Supo igualmente en esta salida que la Casa de Moneda de Popayán, de reciente fundación, pretendía explorar unas minas de oro descubiertas en territorio de la misión, principalmente en Mocoa y Caquetá. Consideraba que ello ocurriría con mucho perjuicio de los indios; que serían esclavizados y obligados a trabajar en las minas; con lo que se dificultaría su conversión, o se les impulsaría a huir al Gran Pará. En este asunto parecía estar interesado y mezclado el P. Barrutieta, que intentaba emplear en la empresa un fuerte capital, y Fr. Juan sospechaba que era el recibido para el no llegado subsidio de los conversores*.

Todo ello exasperó de tal forma a Fr. Juan, que concibió la idea de ir a Santa Fe y exponer sus quejas contra el Comisario al propio Virrey. En consecuencia, a pesar de la oposición del P. Mexía, partió para Caquetá, y desde allí a Mocoa, acompañado de cuatro indios sibundoyes, que le abandonaron poco más allá de Pueblo Viejo, antes de llegar a Santa Rosa, por temor a las represalias del P. Barrutieta.

Las fatigas de este viaje y la falta de alimentos, al ser abandonado por los indios; hicieron que Fr. Juan llegase a Santa Rosa, donde estaba el P. Barrutieta, gravemente enfermo. Su entrevista con el Comisario fue muy violenta por ambas partes; y después de la enfermedad, se le envió a convalecer a Almaguer.

Para no levantar la sospecha de su proyectada visita al Virrey simuló el pretexto de predicar misiones por aquellos pueblos, al objeto de recoger limosnas en dinero o ganado para las necesidades de su pueblo. Las pretensiones que pensaba proponer al Virrey eran:

1) Que se impidiese cavar minas en Santa Clara de Mocoa y Caquetá, por las vejaciones que causarían a los indios de la misión, con notable retraso de su conversión.

2) Que se pusiera en Pasto un síndico, que subviniera equitativamente a los conversores con el dinero que para ello daba el tesoro real, y que se destituyera al P. Barrutieta, actual Comisario, por malversación de los fondos de los conversores y abandono de éstos a sus propios medios.

Más de la mitad del segundo tomo está dedicada por Fr. Juan a dar noticias de los pueblos visitados; donde predicó misiones y recogió limosnas, sin que sea posible establecer una cronología siquiera aproximada. Estos pueblos fueron principalmente: Timaná, El Pitral, Paicol, San Juan, El Retiro, Neiva, Mercadillo, Natagaima, Coyaima, El Guamo, El Espinal, San Luis; El Valle, La Mina, El Guayabal.

En Santa Fe, adonde llegó por la Navidad de 1758, se enteró de que hacía pocos días había estado visitando al Virrey el P. Barrutieta, y le había notificado el descubrimiento de pingües minas de oro en Mocoa y Caquetá, habiendo conseguido los señores de Santa Fe que el oro que se sacase de ellas se llevase a labrar a aquella Casa de Moneda, sacándolo vía recta desde la Misión, a Timaná, y luego ‘por los valles de Suasa “.

El P. Provincial de los franciscanos de Santa Fe habló en nombre de Fr. Juan “de esta materia al Secretario del señor Virrey, y de el supo que si yo i v a con animo de hablar al señor Virrey, no me concederían audiencia, y que si persistía en meter peticiones, las ocultarían, y que con ello me expondría a que el señor Virrey me mandase preso a Cartagena, y de allí me remitirían a España baxo partida de registro. Y assi me aconsejó que solo tratase por entonces de bolverme a la mission, hazta que tubiese occasion mas oportuna...”*. 

Considerando fracasado su proyecto, Fr. Juan determinó “dar una buelta por aquellos pueblos y ciudades mas cercanas, y recoger algunos borregos y borregas...”*. Bogotá, Chía, Nemocón, Tunja, donde la misión fue teatralmente espectacular.

De vuelta, compró 400 borregas más con el dinero que llevaba, y casi por los mismos pueblos recorridos anteriormente hizo llevar el ganado hasta Timaná y San Agustín, desde donde hubo de abrirse camino por la selva hasta Caquetá para el paso del ganado. Hecho el recuento en Caquetá, se hallaron reunidas 357 cabezas de ganado vacuno y 830 ovejas.

