en sus dos pisos, de los cuales el superior, al cual se asciende por una vasta y elegante escalera de piedra, no tiene arquería sino mesas de madera sostenidas por columnas de piedra6 ". Daniel Ortega Ricaurte, en su álbum del Sesquicentenario, lo describe así: "Amplia portada con pilastras empotradas en las jambas que sostienen un entablamento, en suyo friso sobresale en relieve en piedra la cruz de Calatrava, blasón legendario del colegio. Al pasar la puerta se penetra a un gran patio claustrado con imponente arquería, arcos ligeramente peraltados sobre columnas monolíticas de piedra".

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IBÁÑEZ, PEDRO MARIA. Crónicas de Bogotá. Imprenta Nacional, Bogotá,1913.T.1.

COLMENARES, GERMAN. Relaciones e informes de los gobernantes de la Nueva Granada. Tomo III. Biblioteca Banco Popular. Bogotá.1989.