En 1800, don José Antonio Portocarrero adquirió un terreno situado al oriente de la ciudad de Santafé de Bogotá y enmarcado por los cerros de Monserrate y Guadalupe, no lejano del centro de la ciudad, en el que construiría una sencilla quinta de recreo.
Años más tarde, en 1820, tras la victoria de Simón Bolívar frente a los españoles, el Vicepresidente de la Gran Colombia, el general Francisco de Paula Santander y el entonces gobernador de Cundinamarca don Tiburcio Echavarría, adquirieron la casa para ofrecérsela al Libertador como una muestra de agradecimiento de la Nación. El General Francisco de Paula Santander se encargó de hacer los trámites y pagar el dinero ofrecido por la casa.

Se dice que en ella Bolívar conoció a Manuelita Sáenz durante una recepción en la que se le rendía un homenaje por la victoria de la batalla de Pichincha; Bolívar y Manuelita vivieron en esta residencia durante períodos breves a lo largo de cuatro años a partir de 1821.

La historiadora Aída Martínez Carreño describe así la histórica construcción: «La Quinta de Bolívar es un excepcional campo de estudio de esa época violenta cuyos rasgos originales y propios no podemos desdibujar obviando reconocer que las actitudes, el gusto y la forma de vida correspondieron a una cultura que mezclaba lo indígena (no reconocido) y lo español (rechazado)... La Quinta fue un espacio experimental donde convergieron el peso de las tradiciones culturales y la búsqueda de nuevos modelos de vida... Se hallarán las trazas del proceso en múltiples manifestaciones; la arquitectura de raigambre española travestida de francesa; la dispar servidumbre que reúne en un mismo lugar a un hortelano español y a un mayordomo zambo..., a humildes sirvientas indígenas, con esclavas negras de confusos procederes...»

En 1830, enfermo y agobiado, el Libertador abandona esta residencia y decide regalársela a su gran amigo José Ignacio París antes de viajar a Europa.

Su amigo la habita por un tiempo y a su muerte la heredan sus hijos; de ahí en adelante el destino de la Quinta será incierto: se utilizó como colegio de señoritas, fábrica de «pita» (una bebida fermentada), fábrica de jabones, curtiembre y hospital, usos que con el tiempo afectaron la construcción y sus alrededores.

En 1919 la Sociedad de Mejoras y Ornato de Bogotá decidió rescatarla y consigue reamoblarla poco a poco para convertirla en museo.
La Quinta de Bolívar fue restaurada en 1998 por la Subdirección de Monumentos Nacionales del Instituto Nacional de Vías.

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