Todo este ganado dice haberlo repartido de la siguiente manera: 90 novillos, 10 toritos,  5O borregas y 20 borregos para su pueblo de Agustinillo* . Otro tanto para el P. Alfaro del Amoguaje. Igual cantidad para el P. Plata de Caquetá. Quedaban en reserva en San Agustín unas 90 cabezas de ganado vacuno y 60 de ovejuno, "porque mi ánimo era que si conseguía agregar a Caquetá la nación de los aguanungas, por presiso se pondría en el pueblo un padre para su acistencia, y fuera el que fuese, darle esta partida de ganado para su manutención; y de no conseguirlo, llevarmelo yo a mi pueblo y repartirlo entre mis indios..." 

Distribuido el ganado, Fr. Juan volvió a San Juan de Pasto para comprar herramientas y ropa. Aunque las limosnas en dinero habían sido cuantiosas, después de las inversiones en ganado y pago de jornales a los indios que habían conducido el ganado hasta su destino, no le quedaron sino 19 pesosy 2 reales; pero confiaba en poder allegar mayores cantidades predicando nuevas misiones, a más de la venta de los productos que tenía enviados a un tal don Ramón de la Barrera, su corresponsal en Pasto. Al llegar a este pueblo, hizo efectivos hasta 500 pesos, producto del cacao enviado. El 21 de junio, seguramente de 1759, escribió una carta al P. Procurador del convento de Quito, pidiéndole permiso para ir allá a comprar lo que necesitaba, y mientras se recibía la contestación a esta carta —casi un mes— se encargó de ir a Taminango a recoger la limosna anual para el convento de Pasto.

Ya de vuelta, hizo un viaje a la Virgen de las Lajas, cerca de Ipiales, acompañando a unos romeros que habían de cumplir un voto. Vuelto de nuevo a Pasto, ya mediado el mes de julio llegó la contestación de Quito autorizando su desplazamiento a aquella ciudad. Hasta el 29 de agosto no emprendió este viaje, que realizó por Barbacoas, en donde se detuvo visitando las minas y misionando, para recoger limosnas, hasta la semana de Carnestolendas del siguiente año 1760*,, en cuya fecha partió para Tumaco, invitado por el cura de aquel pueblo, para predicar una misión, que duró 9 días. Vuelto a Barbacoas, ya en Semana Santa, continuó el viaje a Quito, adonde llegó después de haber pasado por Ipiales, Pupiales, Ibarra, San Pablo y Guayabamba. 

En Quito compró 1.000 varas de bayeta, 1.000 de tocuyo, 100 pares de medias de algodón y 100 pares de zapatos. Invirtió 100 pesos en hachas, machetes, eslabones, lanzas, anzuelos, pedernales y chaquiras. Además encargó la construcción de un tabernáculo para su iglesia de Agustinillo. Cuando volvió a Pasto, se estaban celebrando en el pueblo las fiestas de la coronación de Carlos III y se proclamó un indulto general y amnistía para todos los delitos criminales*.

En Pasto adquirió algunos otros utensilios, como platos, vasos y tazas de madera barnizada, y regresó a su pueblo, llevando consigo a un español, antiguo granadero desertor, llamado don Francisco, para tener alguien de confianza que le asistiera.

Los años siguientes, quizá hasta 1765, los pasó en su pueblo desempeñando las tareas propias de la misión. Uno de los deseos principales de Fr. Juan, ya desde antiguo, fue el de vestir a su gente. Para ello hubo de enseñar a coser a las indias más aptas, y al fin vio cumplido su deseo el día de Jueves Santo de 1761, en que vistió a todos los del pueblo, salvo niños y niñas, para asistir a los oficios religiosos.

Para la construcción de una iglesia más digna que la de ramas que tenía, fabricó ladrillos con greda que había por aquellos alrededores, y los coció en hogueras. Con ellos construyó una iglesia de mampostería, en cuyos trabajos invirtió cerca de año y medio. De la misma greda fabricó tejas, y la iglesia pudo inaugurarse el 8 de septiembre, quizá de 1762, fiesta de la Natividad de la Virgen. A la bendición e inauguración asistieron como invitados el P. Alfaro y Fr. José Carvo . 

