El término Ecología fue utilizado por primera vez por el zoólogo alemán Ernst Haeckel (1869), sin embargo, esta ciencia tiene sus orígenes en otras ciencias como son la biología, la geología y la evolución entre otras.

Lamarck con su primera teoría de la evolución, propuso que el medio ambiente se halla en constante transformación, por lo cual los organismos necesitan cambiar y realizar un esfuerzo por lograrlo, siendo éste un mecanismo de evolución y una de las principales bases de la ecología teniendo en cuenta las relaciones de los organismos y su entorno.

Por otro lado, no solo los organismos cambian y evolucionan, sino también la corteza terrestre. El geólogo inglés Charles Lyell encontró que la corteza terrestre es el resultado de cambios graduales a lo largo de la historia del planeta. Dando paso a la transformación de los ecosistemas y sus funciones.

La ecología moderna, realmente tuvo sus principios con el desarrollo de la teoría de la evolución de Darwin. Observó que el medio ambiente está en constante cambio lo cual provoca que los organismos con mejores adaptaciones sean los que sobreviven por el mecanismo de la selección natural. Resaltando la importancia de la interacción de los organismos con su entorno.

Aunque la ecología nació en el siglo XIX, con el trabajo de Haeckel, la ecología empezó a florecer hasta el siglo XX, cuando las primeras sociedades ecológicas y revistas ecológicas aparecieron.

La definición de Haeckel, ha sido objeto de interpretaciones algo distintas y quizá más profundas desde 1900. Por ejemplo, el ecólogo inglés Charles Elton definió la ecología como la «historia natural científica» que se ocupa de la «sociología y economía de los animales». Un norteamericano especialista en ecología vegetal, Frederick Clements, consideraba que la ecología era «la ciencia de la comunidad», y el ecólogo norteamericano contemporáneo Eugene Odum la ha definido, quizá demasiado ampliamente, como «el estudio de la estructura y función de la naturaleza».

En la tercera década del siglo XX comienzan las primeras concepciones de la "Sinecología" o Ecología de Comunidades, donde en el concepto de comunidad como nivel jerárquico superior de organización, se incluyen distintas poblaciones interactuantes con su entorno. Sin embargo este concepto, apegado al origen biológico de la Ecología, una vez más era disociado de los organismos que lo definían. Posteriormente, como ocurre aún en la actualidad, se distinguió el "biotopo" como lugar donde habita la comunidad pero por características inherentes al medio físico, no por su relación a los organismos.

En la década del 40, Tansley (1935) propuso el concepto de "ecosistema". Este término fue posteriormente desarrollado por Lindeman (1941), quien lo concibió desde los intercambios de energía, atendiendo a la necesidad de conceptos que vinculen diversos organismos a sus ambientes físicos. En los textos de Ecología de la década del 50 y aún posteriores, se designa ecosistema como la suma de las distintas comunidades (o biocenosis) y el biotopo (ambiente inerte) que ocupan. En este tipo de definición es notable como los organismos o la comunidad se formulan disociadamente del entorno, puesto que se define ecosistema por la suma de términos.

Con el concepto de ecosistema, la ecología se transforma en una ciencia de síntesis e integración que comienza a escaparse de los ámbitos biológicos para establecer nexos con otras ciencias naturales, para así explicar las relaciones entre los organismos y su medio ambiente.

En 1948 se crea la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza y sus Recursos Naturales (UICN), con el fin de conservar el medio ambiente, así como de desarrollar proyectos a nivel mundial para el entendimiento de las relaciones entre los organismos, incluido el hombre, y su entorno.

Otra organización importante a nivel internacional es World Wildlife Found (WWF), la cual fue creada en 1961. Su fin es organizar y financiar proyectos de protección de ecosistemas importantes en todo el planeta.

Una de las primeras reuniones internacionales que se realizó con el fin de unificar criterios a nivel mundial para la conservación de los recursos naturales fue la Conferencia Mundial sobre el Medio Ambiente que se realizó en Estocolmo en 1972.

En 1992 se reúnen en Río de Janeiro los representantes de 175 países en la llamada Cumbre de la Tierra, con el fin de estudiar la vulnerabilidad del planeta y tomar medidas.