Los años fueron pasando en las tareas misionales de instruir a los indios, organizar su vida civil, ordenar periódicas siembras, etc. Ocasionalmente enviaba a Pasto partidas de cacao y cera de palma, con cuyo producto adquiría lo que necesitaba para su pueblo.

Harto trabajo le costó poder conseguir que sus indios abandonaran la práctica de la poligamia. Paso muy importante en estos años fue la anexión de los indios “murciélagos”; primero en número de 495*, y más tarde otra partida de 320, con lo que el pueblo llegó a tener unos 900 habitantes*. Más adelante se añadió otro grupo de más de 200 “murciélagos”; y Fr. Juan mantuvo la concordia entre éstos y los “encabellados” sirviéndose de su mejor diplomacia. Los cargos se elegían por insaculación, aunque la circunstancia de ser analfabetos los interesados, proporcionaba a Fr. Juan ocasiones suficientes para que en la cédula de la suerte apareciera precisamente el nombre de su preferencia.

Si bien durante estos años no se hace en los manuscritos mención especial de sus añejas diferencias y animosidad para con el P. Barrutieta, aquellos gérmenes de descontento debieron seguir evolucionando en Fr. Juan hasta el punto de inducirle a abandonar las misiones y volverse a España. Él mismo escribe: “Ya que se ivan cumpliendo Nueve años, escribí a don Ramón (de la Barrera) una carta, en que le incluí una petición para el Comisario General, en que le pedía su licencia para bolverme a España al Collegio de Arcos de la Frontera, al acabar de completar los diez años... Al pie de ella me firmó y selló su licencia... y llegó a mis manos a los tres meses de despachada”*.

Fr. Juan preparó su salida con todo sigilo para que no pudieran sospecharla los indios; pero no fue tan secreto el caso fuera de la misión. El Guardián del Colegio de Popayán le escribió una carta, pidiéndole que se quedase en el pueblo hasta que hubiera Capítulo General, prometiéndole influir para que le nombrasen Presidente de la misión. A esta carta contestó con otra Fr. Juan, diciendo: ..... bastante desengañado me voy a España con licencia del Superior General... y dé las gracias de mi viaje al Presidente Barrutieta, cuya codicia yimpiedad hara bolver a todos los padres chapetones a España a nuestras provincias”*.  

Reaparece de nuevo aquí su incompatibilidad con el P. Barrutieta, y se descubre la causa de su vuelta a España. Respecto de la realidad de la oferta del P. Guardián de Popayán sobre influir en la elección de Fr. Juan para presidente de la misión, expresamos nuestras reservas. ¿No se podría interpretar como un afán pueril de darse importancia ante aquellos para quienes escribió sus memorias? Y parece esto último la más verosímil, porque escribe igualmente que al llegar a Quito, en su viaje hacia Lima, le ofrecieran, si se quedaba, el provincialato de la Orden, y hasta, como cosa muy posible, el obispado de Quito.

Sea ello como fuere, su decisión de volver a España estaba tomada en firme. “Salió de Agustinillo, sin dar a entender a los indios que sería para siempre, a los 9 años y 7 meses de ayer fundado el pueblo “.

Fr. Juan anota el inventario de lo que dejaba en el pueblo a su salida: 1.472 criaturas bautizadas; 311 niños y de ellos más de 200 bautizadas; 512 reses; 623 ovejas; 300 quintales de algodón y 220 de lana; 3 telares de tocuyo y 3 de lana; 170 casas, además de la iglesia y convento; sembrados de plátanos, maíz, arroz y otras; multitud de gallinas; 124 machetes, 4 azuelas, 6 cepillos, 3 sierras braceras y 4 medianas; toda la gente vestida, y además importantes reservas alimenticias de arroz, miel de caña, azúcar, guarapo, aguardiente, manteca de tortuga, sal, etc.

Decidió dirigirse a Lima para embarcarse, y no a Cartagena, aunque esta última estaba algo más cercana, porque “en Lima siempre avía navíos parados cargando para España. Y assi me seria alla mas facil el embarcarme que en Cartagena. Y que a mas de esta razón, ya que me hallava en el Peru, queria ver el Reyno, o lo mas principal de el hazta llegar a Lima. Y estando en Lima queda hazer diligencia en el Collegio de Santa Rosa de Ocopa, en donde tenia al P. Antonio Sifre, hermano mio de noviciado, y el P. Antonio Oliver, con quien avia estudiado Theologia, y si allí los hallava, seria muy factible que me quedase incorporado para siempre”*.

Casi un año debió invertir en este viaje a Lima, en el cual pasó por Sapuyes, Ibarra, San Pablo, Quito, La Tacunga, Ambato, Riobamba, Cirenca, Loja, Gonzanama, Cariamanga, Piura, Lambayeque, Cajamarca, Angasmarca, Guaras, y La Barranca.

En Lima encontró un navío con destino a España, pero éste no había de zapar hasta dentro de casi un año. Ello le facilitó poder visitar entretanto el Colegio de Santa Rosa de Ocopa, cerca de Jaula*. No encontró en él a sus compañeros de estudios, y el P. Guardián le pidió que fuera a asistir el pueblo de San Antonio de Cuchero, junto al río de Guanuco, porque el religioso que allí estaba, llamado Fr. Juan Bonamo, quería volverse a su provincia.

Accedió Fr. Juan con la condición de que se le había de avisar cuando estuviera el barco dispuesto, con tiempo suficiente para poder embarcar. En Cuchero pasó casi todo el año de 1766, hasta febrero de 1767, en cuya fecha recibió aviso de Lima para que sin tardanza alguna se fuera a embarcar. Salió de Cuchero el 20 de febrero.

Ya en Lima, el barco zarpó del puerto del Callao en 31 de marzo, y llegó a Cádiz el 15 de noviembre del mismo año.

Difícil, o casi imposible, resulta establecer una cronología detallada de los actos y estancia de Fr. Juan en América. Sólo dos veces hace mención de año, una con ocasión de su salida de Cádiz (1756), y otra al dar noticia de la fundación de Agustinillo (1758). Los demás detalles cronológicos están visiblemente despreciados a todo lo largo del relato. Algunas alusiones a fiestas capitales, como Navidad, Semana Santa, día de difuntos y pocas más, junto con la lógica deducción al considerar la natural duración de los hechos relatados, conducen, no sin poco trabajo y evidente posibilidad de error, a establecer una cronología aproximada, para poder encuadrar las efemérides relatadas. Por otra parte, Fr. Juan escribió sus memorias, buceando en el mar de sus recuerdos ya muy trasnochados y necesariamente mezclados. No faltan consecuentemente, numerosas contradicciones y errores, incluso en asuntos de mucho bulto, como es el de desconocer y confundir con el de Antonio el nombre de Jorge de Villalonga, segundo Virrey de Nueva Granada, a pesar de su filiación mallorquina; o como el de confundir los años de virreinato de su contemporáneo José Solís; o el de escribir Navarro por Pizarro, refiriéndose al glorioso conquistador del Perú. Así no es de extrañar que los mil y mil detalles de su prolija narración estén barajados en su mente, muchos inventados o modificados, y casi seguramente desplazados de su momento real.

La siguiente sinopsis, pues, no pretende sino un ensayo de encuadramiento cronológico, en que sirven como hitos las pocas alusiones de fechas contenidas en el texto.

Salida de Cádiz a mitad de enero de 1756.
Llegada a Cartagena hacia el 15 de marzo de (1756).
San Sebastián de la Plata hacia el 27 de junio de (1756).
Popayán hacia el 14 de agosto de (1756).
Pueblo Viejo, el 28 de diciembre de (1756).
Queda fundado Agustinillo y evangelizado en su primera etapa en 1758.

Misión en Coyaima el 1º de noviembre de (1758.?).
Camino de Santa Fe el 28 de diciembre de (1758.?).
Mariquita. De vuelta con el ganado, el jueves de Carnestolendas de (1759?)

Carta a Quito. Pasto 21 de junio de (1759?).
Partida de Pasto a Quito el 28 de agosto de (1759?).
Visita a las minas de Barbacoas por Navidad de (1759?) y enero de (1760?).
Viaje a Tumaco desde Barbacoas en carnaval de (1760?)
Vuelta a Barbacoas desde Tumaco en Semana Santa de (1760?).